使用Python实现Linux命令的批量执行

prodigal用于预测原核生物cds，平常会用来预测核苷酸序列的cds并且翻译成氨基酸序列，但是需要一条一条的执行，量大的话很麻烦，需要一直修改命令。
该软件使用时的命令格式为

prodigal -i /your/inputpath/1234_genomic.fasta -g 11  -a /your/outputpath/1234_prodigal_protein.faa
-i为输入的核苷酸序列文件，-g为密码子表（默认为11），-a为输出的氨基酸序列文件。这里我的习惯是序列文件名1234保持不变，用genomic代表基因组核苷酸序列，用prodigal_protein代表是使用prodigal预测翻译的氨基酸序列。批量执行的时候就需要不断的修改“1234”的内容。

为了进步一简化命令，希望只使用一个用户参数即可执行代码。如：

./prodigal.py -i input_folder #只输出文件夹名称作为用户参数

下面是代码，初学Python，这几行折腾了一下午。

#!/usr/bin/python
#20200829 By fujch Mail fujch@foxmail.com
#This code is for processing prodigal with multiple species 
import os
import getopt
import sys
opts,args = getopt.getopt(sys.argv[1:],'-i:',['inputpath='])
for opt_name,opt_value in opts:
	if opt_name in ('-i','--inputpath'):
   	   path1 = '/home/prodigal/input/'+opt_value
           path2 = '/home/prodigal/output/'+opt_value
if not os.path.exists(path2):
   os.makedirs(path2)#自动创建输出文件夹
files = os.listdir(path1)
for file in files:
    ifile = os.path.splitext(file)[0]#提取文件名且不带后缀名
    ifile_str = str(ifile)
    ofile_str = ifile_str[0:-8]+"_prodigal_protein.faa"
    os.system("prodigal -i %s/%s -g 11 -a %s/%s" %(path1,file,path2,ofile_str))

代码可能有啰嗦的地方，救急能用就行，哈哈。

可以根据自己的需求修改代码适用不同的软件。