医学图像预处理：MIPAV做脑smri前连合后联合（AC-PC）

前连合-后联合目的：（AC-PC）
AC-PC:为前联合(anterior commissure, AC)后缘中点至后联合(posterior commissure, PC)前缘中点的连线，又称AC-PC线。脑立体定向手术和X-刀、Y-刀治疗多以此线为准，故脑立体定位断层解剖研究多以此线为基线。
首先我们要知道立体定向脑图谱与其他解剖学脑图谱的不同点。我们都知道，在地理学上，两座山峰高低的比较是以海平面为基础的。那么人脑的比较的基础又是什么呢？立体定向脑图谱是以前连合与后连合的连线（AC-PC）为基准的，因为研究已经表明不同人脑的AC-PC没有显著性差异。以AC-PC中点为原点我们可以建立三维坐标系，在这个三维空间中获得的不同人脑的数据就可以进行比较了。因此，立体定向脑图谱——以AC-PC线为基准线获得的脑图谱被称作是标准的脑图谱。
最后，做这一步的另一原因就是：如果不做这一步的话，直接做下一步分割的时候会出错。
以上引自：https://blog.csdn.net/yufei0413/article/details/105220142
实操：
1、打开MIPAV并选择预处理图片（.nii格式）：

点击file-open image （A） form disk选择需要处理的文件

2、点击algorithm-brain tools-Talairash transformer

点击ACPC

3、正式进入ACPC处理，详细教程参考，以下也是基于该pdf来做的
目标：确定5个点的位置

对于这5个点的介绍（图中显示的是矢状面）：

一般的nii图中各组织并不是这么明显
（1） 设置精度，一般默认1.0

对于每个点，在三平面视图中的适当位置设置十字准线
（2） 第一个目标标记AC上中部和后中部
AC：

•矢状位：在穹窿下方胼胝体底部寻找AC
•冠状：寻找“胡须”
•轴向：寻找半球间的连接
① 使AC在十字准线的焦点处居中（轴向和冠状）
② 向上移动，直到AC在轴向视图中消失，然后向下移动1像素
③ 设置AC上边缘（superior edge）
④ 将焦点移回AC中间
⑤ 向后移动直到AC在冠状面上消失；然后往前1像素
⑥ 设置AC后缘（posterior margin）
尽量把图放大来选点
找到AC superior edge，点击set

找到AC posterior edge，点击set

（4）第二个目标是标记PC inferior edge
•这更难，因为PC在1毫米分辨率下显示不好
•幸运的是，PC始终位于脑导水管的顶部，这确实显示得很好（至少，如果脑脊液被MRI脉冲序列适当抑制的话）
因此，如果你看不到PC，就在脑导水管顶部找到中矢状位，标记为PC下缘（inferior edge）
脑导水管，细长部分（网图：比较明显）：

一般PC和AC的Y轴坐标相同，即第一个坐标

（5） 第三个目标是标记两个中矢状点（胼胝体上方）（这一步在文中没有详细描述，所以有点模糊，参考另一篇参考）
First midsagittal point和Another midsagittal point，要求二者之间距离在20mm以上，一般就选择在和AC,PC同一矢状面上（在实践中，SG1和SG2的好候选者通常远离AC和PC，彼此之间也远离）

（6）保存变换信息：最后点击Apply，会显示ACPC结果（和原图），可以点击save保存变换信息
然后点击load，将之前的变换信息加载进去就会显示ACPC变换后的图片，点击New image to transformer栏的刷新按钮，然后选择AD_011_ACPC
然后将transformation改成acpc to orig，点击compute可以将变换后得图片和原图进行对比（不晓得有啥用）

（7）保存：在主界面上点击file-save image as，然后选择要保存的格式，进行图片保存

一般选择nii格式

本文参考：
https://www.cnblogs.com/minks/p/4715323.html
https://blog.csdn.net/yufei0413/article/details/105220142