使用SimpleITK.WriteImage生成mhd文件时遇到的错误

最新推荐文章于 2024-05-19 20:48:44 发布

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分类专栏：代码复现笔记文章标签：深度学习机器学习神经网络图像处理人工智能

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问题：

RuntimeError: Exception thrown in SimpleITK ImageFileWriter_Execute: D:\a\1\sitk-build\ITK\Modules\IO\Meta\src\itkMetaImageIO.cxx:1129:

解决办法：

路径全部改为英文，一下子就解决了！！！

切忌路径出现中文！！！

确定要放弃本次机会？

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使用SimpleITK.WriteImage生成mhd文件时遇到的错误

解决办法：路径全部改为英文，一下子就解决了！！！切忌路径出现中文！！！
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mhd文件图像读取、存储、转换（SimpleITK）

04-29

python编写，mhd文件读取，获取图像参数信息，存储mhd文件，SimpleITK图像数据转成Numpy矩阵数据，Numpy矩阵数据转成SimpleITK图像数据

brain.mhd brain.raw脑部医学图像

03-08

MHD文件是一种Meta Image Format，由ITK (Insight Segmentation and Registration Toolkit) 库支持，用于存储包括图像元数据（如分辨率、空间坐标系等）在内的图像信息。RAW文件则通常包含未经处理的像素数据，即...

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【数据处理】Python读取.dcm文件的方法(解决报错:Exception thrown in SimpleITK ImageFileReader_Execute: D:\a\1\sitk\Cod)

qq_43426908的博客

01-10

5027

一、SimpleITK读取 import SimpleITK import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt image = SimpleITK.ReadImage(r"G:5511-2-00001.dcm") image = np.squeeze(SimpleITK.GetArrayFromImage(image)) plt.imshow(image) plt.show() SimpleITK有个缺点是：dcm文件的路径中不能含有中文，否则会报

关于SimpleITK 使用函数sitk.WriteImage报错‘ERROR (nifti_image_write_hdr_img2): cannot open output file ‘

qq_36401512的博客

01-22

4740

报错** ERROR (nifti_image_write_hdr_img2): cannot open output file './result17/HGG/Brats17_CBICA_AXN_1.nii.gz' 1.首先判断路径是否存在，发现没问题。 2.其次查看磁盘空间是否不足，发现已经不够用了。

SimpleITK的部分介绍及使用代码（python）

最新发布

2301_78358640的博客

05-19

1151

简单介绍了学习中SimplelTK的部分使用方法，包括读取数据，重采样，图像分割，图像形态学操作，连通域分析等

RuntimeError: Exception thrown in SimpleITK ImageFileWriter_Execute

m0_72133175的博客

10-11

412

先检查路径里面有没有包含中文，有的话改为English.Damn(重音).

【Debug记录】Exception thrown in SimpleITK ImageFileReader_Execute|路径不存在|../../..\ is not exist

m0_51141265的博客

03-12

4928

RuntimeError: Exception thrown in SimpleITK ImageFileReader_Execute: /tmp/SimpleITK/Code/IO/src/sitkImageReaderBase.cxx:97:sitk::ERROR: The file "./dataset/data_fix\ct_0001.nii.gz" does not exist.

影像组学 SimpleITK: reader.Execute() cxx: 102 报错解决

m0_51796621的博客

05-08

2212

RuntimeError: Exception thrown in SimpleITK ImageSeriesReader_Execute: D:\a\1\sitk\Code\IO\src\sitkImageReaderBase.cxx:102: sitk::ERROR: Unable to open "E:\我的笔记\影像组学笔记\renal_carcinoma\renal_carcinoma\reca_desensitization\SRS00010\IMG00000.DCM" for reading.

Python库 | SimpleITK-2.0.1-cp38-cp38-manylinux1_x86_64.whl

03-24

要安装SimpleITK，你可以直接使用Python的pip包管理器，将上述的whl文件下载到本地，然后在命令行中执行以下命令： ```bash pip install SimpleITK-2.0.1-cp38-cp38-manylinux1_x86_64.whl ``` 安装完成后，可以...

MHD.zip_mhd_zip

09-14

标题"MHD.zip_mhd_zip"中的关键词"MHD"可能指的是"Multiple Document Interface"（多文档界面）的一个变体或特定实现，而".zip"则表明这是一个压缩文件格式，用于存储多个相关文件。描述中提到"SDI implements MDI ...

brain.mhd MR 颅脑图

03-14

标题 "brain.mhd MR 颅脑图" 指出这是一份与医学成像相关的文件，特别是磁共振成像（Magnetic Resonance Imaging, MRI）的数据，用于展示颅脑结构。"mhd" 文件扩展名是MetaImage格式，这是一种广泛用于存储医学图像...

