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原创 如何用ggVolcano包画出简单火山图
如果不一样,比如有些"log2FoldChange",在原数据里写的是”log2FC“,那么这里的代码就是log2FC_name = “log2FC”,或者更推荐的办法是直接进入原数据,把对应列名改成"log2FoldChange"。我这个是csv格式的文件,其实不论有几列,用这个R包画火山图的核心在于有ID列(即基因名),log2FoldChange列和padj列,其他的有没有都不重要。label_number = 0,我设成了0,因为我不需要在火山图里展示基因名,这里的数字个数就是展示的基因名个数。
2024-07-26 22:26:10
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原创 这贴专门记录用过的正则表达式的表达式
常用split来输出指定字符串的盆友应该知道,使用split,需要指定分割符,知道所需字符串所在的索引位置才能输出。而正则表达式的妙处在于,可无视复杂结构的字符串,快速找到类似结构的指定字符串;首先匹配到DNG三个字符(属于普通字符),然后输出后面的数字(\d+)最后感想,re正则表达式作用广,规则多,尽量系统学习一下比较好!第一篇了解用法,第二篇了解compile规则。从0到1了解正则表达式,看这两篇就够了。这点对于提取网页结构的数据十分好用!
2024-07-06 18:33:14
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原创 linux split命令使用,看这一篇差不多了。
核心,用split按指定行分割文件,输出文件可以添加后缀,开始数字可以不从00开始,可以是01开始。最后,split 一共就这么多参数,如果还有什么别的需求再看看help吧~之后还用了split别的用法我再来补充。
2024-06-25 15:31:55
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原创 singularity bwa 使用 个人踩坑
个人使用singularity 调出bwa mem 比对,三个文件里一个文件的比对率一直在80%左右(正常能在95%以上的),其他文件比对正常,重复测试无果。用conda 安装上的bwa进行运行最后比对率达到了95%以上(同一版本的bwa)。总之比对这一步我建议还是用conda 安装好的bwa进行比对;如果singularity比对后出现比对率不高的情况也可以尝试这种方法。我想说的是,产生这个问题的原因可能是由于singularity 挂后台容易出现断连的问题,导致比对不完整(?
2024-06-19 00:26:54
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原创 Endnote20使用细节--从开始到结束
因为引用文献的格式是以第一作者姓氏+年份进行引用,文内标abc也是为了让读者正确的找到引用文献,是为了服务读者。新建了一个专栏【Endnote20使用–从实践中摸索】,本意是想把网上有用的Endnote使用博客集中在这一个专栏里,后面发现只能放我自己写的,emmm,那就暂时先这样吧。ps: 如果没有对应格式,目前我的做法是下载好几篇期刊最新文献的pdf,找其他期刊和本期刊类似格式的文件,下载使用。所以出现这一现象的原因是引用顺序造成的,我的默认引用顺序是字母,年份,标题。目前用到的就是这些。
2024-06-04 16:11:31
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原创 二代重测序运行过程中涉及到的基因组索引文件
delly使用时官方文件说需要基因组的index文件,没说哪种index(我觉得可能只有我有这样的困惑),直到我看见了example的数据文件……GATK call 变异时不仅需要基因组bwa的索引文件,还需要一个.dict的索引文件(注意dict前没有fna 或者 fa 的后缀)delly运行时需要的是fai的索引文件。暂时总结这么多,后续遇到再增加。
2024-04-07 21:46:30
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原创 vcf文件格式详解: 主要讲解FORMAT和之后的样本格式信息
记录的信息是GT基因判定的标准,随着测序深度的增加,一个位点的基因型三种类型都可能会出现(0/0,0/1,1/1 三者代表aa, Aa,AA a代表参考位点,A代表比对位点),那么应该判定该位点是什么基因型呢,就出现了PL的算法:归一化后各基因型的可能性。Genotype 基因型,主要包括 0/0 0/1 1/1。支持参考位点和比对位点的reads个数,因此有两个数值,参考位点,比对位点 DP 测序深度,其实等于AD的值的和。三个数值,依次代表0/0,0/1,1/1的可能性数值。
2024-04-06 01:02:07
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原创 问题---执行sh xxx.sh出现:Syntax error: “(“ unexpected (expecting “done“)
报错,Syntax error: “(” unexpected (expecting “done”)解决办法和原理,该博主说得十分清楚.
