GBD数据库
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小明学习室
医学生,会一点点R语言代码~主要利用公共数据库分析并发表文章
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疾病负担研究(GBD)——如何在R中调用joinpoint软件计算AAPC
疾病负担研究(GBD)——如何在R中调用joinpoint软件计算AAPC原创 2022-07-04 18:33:02 · 3549 阅读 · 1 评论 -
疾病负担研究(GBD)——如何使用joinpoint软件计算AAPC
疾病负担研究(GBD)——如何使用joinpoint软件计算AAPC原创 2022-06-20 20:14:05 · 11017 阅读 · 2 评论 -
疾病负担研究(GBD)——如何绘制疾病成分比
疾病负担研究(GBD)——如何绘制疾病成分比原创 2022-05-26 13:51:49 · 1567 阅读 · 0 评论 -
GBD数据库——如何绘制SDI与发病率的相关图
文章首发于微信公众号——小明学习室,欢迎大家关注如需要加入GBD数据交流群,请加小编微信“Endoscopy_1991”,小编拉你进群这篇推文是GBD系列的第8篇,我们可以看下另外一篇示例文章The global, regional, and national burden of oesophageal cancer and its attributable risk factors in 195 countries and territories, 1990–2017: a systematic原创 2022-04-10 11:53:10 · 3580 阅读 · 6 评论 -
疾病负担研究(GBD)-如何绘制GBD相关性图
本篇是GBD相关的第5篇推文,接着上一次的推文,我们同样来看那个范例文章,图2-4是一个比较简单的条形图,这里我们就不展示了。我们来看看图5中的B与C图是如何做出来的我们首先来看图B如何绘制,可以看到这个是相关性分析的散点图,图B是ASR与EAPC的散点图,图中圆圈大小表示1990的绝对病例数。我们可以在它的基础上直接把ASDR与ASIR与EAPC的相关性画在一张图中。绘制之前我们需要得到3个数据结果:ASR、EAPC以及发病例数。我们读取数据我们首先获取ASIR以及发病例数计算原创 2022-02-19 09:06:07 · 2668 阅读 · 1 评论 -
GBD数据库——如何找出发病和死亡年增长类似国家
文章首发于微信公众号——小明学习室,欢迎大家关注如需要加入GBD数据交流群,请加小编微信“Endoscopy_1991”,小编拉你进群本次推文是GBD系列的第6篇,我们可以看示例文章中的Fig S1通过聚类的方法将各个国家的发病率分为4组,我们可以看下文章里的方法描述部分:可以看出这个方法是采用层次聚类分析的方法对发病率的EAPC进行聚类分组,查了相关的R包后,发现factoextra这个R包可以做层次聚类分析,并能做出相应的图形来。我们可以在图S1的基础上增加内容,我们比如可以根据原创 2022-02-28 22:08:47 · 1536 阅读 · 0 评论 -
疾病负担研究(GBD)介绍
今天我们来聊一聊第一个公共数据库——GBD数据库,全称叫做global burden of disease(全球疾病负担),该数据库每年都会更新,目前已经更新到GBD2019。这里直接给大家贴出网址:Global Burden of Disease Study 2019 (GBD 2019) Data Resources | GHDx上图中红色圈圈标识的就是数据库的数据获取界面的链接,大家直接点击即可.数据的检索十分方便:Context下拉菜单中可以选择不同的选项,默认是caus原创 2021-12-10 19:08:45 · 15962 阅读 · 3 评论 -
疾病负担研究(GBD)-数据下载及解读
接着上一节,我们介绍了GBD大概的情况,今天我们来聊一聊如何下载数据,并利用下载的数据进行有目的的取舍分析。因为涉及的内容挺多,我们就限定某一部分人群进行描述,掌握了这一部分,其他部分基本上可以类推,采用的分析软件使用R语言就行分析。比如我们现在想要分析2019食管癌全球及各大洲的年龄校正后的发病率、死亡率这两个数据,以及随时间变化的情况,其他几个衡量数据基本上可以类推。进入主界面后我们首先需要限定条件后下载我们想要的数据年份我们全部勾选地区我们选择Select only G原创 2021-12-15 20:21:29 · 7005 阅读 · 9 评论 -
疾病负担研究(GBD)-如何优雅的展示发病率数据
本文是GBD的第三篇推文,今天我们就以已经发表的高分GBD文章来看下如何展示GBD数据,本文案例文章是发表在JOURNALOF HEPATOLOGY的肝癌GBD研究,题目为The trends in incidence of primary liver cancer causedby specific etiologies: Results from the Global Burdenof Disease Study 2016 and implications for livercancer pre...原创 2021-12-22 18:37:56 · 4958 阅读 · 9 评论 -
疾病负担研究(GBD)-如何让风险因素数据更好看
文章首发于微信公众号——小明学习室,欢迎大家关注如需要加入GBD数据交流群,请加小编微信“Endoscopy_1991”,小编拉你进群这篇文章是GBD系列的第七篇推文,介绍了前面高分示例文章里的图形后,我们基本上可以呈现简单的发病率以及死亡率数据了,接下来一般比较常规的分析还会增加关于风险因素的结果展示,我们可以看下发表在lancet子刊上的The global, regional, and national burden of oesophageal...原创 2022-03-21 13:05:25 · 1554 阅读 · 0 评论