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原创 任何类似问题 libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.26’ not found 的一个通用解决方法

locate libstdc++.so.6 找出这个库的不同版本,因为通常这个库随着系统升级,conda等多个位置存在高级版本 libstdc++.so.6.3.30、 libstdc++.so.6.4.30等。首先我们可以吧libstdc++啥的看成一个库,然后代码可能运行时候报错说这个库没找到或者这个库里面版本没找到。当然常规更新方法可以但是如果更新不行不妨试试这个方法。问题就解决了,通常有很多库不存在啥的问题,都可以使用该方法,去找它的同文件版本或升级版本去创建软连接。以该报错信息微为例子。

2022-10-26 09:45:34 461

原创 【conda】ailed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve.

ailed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve.

2022-08-30 11:06:35 184

原创 R语言biom包安装和读取文件格式无法识别问题解决

R语言biom格式文件的打开于读取.BIOM格式在R语言中通过biom包打开,关于文第五

2021-05-26 11:20:00 1852 1

原创 deepin和ubuntu深度学习框架的搭建的开始到结束问题

deepin和ubuntu深度学习框架的搭建的问题关于两个系统的看法驱动安装成功后的nvida-smi命令输出的参数解释安装中的其他问题关于两个系统的看法对于liunx系统的常用两个版本,在使用风格以及部分软件的适配上我更喜欢deepin系统有有点os和wind逻辑,以及常用的国产软件安装直接可以在库里找到QQ,wechat,网易云,wps等在文件系统和wind差别不大。而ubuntu我才用过一天,在常用软件上库里面找不到,使用逻辑有点像手机才用的时候。在前期我使用了deepin作为基本系统安装深度学习

2021-05-09 14:29:34 382

原创 第一次基因数据处理从集群到数据处理结果---构建菌群物种丰度的图谱

第一次进行基因数据的处理将测序出来的数据构建一个prifile关于节点篇一般的服务器集群都会分为登录节点和计算节点,为了能够选择到计算节点首先了解节点的情况使用SSH切换到计算节点ssh cngb-9 #cngb-9为一个计算节点,切换之后用户名@后面的部分会发生改变#如果不知道节点怎么办,可以使用qstat来掉看节点状态 qstat -u \* | tail -n +3 | awk -F'[ @]+' '$5=="r" && $8=="st.q" {print $9}'

2021-01-13 11:06:05 1576 2

原创 DEEPIN系统安装各个版本的R语言

官方版本只有3.5.3太低了,很多生物信息的包都至少3.6所以我花大概快一个星期终于找到了办法,按道理应该很简单的事情被我复杂了安装老是遇到问题不过好在安装成功了获取库源https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/bin/linux/debian/#supported-branches对应的安装版本有相应的库源,所以为了自动化安装我们就要找到相应的库源vim /etc/apt/sources.list#存放库源的文件,在里面加入相应R的库源库源就是下面那个划圈的加

2020-09-17 11:08:51 1011

原创 LIUNX操作入门加集群

liunx操作入门w命令查看当前使用集群用户top实时查看系统运行状况sleep暂停系统几秒后加&放到后台ifconfigecho 输出命令echo{1..10}history 查看历史命令mkdir创建文件夹mkdir -p tmpcd 移动目录cd ~ 回到自己的目录...

2020-09-08 14:39:10 204

原创 snakemake+Anaconda个人自用入门笔记

snakemake使用

2020-08-30 14:53:14 1097

原创 单细胞分析流程加seuart包使用分析

单细胞转录组学分析流程下机数据的处理(10X为例)cell ranger是10X genomics公司提供的,专门用于分析10X单细胞转录组数据的Ppipline,包括原始数据的拆分,构建索引,表达定量,合并数据,聚类分类等多个功能。下载-解压-加入环境变量构建索引cellranger mkref --genome=AT --nthreads=10 --fasta=Arbidopsis.fa --genes=Arabidopsis.gtf定量cellranger count --id=sam

2020-08-24 10:31:58 949

原创 单细胞分析-seurat包

R Markdown安装环境导入数据setwd("D:/scRNA-seq")pbmc.data <- Read10X(data.dir = 'hg19')#导入10x矩阵#对数据进行初步赛选pbmc <- CreateSeuratObject(counts = pbmc.data, project = "pbmc3k", min.cells = 3, min.features = 200)#数据导入,筛选,将一个基因必须在三个细胞内表达,一个细胞必须要有200个基因片段。p

2020-08-24 10:24:48 3260

原创 关于从字符中提取关键数据的正则表达的做法stringr包

#使用R语言从字符串提取关键信息使用Stringr包通过正则表达式在一堆数据中提取时间时间格式为数字年数字月数字日所以使用正则表达式提起,之前在网上找了半天没找到类似于liunx的awk或者grep相似功能的函数代码,不过运气好发现了一个string的包所以进行了安装提取发现可以实现类似于awk的使用library(stringr)str_extract_all(dat3[,8],'[0-9]{4}.[0-9]{2}.[0-9]{2}') unlist(str_extract_all(dat3

2020-08-17 14:02:43 374

原创 R语言无法安装成功Seruat

@[toc]无第一次R语言安装Seruat失败出现无法提取ZIP的现象。##很大原因是没有安装‘rJava’包导致的失败如果无法创建文件夹就是没有打开管理员模式无法安装在最后从zip文件中提取错误1安装’rjava’解决问题...

2020-08-16 23:30:39 247

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