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RSS订阅原创 【阅读总结】A Recipe for Training Neural Networks
神经网络训练往往调用高度抽象的api，因而难以准确定位错误。cs231n课程的设计者之一Andrej Karpathy在博客中提出一套运用神经网络解决新问题的研究思路.
2024-06-25 17:44:08
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原创 【阅读总结】AlphaFold3 unedited version 通读 + 服务器使用总结
AlphaFold3能做什么：预测蛋白质、DNA、RNA与允许的配体/离子/共价修饰的复合物结构为什么要用AlphaFold3：有强大的泛化性和准确率，除了RNA结构略差于AIchemy_RNA2外，预测精度高于现有方法（包括Vina和RosettaFold-All-Atom）AlphaFold3怎么用：代码不开源，网站需注册使用，每日限制提交任务（2024/05/17为每日20次提交）
2024-05-17 14:51:44
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原创 【CentOS 7.5】利用conda安装RoseTTAFold All-Atom
conda本地安装，使用AF2.3.2的UniRef30和BFD数据库
2024-04-18 14:40:33
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原创 【VS Code】缩进为2个空格的文件改为4个空格
setting中修改detectindentation可以设置Tab对应的空格数，新版VS Code默认为4。对于缩进为2个空格的文件，采取以下步骤可修改为4个空格。打开输入框后，输入：convert indentation to spaces。，实测两步可以完成修改，原文中后面多一步。VS Code版本：1.85.2。
2024-04-10 16:50:54
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原创 【CentOS 7.5】Git详解
此时Git软件会识别出来，版本库中有一份文件和当前用于临时操作文件的暂存区内的文件状态不一致：版本库中文件还在，但是操作区内的文件已经没有了。切换到master主干分支，此时test.txt文件内容为空，B1能够分支合并到主干分支。默认情况下，Git软件就存在分支的概念，而且就是一个分支，称之为master分支，也称之为主干分支。创建新的分支new_branch，并切换，在新的分支中创建并提交branch.txt。创建两个分支B1, B2，分别在新的分支内修改test.txt并提交。
2024-03-27 11:46:45
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原创 【CentOS 7.5】利用conda本地安装蛋白质结构预测工具
trRosetta2、AlphaFold2（2.1.x~2.3.x）、ESMFold
2023-07-24 10:48:11
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原创 【待解决】Cluster Omega Killedssive alignment progress
操作系统：CentOS Linux release 7.5.1804。软件版本：clustal-omega-1.2.4。
2023-07-01 16:18:23
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原创 【Ubuntu 20】服务器测试
不开超线程：逻辑总核数 = 物理CPU个数 * 每个物理CPU的物理核数。开了超线程：逻辑总核数 > 物理CPU个数 * 每个物理CPU的物理核数。
2023-04-08 09:58:21
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原创 【Ubuntu 20】问题汇总：内核更新、访问Github、conda-pack、vnstat
内核更新、访问Github、conda-pack、vnstat
2023-04-08 09:58:04
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原创 【Ubuntu 18】问题汇总：GnuTLS recv error、public key
GnuTLS recv error、public key
2022-05-09 19:52:21
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原创 【DL】激活函数Gelu
提出的论文：https://arxiv.org/abs/1606.08415推导与证明：https://alaaalatif.github.io/2019-04-11-geluTensorFlow：https://www.tensorflow.org/api_docs/python/tf/keras/activations/geluPytorch：https://pytorch.org/docs/stable/generated/torch.nn.GELU.html...
2022-02-24 11:55:50
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原创 【Ubuntu 18】终端出现“baga parola negrule”
这里写自定义目录标题1、进入救援模式2、修改 .bashrc，3、再次修改.bashrc服务器终端出现“baga parola negrule”，输入什么都闪退，百度了一下发现是被黑了，重启之后密码错误进不去。记录一下处理方式。
2022-02-16 18:47:55
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原创 【Bioconda】Can‘t locate Bio/SeqIO.pm in @INC
的最后一个方法，一直解决不了，最后意识到不能locate的是Bio/SeqIO.pm，把地址删到Bio前就行。
2021-12-23 18:27:18
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原创 SeqIO.parse无法迭代的问题
Bio.SeqIO.parse() 函数返回一个 SeqRecord 对象迭代器（ iterator ）迭代器每调用一次__next__()方法，就会往下走一步，并且是只能往下走，不会回退，遵循迭代器协议。我找了官方说明，没找到关于迭代器的解释，改完代码再查查吧。关于用python使用Bio打开fasta文件的问题。我的修改方式是在文件句柄用完后要把它关闭。_ = 2是不会被执行的。这样就能得到2的输出了。
2021-03-11 17:50:49
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原创 python list 切片
python list切片a = [[1,1,1],[2,2,2],[3,3,3]]# 取前两行a_row = a[0:2]# 取前两列a_col = [x[0:2] for x in a]
2020-12-22 16:34:40
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空空如也
空空如也
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