SimpleITK读取mhd文件报错Exception thrown in SimpleITK ImageFileReader_Execute: /tmp/SimpleITK-build/

weixin_43539289的博客

03-18

4298

在python中用SimpleITK读取mhd文件报错 Exception thrown in SimpleITK ImageFileReader_Execute: /tmp/SimpleITK-build/ No such file or directory. 原因是读取mhd文件时文件夹中必须同时要有对应的raw文件，我在处理文件的时候把raw文件删除了，所以出现报错。把raw文件恢复之后不再报错。 ...

已解决RuntimeError: Exception throm in SimplelTk

努力让自己发光，对的人才能迎着光而来

04-10

8270

已解决return _SimpleITK.ImageFileReader_Execute(self) RuntimeError: Exception throm in SimplelTk ImageFileReader_Execute:D:la1sitk\CodeI0srcsitkImageReaderBase.cxx:105: sitk::ERROR: Unable to determine ImagelD reader for "D:zuj\fx05(IOSUDA-master datasetsreti

SimpleITK保存mhd+raw和mha文件

moshiyaofei的博客

04-21

2953

1.使用SimpleITK将同一个序列的dicom保存为mhd+raw文件时，需要将dicom图像的InstanceNumber当做索引来存储，不能按照SliceLocation属性的大小来存储（会出错）。 2.吐过dicom图像的InstanceNumber，那么取InstanceNumber的相对值当做索引来存储，就可以生成正确的mhd+raw文件。 ...

python加simpleITK读取CT图像遇到的问题

qq_40433890的博客

10-22

8392

在python加simpleITK读取CT序列文件时出现问题代码为：ct_path = r"D:\路径\ct" dicom_reader = sitk.ImageSeriesReader() dicom_file_names =dicom_reader.GetGDCMSeriesFileNames(ct_path) if not dicom_file_names: pass dicom_reader.SetFileNames(dicom_file_names) dicom_image = dicom_re

使用SimpleITK过程中出现的WARNING

qq_43766459的博客

03-28

469

使用SimpleITK处理医学图像过程中出现的WARNING：`

ITK读mhd文件报错RuntimeError: Exception thrown in SimpleITK ReadImage......

liqiang12689的博客

05-29

9329

python下使用sitk读取mhd文件时提示： RuntimeError: Exception thrown in SimpleITK ReadImage: /tmp/SimpleITK-build/ITK/Modules/IO/Meta/src/itkMetaImageIO.cxx:491: itk::ERROR: MetaImageIO(0x55fcf29e8e30): File cannot be read: /home/liqiang/PycharmProjects/projects/COPDc.

SimpleITK.ReadImage()读取mhd文件时会隐式地使用raw文件吗

07-12

是的，当使用 `SimpleITK.ReadImage()` 函数读取 `.mhd` 文件时，它会隐式地使用与 `.mhd` 文件相关联的 `.raw` 文件。`.mhd` 文件是 MetaImage 文件格式的文件头，用于描述图像的元数据信息，而 `.raw` 文件包含实际的图像数据。在读取 `.mhd` 文件时，SimpleITK 会自动查找与之关联的 `.raw` 文件，并将其作为图像的像素数据加载。这种关联是通过 `.mhd` 文件中的 `ElementDataFile` 字段来实现的，它指定了关联的 `.raw` 文件的路径。下面是一个示例，展示如何使用 `SimpleITK.ReadImage()` 函数读取 `.mhd` 文件： ```python import SimpleITK as sitk # 读取 .mhd 文件 image_path = "image.mhd" image = sitk.ReadImage(image_path) # 获取图像数据 image_data = sitk.GetArrayFromImage(image) # 打印图像数据类型和形状 print("Image data type:", image_data.dtype) print("Image shape:", image_data.shape) ``` 在上面的示例中，我们导入了 SimpleITK 库，并使用 `sitk.ReadImage()` 函数读取名为 "image.mhd" 的 `.mhd` 文件。然后，我们使用 `sitk.GetArrayFromImage()` 函数获取图像数据，并打印出数据的类型和形状。需要注意的是，确保 `.mhd` 文件和与之关联的 `.raw` 文件在同一目录下，或者通过提供正确的文件路径来指明 `.raw` 文件的位置。希望这个解答能够帮助到你！如果还有其他问题，请随时提出。

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