本篇基于PyMol 2.5.3版本，实测与当前最新版3.0.3基本通用
省流：安装完点点GUI，直接看绘图实例
安装
之前的文章【CentOS 7.5】利用conda本地安装蛋白质结构预测工具 里写过简略版，附有AutoDock安装教程，以后详细写AutoDock+PyMOL联用。
教育版可以申请License，见https://pymol.org/edu/。
Windows
本方法本质为下载一个conda环境。
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下载 exe installer。官网地址：PyMOL | pymol.org
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安装位置可修改，其他一路默认即可
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（实测可不做，注释后依然提示no license file - for evaluation only）找到
安装位置\Lib\site-packages\pymol\licensing.py文件，推荐使用everything搜索licensing.py，右键记事本打开，最后三行前面添加“#”注释符号。 -
在安装目录下打开PyMOLWin.exe，可以看到此时显示剩余使用时间30天。
找到C:\Users\（用户名）\.pymoltimestamp文件，推荐使用everything搜索pymoltimestamp，右键记事本打开，数字修改为1945494007（不固定，任一大数字即可）。 -
重新打开PyMOLWin.exe即可正常使用。实测本方法修改一次即可，安装新版后正常使用。
Conda安装
推荐新建独立环境后安装，完成后在环境文件夹下找.exe文件。
conda install -c conda-forge -c schrodinger pymol-bundle
常用命令
select
用法：select 变量名(任意的字母或数字组合), 选择的原子
属性选择符有segi（segment），chain（链），resn（残基名），resi（残基号），name（原子名），symbol（元素符号）。逻辑运算符有 and 或者 & 、|（和）、or （或）、not（非）。
select ligand,segi lig # 选择segment为lig的所有原子，赋给变量ligand；
select alian,chain a # 选择A链的所有原子，赋给变量alian；
select aspglu,resn asp+glu # 选择残基名为ASP和GLU的所有原子，赋给aspglu；单个的残基名或残基号间需用+号，不能加空格；
select Y24,resi 24 # 选择残基号24，赋给Y24；
select loop, resi 21-29 # 选择残基号21到29的所有残基，赋给loop；
select Y24-OH,resi 24 and name OH # 选择24号残基中的原子名为OH的原子，赋给变量Y24-OH;
select Y24E27,resi 24 or resi 27 # 选择24号残基和27残基；
select site, not resi 100-200 # 除100到200号残基外的所有残基；
另外还有运算符 around，expand，byres，neighbor：
select coor,name fe around 4 # 选择铁原子周围4埃内的所有原子（不包括铁原子）；
select coor,subs expand 4 # 选择变量subs周围4埃内的所有原子（包含subs）；
select Y24,byres resi 24 and name OH # 扩充s1到残基;
select key,neighbor s1 # 选择直接以化学键连接s1的原子，赋给变量key；
show/hide
用法：show 显示形式, 变量或原子
常用显示形式有lines，sticks，cartoon，ribbon，sphere，surface，mesh
show sticks,Y24 # 显示变量为Y24的所有原子为棍棒形；
show sphere, name fe # 显示铁原子为球形；
show cartoon # 不加操作对象默认操作所有原子；
hide命令操作同show
color/label/align/png
- color 颜色, 变量
color green # 整个蛋白着色为绿色； color red, ss h # α螺旋着色，ss表示二级结构，h表示helix color red, ss s # β片着色，s表示sheet color blue,ss l+" # loop着色； color grey, elem c # 所有碳原子着色为灰色； bg_color white # 背景色 - label 变量, 标签名
label resi 24 and name OH,"T24" # 在24号残基的OH原子附近标记为T24； label resi 24 and name OH,"" # 可清除标签T24； label # 清除所有标签； - align source, target
无指定的话可直接选择Plugin-Alignment。Align mol1 & resi N1, mol2 & resi N2 # 按两个残基叠合； Align prot1 and chain A, prot2 and chain B # 按两条链叠合； Align mol1 & resi n1-n2 & name n+ca+c+o, mol2 & resi n3-n4 & name n+ca+c+o # 按两段残基的主链进行叠合； - png 保存名称
set ray_shadows,0 # 渲染时不显示投影； ray 3000,3000 # 图片像素设置； png name # 输出name.png图片;
命令集成
输入@name.pml，就可以执行name.pml文本中的命令。
绘图实例
蛋白-底物相互作用
参考高质量PyMOL作图教程 - 知乎 (zhihu.com)
准备：蛋白与底物结合的pdb文件，确认残基和作用。注意本方法为对已知作用的可视化，不涉及计算预测关键残基。
注意命令中的分隔符。
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导入文件（或右键选择目标文件，直接拖入）
cd [工作目标] load [准备好的pdb文件] -
设置配体：选中底物，在<sele>点击A-rename selection，改名lig
设置关键残基：
select res, resi 193+191+289+290 -
显示底物与残基
hide show sticks, lig | res hide sticks, h. zoom lig | res # 将lig的碳原子(以C开头的原子名)设为绿色 color green, lig & name C* # 设置字体30磅 set label_size, 30 # 设置字体为Serif # 编号与字体的对应见https://pymolwiki.org/index.php/Label_font_id set label_font id, 9 # 设置label位置，（x，y，z）为离默认位置的三维偏移值； set label_position,(x,y,z) # 建议最后调整label位置，mouse mode改为editing之后右键直接拖动在res点击L-residues即可添加所有残基标签，氨基酸类型默认三字母缩写
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绘制相互作用：点击PyMOL菜单栏的Wizard -> Measurement，选择作用两端的原子，自动生成虚线和距离对象。
或者命令行：
bond atom1,atom2 # 可提前定义变量atom1和atom2，也可以在这里直接输入选择； unbond atom1,atom2 # 删除键 set stick_radius=0.15 # 改变sticks显示半径； distance atom1,atom2 # 添加虚键（测量原子间距离） -
常用修饰命令
命令 注释 bg_color white 设置背景颜色 set dash_length, 0.3 设置虚线长度 set dash_radius, 0.08 设置虚线粗细 set dash_gap, 0.3 设置虚线间隔 color gray70, measure09 设置作用颜色 show cartoon color green, !lig & name C* set cartoon transparency, 0.5 显示蛋白半透明结构 -
（可选）使用光线追踪美化图象，生成图片
save focus.pse png label.png hide labels ray png focus.png,16.93cm,16.93cm,dpi=300 zoom set cartoon_transparency, 0 ray png overview.png,16.93cm,16.93cm,dpi=300 save overview.pse
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