2024-03-17 02:49:43
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原创 RIdeogram使用报错,这坑总有一个你会踩……
end,value都是大写开头,包括需要准备的其他文件,文件名格式和列名一定要与RIdeogram示范文件一模一样!不是的哦,这个名称取决于上条命令设置的输入名称👇,默认是。哦,我亲爱的朋友们,这个报错看起来好像很严重,去看看工作路径,其实图已经出来了,这个。其实都是细节问题,列名设置和RIdeogram不一致。,如果要改输出名称,可以在convertSVG输出加参数。,或者直接去工作路径手动改运行出来的文件名吧。,或者在运行RIdeogram更改。2 ideogram导入数据报错。
2024-01-18 10:14:27
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原创 Docker镜像(本地tar文件)创建Singularity镜像(SIF文件)报错:FATAL: While performing build: conveyor failed to get: l
Docker镜像(本地tar文件)创建Singularity镜像(SIF文件)报错:FATAL: While performing build: conveyor failed to get: loading tar component manifest.json: archive/tar: invalid tar header解决办法
2023-08-12 15:58:31
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原创 新手用python嵌套for循环注意事项
需要明白一点的是,对于file这个文件的每一行,都把res文件遍历了一遍,相当于file文件有多少行,就把res文件打开了多少遍。(就是循环条件里尽量少设运算,只设循环满足条件,让循环能进行下去,这样能加快运算速度。那恭喜你,完美踩坑,因为整个代码运行下来,res文件就打开了一次啊,你不出错谁出错。那我再增加一点,当用for 打开文件时,对文件的每一行处理需要注意的事项。像我一般喜欢第一种方式,但对于嵌套for循环,可能就容易踩坑了。1 将循环次数多的循环放在内侧,循环次数少的循环放在外侧;
2023-04-27 10:43:49
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原创 关于第一列按染色体排序,第二列按照数值升序排序
“第一列能正常排序,第二列怎么不按数值排序,还是默认的排序方法呢?”关于第一列按染色体排序,第二列按照数值升序排序我踩的坑。
2023-03-31 00:47:21
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原创 非root用户无root权限安装python3.7.4出现ModuleNotFoundError: No module named ‘_ctypes’解决办法
问题:非root用户无root权限安装python3.7出现ModuleNotFoundError: No module named ‘_ctypes’解决办法问题来源,因为一般3.7以上版本编译安装时出现这种错误,是缺少libffi-devel依赖包即在安装3.7以上版本时,需要一个新的libffi-devel包做依赖或者说,在安装3.7以上版本前,需下载一系列的依赖包,需要哪些依赖包网上有博主写得非常好。......
2022-08-02 00:52:22
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原创 python中seaborn报错These `style` levels are missing dashes解决办法
python中seaborn报错These `style` levels are missing dashes解决办法;ggplot2坐标轴顺序不对或如何在折线图中加平均值的折线和点解决办法
2022-07-18 22:47:00
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原创 Linux下hmmer安装避坑必看
Linux下hmmer安装开始一切都很平常、普通,安装过程下方链接可以去看看笔者是安装官方文档翻译的,写得十分详细,安装方法多样添加链接描述我是用wget安装的,一步一步按照说明安装$ ./configure 参数这里我用了自定义目录,安装在storage/home/software/hmmer-3.3.2/其他的安装步骤没有差别,但安装完,路径添加到 bashrc文件中,用的export PATH="$PATH:/storage/home/software/hmmer-3.3.2/"其
2022-05-23 21:35:26
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原创 2020-12-09 blastp参数学习
blastp -query insertions.fasta -out insertions.rep.blast -db repbase -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num-threads 10 -max-target_seqs 5分析blastp 蛋白序列与蛋白序列的对比,自建了数据库,本人用于查找重复序列USAGE blastp [-h] [-help] [-import_search_strategy filename] [-export_search_st...
2022-05-13 17:46:11
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原创 ImportError: libicui18n.so.58: cannot open shared object file: No such file or directory
问题:linux中python3.5安装python-igraph用python导入igraph出现的问题:ImportError: libicui18n.so.58: cannot open shared object file: No such file or directory困扰我太多天了,一直没找到解决办法,感谢博主一波????https://www.kanzhun.com/jiaocheng/352611.html亲身实践,设置为相对路径可行...
2021-08-24 16:43:43
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原创 LF转CRLF方法
LF转CRLF方法方法一:Notepad++ 编辑→档案格式转换→转换为Windows格式(适合小文件)我的文件太大,所以Notepad++卡了。。。。方法二:用 .strip(’\n’),去除,打印的行自动输出CRLF(原因:我认为因为电脑是Windows格式)部分代码:for line in file1:line=line.strip(’\n’)print(line,file=out)根据下图(别的博客总结的)strip()函数默认删除头尾空格或换行符,所以我尝试用.strip(’\
2021-04-11 17:28:12
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原创 bwa mem 比对发生解析amb文件错误 Parse error reading ref.fa.amb.
bwa mem 比对发生解析amb文件错误 Parse error reading ref.fa.amb.这个问题我在外网上找到了答案????,https://www.biostars.org/p/228886/(原网址)其实是一个很小的问题,或许你的fasta文件里存在着空格、空行,总之,any space用python的strip()函数处理一下(文件小也可以手动删除),再重新bwa index 再bwa mem就可以运行下去了。这告诉我们,出现了问题在论坛上找不到答案,还可以百度啊,百度很
2021-01-26 16:39:01
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原创 笨办法学python——ex13.py
笨办法学python——ex13代码:from sys import argvscript,first,second,third,= argvprint(“The script is called:”,script)print(“Your first variable is:”,first)print(“Your second variable is:”,second)print(“Your third variable is:”,third)本人半小白一个,用的Jupyter Notebo
2020-12-21 14:41:19
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空空如也
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