dotmotif介绍

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一、简介

DotMotif是一个Python的第三方库，用于检测大型图（graph）中的子图（subgraph）或模体（motif），可以应用在复杂网络相关项目中。
官网链接：https://github.com/aplbrain/dotmotif

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二、官方文档

Argument	Type, Default	Behavior
ignore_direction	bool: False	Whether to disregard direction when generating the database query
limit	int: None	A limit (if any) to impose on the query results
enforce_inequality	bool: False	Whether to enforce inequality; in other words, whether two nodes should be permitted to be aliases for the same node. For example, in A->B->C; if A!=C, then set to True
exclude_automorphisms	bool: False	Whether to return only a single example for each detected automorphism. See more in the documentation

参数	类型，默认值	行为
ignore_direction	bool:False	生成数据库查询时是否忽略方向（取决于被检测的图是否为无向图）
limit	int:None	对查询结果施加的限制（如果有的话）
enforce_inequality	bool:False	是否强制执行不平等；换句话说，是否允许两个节点作为同一节点的别名。例如，在A->B->C中；如果A不等于C，那么设置为True
exclude_automorphisms	bool:False	是否将自同构体算作一项。详见文档

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三、示例

0.安装dotmotif

使用pip安装：

pip install dotmotif

1.引入库

import networkx as nx
from dotmotif import Motif, NetworkXExecutor

2.创建图

G = nx.DiGraph()
G.add_nodes_from(['a', 'b', 'c'])
G.add_edges_from([('a', 'b'), ('b', 'c'), ('c', 'a')])

3.创建检测器

E = NetworkXExecutor(graph=G)
triangle = Motif(input_motif="""
A -> B
B -> C
C -> A
""", ignore_direction=False, exclude_automorphisms=True)

4.检测模体、输出结果

result = E.find(triangle)
print(result)
print(len(result))

5.模体保存及读取

triangle.save('motif_triangle.pkl')
triangle.load('motif_triangle.pkl')

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四、代码汇总

import networkx as nx
from dotmotif import Motif, NetworkXExecutor
G = nx.DiGraph()
G.add_nodes_from(['a', 'b', 'c'])
G.add_edges_from([('a', 'b'), ('b', 'c'), ('c', 'a')])
E = NetworkXExecutor(graph=G)
triangle = Motif(input_motif="""
A -> B
B -> C
C -> A
""", ignore_direction=False, exclude_automorphisms=True)
#triangle.save('motif_triangle.pkl')
#triangle=triangle.load('motif_triangle.pkl')
result = E.find(triangle)
print(result)
print(len(result))