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from tensorboardX import SummaryWriter#用 pytorch 自带的 tensorboard 也行# default `log_dir` is "runs" - we'll be more specific herewriter = SummaryWriter('logs')#在训练过程中，b为 iteration，e为epochif b%100 ==0: writer.add_scalar('image training loss',runnin.
2022-04-25 11:35:08
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原创 15/4/2022交叉熵损失函数和负对数似然损失
看论文，论文中写模型最后用的损失函数是交叉熵函数，但代码却是torch.nn.functional.nll_loss很是不理解，但后来看到一篇博客：[损失函数]——负对数似然 - 簡書 (jianshu.com)该文章对负对数似然函数进行了解释，有公式有代码，然后大彻大悟。这里的负对数似然损失就是交叉熵函数。负对数似然公式：[损失函数]——负对数似然 - 簡書 (jianshu.com)交叉熵公式：(4条消息) 交叉熵损失函数原理详解_Cigar丶的博客-CSDN博客_交叉熵损失函数.
2022-04-15 21:02:30
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翻译 论文笔记--Open-source platform to benchmark fingerprints for ligand-based virtual screening
写在前面： 之前写过一篇论文笔记，讲的是MoleculeNet，同样的，这篇论文也是一篇起到benchmark作用的论文，但针对的是不同指纹在分子相似性搜索方面的基准和综合。目前获取分子2D药效团的算法主要可以分为4类：（1）基于字典的；（2）基于拓扑或路径的；（3）圆形指纹；（4）药效团指纹。目前一些常用虚拟筛选（VS）的评价指标：（1）接收机工作特征(ROC)曲线下面积(AUC)；（AUC对早期识别不够敏感）（2）在数据集的给定分数χ处的富集因子(EF)；（EF依赖于ac
2022-04-15 11:31:06
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原创 Transformer 好文章
原文：https://proceedings.neurips.cc/paper/2017/file/3f5ee243547dee91fbd053c1c4a845aa-Paper.pdf主要是探究 Layer normalization、warm up和梯度的关系。1603.05027.pdf (arxiv.org)1908.11365.pdf (arxiv.org)On Layer Normalization in the Transformer Architecture | Op...
2022-04-11 22:06:23
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原创 11/4/2022代码问题不会就搜
1.data_dir = './DATA/rawdata'dataset_name = 'ted2020'prefix = Path(data_dir).absolute() / dataset_nameprefix.mkdir(parents=True, exist_ok=True)prefix是data_dir作为绝对路径，dataset_name是该路径下的一个文件名mkdir()的参数：(2条消息) Python3创建目录mkdir(parents=True, exist_ok
2022-04-11 22:01:00
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原创 model.eval()和 with torch.no_grad() 在获取中间层特征时缺一不可
训练好神经网络模型后，我需要获取其中间层特征，但在通过复写模型的方法抽取特征的时候，vscode多次崩溃，并提醒我buy a new RAM！后来经排查发现，我只进行了 model.eval()操作，而没有在抽取中间层的时候加上 with torch.no_grad()。model.eval()仅作用于dropout层和batchnorm层，让其与训练状态不同，相当于dropout的参数为0，batchnorm也不再更新和计算mean和var值，而是使用训练阶段学习到的mean和var。而 wi
2022-04-06 10:58:36
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原创 tqdm bug
报错一大堆很吓人，但是又不影响运行：assertionerror: can only join a child process应该是tqdm的bug,我没有管他，程序也能正常运行，就是有点不好看有的博主说改进措施是：(1条消息) AssertionError: can only join a child process_南方Alan的博客-CSDN博客将fromtqdm.auto import tqdm替换为from tqdm import tqdm但是，我的程序本来就是后者，..
2022-03-31 09:31:40
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原创 sklearn的t-SNE 三维散点图可视化
import numpy as npfrom sklearn.manifold import TSNEimport matplotlib.pyplot as pltfrom mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D#x是特征值，应该可以是array 可以是 dataframeX_tsne_t = TSNE(n_components=3,random_state=42,perplexity=30).fit_transform(x)#可视化fig = plt.
2022-03-26 19:54:28
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原创 报错分析：RuntimeError: DataLoader worker (pid(s) 9116, 18368, 20148, 15244, 12468, 17892, 10244, 21308)
调用 dataloader 时，报错：RuntimeError: DataLoader worker (pid(s) 9116, 18368, 20148, 15244, 12468, 17892, 10244, 21308)咱就是说是不是有可能内存太满了？重启内核你值得拥有~
2022-03-26 19:43:45
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原创 26/3/2022代码技巧
1. tqdm可用于显示进度，但是当和enumerate同时使用时，它并不会显示进度条for b, data in tqdm(enumerate(data_loader)):结果是这样的：看到一个简单的解决措施：(11条消息) 当 tqdm 遇上 enumerate_Who is abc的博客-CSDN博客_enumerate tqdmfor b, data in enumerate(tqdm(data_loader)):...
2022-03-26 19:40:18
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原创 25/3/2022代码技巧
1. del xxx（1） import xxx 的逆操作（2）释放内存，删除之前的一些缓存2. round()函数 用于四舍五入数值，起到取整的作用3. line.rstrip() 去除末尾空格 （也可去除其他字符）4. %tb 可查看报错的traceback...
2022-03-25 20:54:50
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原创 DLL load failed while importing rdBase
起初用rdkit没什么问题，后面安装了deepchem，就会报这个错，DLL load failed while importing rdBase可能是rdkit包受到了损坏，于是重新安装rdkit,就可以了但是吧，还是建议把deepchem单独安装在一个虚拟环境中，它会影响挺多以前安装的包，比如numpy啥的...
2022-03-24 17:24:50
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翻译 论文笔记--MoleculeNet
MoleculeNet: a benchmark for molecular machine learning - Chemical Science (RSC Publishing)摘要：MoleculeNet包含多个公共数据集，建立了评估度量，并提供多个先前提出的分子特征和学习算法的高质量开源实现（DeepChem库中）。此外，MoleculeNet benchmarks表明，可学习表示是分子机器学习的强大工具，并广泛提供最好的性能。然而，这个结果是需要注意的。在数据稀缺和高度不平衡的分类条件下，可学
2022-03-24 11:27:32
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空空如也
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