R语言空间数据处理:Part1-nc/hdf数据裁剪后逐张导出tif

需要处理的变量格式很多,在python中当时读取hdf文件一直不成功,所以又只能问度娘,看看网上的大佬们都是怎么做,然后对于hdf数据,有相关博客用R语言提供了一些方法,于是乎转战R语言处理hdf数据;

主要参考以下代码:

全球陆表特征参量数据产品GLASS数据批量下载、裁剪、格式转换

干货分享 | R语言栅格数据并行计算,HDF批量转TIFF

修改自己的参数后代码如下:

# library(foreach)
# library(doParallel)
library(terra)
# cl = makeCluster(8)   #指定核心数
# registerDoParallel(cl)

###hdf/nc文件都可以,根据自己的需求来
gllist = list.files(path = "F:/soil moisture/SMCI_1km_2000-2020_10cm", pattern = ".nc")   #读取HDF列表
gldir = paste0("F:/soil moisture/SMCI_1km_2000-2020_10cm/", gllist)

###裁剪矢量
cmr = vect("F:/region/studyarea.shp")
###逐幅导出
for (i in 1:length(gldir)){
  gll<-rast(gldir[i])
  crs(gll)  <- "epsg:4326"###指定坐标系
  gilname<-as.character(time(gll))
  glcmr <- trim(mask(gll, cmr))
  writeRaster(glcmr, filename=paste0("F:/soil_moisture_tif/", gilname, ".tif"))
  print(paste0(as.character(i)," is ok"))
}

遇到的问题:原本也想参照博主的来一个多核运行,但是老出错,也没有深究为什么出错,转而还是用for循环了~~~

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这个错误是在运行命令"./configure"时出现的。错误提示是"configure: error: /bin/sh ./config.sub /d/project/nc_file_format/hdf5-1.10.6/install/lib failed"。根据引用,这个错误可能是由于找不到或无法执行config.sub文件导致的。 根据引用中的解决方法,你可以尝试用系统中的config.sub文件替换掉当前目录下的config.sub文件。你可以使用以下命令进行替换: mv /home/joy/config/config.sub /home/joy/config/config.sub.bak cp /usr/share/libtool/build-aux/config.sub /home/joy/config/config.sub mv /home/joy/config/config.guess /home/joy/config/config.guess.bak cp /usr/share/libtool/build-aux/config.guess /home/joy/config/config.guess 这样做可以确保你使用的是系统中的config.sub文件,从而解决配置错误。 此外,你也可以使用引用中的命令查找系统中所有的config.sub文件,与你当前目录下的进行比较,以确定是否存在其他引起错误的config.sub文件。你可以使用以下命令进行查找: find / -name config.sub 这会在系统中查找所有名为config.sub的文件,并输出它们的路径。你可以将这些路径与你当前目录下的config.sub进行比较,以找到可能引起错误的文件。<span class="em">1</span><span class="em">2</span><span class="em">3</span> #### 引用[.reference_title] - *1* *2* *3* [configure: error: cannot run /bin/bash config/config.sub](https://blog.csdn.net/Jocker_xie/article/details/89332120)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v93^chatsearchT3_2"}}] [.reference_item style="max-width: 100%"] [ .reference_list ]

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