liunx生物信息
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同志我累了
这个作者很懒,什么都没留下…
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任何类似问题 libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.26’ not found 的一个通用解决方法
locate libstdc++.so.6 找出这个库的不同版本,因为通常这个库随着系统升级,conda等多个位置存在高级版本 libstdc++.so.6.3.30、 libstdc++.so.6.4.30等。首先我们可以吧libstdc++啥的看成一个库,然后代码可能运行时候报错说这个库没找到或者这个库里面版本没找到。当然常规更新方法可以但是如果更新不行不妨试试这个方法。问题就解决了,通常有很多库不存在啥的问题,都可以使用该方法,去找它的同文件版本或升级版本去创建软连接。以该报错信息微为例子。原创 2022-10-26 09:45:34 · 3035 阅读 · 4 评论 -
【conda】ailed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve.
ailed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve.原创 2022-08-30 11:06:35 · 477 阅读 · 0 评论 -
deepin和ubuntu深度学习框架的搭建的开始到结束问题
deepin和ubuntu深度学习框架的搭建的问题关于两个系统的看法驱动安装成功后的nvida-smi命令输出的参数解释安装中的其他问题关于两个系统的看法对于liunx系统的常用两个版本,在使用风格以及部分软件的适配上我更喜欢deepin系统有有点os和wind逻辑,以及常用的国产软件安装直接可以在库里找到QQ,wechat,网易云,wps等在文件系统和wind差别不大。而ubuntu我才用过一天,在常用软件上库里面找不到,使用逻辑有点像手机才用的时候。在前期我使用了deepin作为基本系统安装深度学习原创 2021-05-09 14:29:34 · 872 阅读 · 0 评论 -
第一次基因数据处理从集群到数据处理结果---构建菌群物种丰度的图谱
第一次进行基因数据的处理将测序出来的数据构建一个prifile关于节点篇一般的服务器集群都会分为登录节点和计算节点,为了能够选择到计算节点首先了解节点的情况使用SSH切换到计算节点ssh cngb-9 #cngb-9为一个计算节点,切换之后用户名@后面的部分会发生改变#如果不知道节点怎么办,可以使用qstat来掉看节点状态 qstat -u \* | tail -n +3 | awk -F'[ @]+' '$5=="r" && $8=="st.q" {print $9}'原创 2021-01-13 11:06:05 · 2834 阅读 · 2 评论 -
DEEPIN系统安装各个版本的R语言
官方版本只有3.5.3太低了,很多生物信息的包都至少3.6所以我花大概快一个星期终于找到了办法,按道理应该很简单的事情被我复杂了安装老是遇到问题不过好在安装成功了获取库源https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/bin/linux/debian/#supported-branches对应的安装版本有相应的库源,所以为了自动化安装我们就要找到相应的库源vim /etc/apt/sources.list#存放库源的文件,在里面加入相应R的库源库源就是下面那个划圈的加原创 2020-09-17 11:08:51 · 1461 阅读 · 0 评论 -
LIUNX操作入门加集群
liunx操作入门w命令查看当前使用集群用户top实时查看系统运行状况sleep暂停系统几秒后加&放到后台ifconfigecho 输出命令echo{1..10}history 查看历史命令mkdir创建文件夹mkdir -p tmpcd 移动目录cd ~ 回到自己的目录...原创 2020-09-08 14:39:10 · 314 阅读 · 0 评论 -
snakemake+Anaconda个人自用入门笔记
snakemake使用原创 2020-08-30 14:53:14 · 1836 阅读 · 0 评论