HUMAnN3的安装经验分享

HUMAnN3的安装过程

HUMAnN是基于宏基因组、宏转录组数据分析微生物通路丰度的有效工具。通过MetaPhlAn组件能够分析物种构成，并对UniRef和MetaCyc进行比对分析，描述群体成员的代谢潜能，以此回答微生物群体成员是什么，以及可能在干什么的问题。这个软件用起来，做物种构成感觉没有用Kraken爽，但是做通路分析是真的方便。
前几天赫然发现HUMAnN和MetaPhlAn都已经进入了3.0时代，于是对新版本的软件进行了安装，在此特意跟大家分享一下安装过程。我使用的系统是Ubuntu 20.04 LTS，硬件是NUC10i7FNH。

HUMAnN3的安装

按照Huttenhower实验室的线上说明文档，有conda和pip两种安装方法。然而我使用conda安装的时候总会出现各种conflict的报错，最终使用pip安装成功。
需要先使用conda建立一个python 3.7的环境humann：

$ conda create -n humann python=3.7

然后启动这个环境：

$ conda activate humann

使用pip安装humann3

$ pip install humann

如果觉得安装速度比较慢，可以在后面加上-i调整一下pip的源，比如我就常规用隔壁学校的。

$ pip install humann -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple

依赖项的安装

此时我们可以发现HUMAnN3其实还是不能使用，因为依赖项没有安装。官方要求的主要依赖项如下：
Python (>= 3.7)（这个在建立环境的时候已经建立了。）
MetaPhlAn (version >= 3.0)（这个不会自动安装。）
Bowtie2 (version >= 2.1)（这个不会自动安装。）
DIAMOND (>=0.9.0)（这个特别坑，说是>=0.9.0，其实指定要求用0.9.24。）
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