- 博客(24)
- 收藏
- 关注
原创 植物转录因子 ChIP-Seq 实战系列 - Motif 分析
植物转录因子 ChIP-Seq 实战系列 - Motif 分析欢迎使用Markdown编辑器你好! 这是你第一次使用 Markdown编辑器 所展示的欢迎页。如果你想学习如何使用Markdown编辑器, 可以仔细阅读这篇文章,了解一下Markdown的基本语法知识。新的改变我们对Markdown编辑器进行了一些功能拓展与语法支持,除了标准的Markdown编辑器功能,我们增加了如下几点新功能,帮助你用它写博客:全新的界面设计 ,将会带来全新的写作体验;在创作中心设置你喜爱的代码高亮样式,Mar
2020-05-25 10:08:04
1650
原创 植物转录因子 ChIP-Seq 实战系列 - Peaks基因组分布偏好性
植物转录因子 ChIP-Seq 实战系列 - Peaks基因组分布偏好性
2020-05-16 13:37:50
637
原创 TACO - 使用cuffmerge进行转录本拼接时你可能还不知道你在犯错
在分析RNA-seq数据时,你经常可能会需要使用cufflink或stringtie两个软件进行转录组组装,用于预测新的转录本,这两个软件是RNA-seq分析中进行有参转录本组装的最最最常用到的软件了,同时他们也自带了工具(cuffmerge和stringtie -merge)用于将组装好的转录本进行拼接,经典分析流程基本上就是:tophat + cufflink + cuf...
2020-04-20 14:14:17
1997
2
原创 python txt文件的数据筛选
之前已经分享完python的数据类型和数据结构了,我认为掌握了这两方面内容其实已经具备使用python进行数据分析的能力了,但实际情况是你经常会发现你看了很多python的基础内容,而当你要使用时还是发现无从下手(哈哈,因为我一开始是这样),那是因为你缺少实战经验,实战才是学习掌握python的最快办法。所以要从零开始学习python,有目的的边查边写能够让你迅速掌握python。在整理写作过程中...
2020-04-19 18:12:20
5323
原创 序列比对原理
在生物信息学研究中,序列比对是一个非常基础的问题,在很多研究中都会用到。主要几种算法包括全局比对算法(Needleman-Wunsch算法),局部比对算法(Smith-Waterman 算法),Blast等。开展一个课题时难免要构建克隆,寻找同源蛋白等,那当你在使用 NTI , MEGA 等进行比对时,你了解过序列比对的原理吗?序列比对基本原理输入数据—— 序列 seq1,seq2,se...
2020-04-18 15:16:08
4099
原创 python 数据结构
数据结构是指以某种方式组合起来的数据元素集合,pyhton 最基本的数据结构为序列,序列的每个元素都有编号,即其位置或索引,其中第一个元素的索引为 0简单的序列如 hello wordpython 中最主要的几种数据结构为列表,元组和字典列表列表的表示方法为 [ ],类似在 excel 新建一列值创建一个名为 x 的空列表x = []创建一个包含 1-5 (整数型) 的名称为 x ...
2020-04-18 15:12:48
109
原创 python-数据类型
Pyhton 运行环境在使用 python 进行数据分析之前,你需要配置运行环境windows: pycharmlinux: IPython IPython 相比于 linux 系统自带的 python 更好用,它可以在 IPython 环境下直接进行 shell 命令的相关操作,省去了在 shell 和 python 之间的来回切换Python-数据类型在生物信息的学习过程中我发现除了...
2020-04-17 19:16:51
70
空空如也
空空如也
TA创建的收藏夹 TA关注的收藏夹
TA关注的人