本文揭示了在RNA-seq分析中，使用cuffmerge进行转录本拼接可能导致错误，尤其是在处理大量样本时。作者发现了一个更好的解决方案——TACO，它在多样本拼接时表现更稳定，能避免相邻基因被错误拼接成一个基因，这对于后续定量分析至关重要。文章提供了TACO相对于cuffmerge的优势，并引用了相关研究作为支持。
在分析RNA-seq数据时，你经常可能会需要使用cufflink或stringtie两个软件进行转录组组装，用于预测新的转录本，这两个软件是RNA-seq分析中进行有参转录本组装的最最最常用到的软件了，同时他们也自带了工具（cuffmerge和stringtie -merge）用于将组装好的转录本进行拼接，经典分析流程基本上就是：
tophat + cufflink + cuffmerge + cuffdiff
histat2 + stringtie + stringtie -merge + ballgown
但是本文需要讨论的问题是 转录本拼接 的问题，因为我在这里踩了大坑！！而且我差点没发现，而且我觉得你可能也不知道！！！要是你想了解RNA-seq分析的方法及脚本，请参考下方链接，点击阅读原文，有一个RNA-seq 详细说明文档
https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzUzNjA5MzA1Nw==&mid=2247483662&idx=2&sn=47cd344088
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