VMTK学习——01.入门

写在这里的初衷，一是备忘，二是希望得到高人指点，三是希望能遇到志同道合的朋友。

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入门

本教程演示了如何在vmtk中打开数据集，导航到3D体积并设置图像以进行进一步处理。
原始链接：http://www.vmtk.org/documentation/getting-started.html

读取和显示图像

第一步是读取图像并将其显示在屏幕上。vmtkimagereader能够读取DICOM目录。另外，它将基于图像体积相对于患者的方向正确地重新定向图像体积。（（可以禁用此功能））

vmtkimagereader -ifile dicom_directory_path/first_dicom_file_in_the_series.dcm --pipe vmtkimageviewer

其中dicom_directory_path是可在其中找到DICOM图像（* .dcm或任何扩展名）的路径。

关于文件名的注释

如果文件的目录路径（或文件名本身）中包含空格字符，则必须将文件的完整路径括在“引号”中，以便正确读取文件。这对于Windows用户来说尤其重要，因为Windows用户的用户名中可能有空格！示例：如果我们有dicom文件，您想查看位于的文件C:\Users\Your Name\Documents\foo.dcm，则相应的脚本为：

vmtkimagereader -ifile "C:\Users\Your Name\Documents\foo.dcm" --pipe vmtkimageviewer

图像格式转换

假设您要以vti格式（图像的VTK XML格式编写图像卷-很方便，因为它是内部gzip格式的）：

vmtkimagereader -ifile first_dicom_file_in_the_series.dcm --pipe vmtkimagewriter -ofile image_volume.vti

其中image_volume.vti是输出文件名。

或者，也许您希望将8位png图像放入下一张纸中：

vmtkimagereader -ifile first_dicom_file_in_the_series.dcm --pipe vmtkimagewriter -f png -ofile image_file_prefix

如果图像体积由多个切片组成，则单个切片将在名为image_file_prefix0001.png，image_file_prefix0002.png，image_file_prefix0003.png等的单独png文件中输出。对于8位格式，图像级别将自动缩放为0 -255。您可以使用vmtkimagewriter的-windowlevel选项进行调整。（8位图像的使用应仅限于显示目的，例如演示或出版物中使用的图像。不应对它们进行任何处理，因为重要的信息和细节会因缩放比例而丢失。）

档案格式

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感兴趣体积（VOI）提取

通常，医学图像包含不感兴趣的结构。要从数据集中提取感兴趣的体积（VOI），可以通过以下方式在DICOM读取器和写入器之间通过管道传递vmtkimagevoiselector实例：

 vmtkimagereader -ifile dicom_directory_path/first_file_in_dicom_series.dcm --pipe
 vmtkimagevoiselector -ofile image_volume_voi.vti

（这一次，我选择在vmtkimagevoiselector中使用内置写入器，而不是通过管道传递到vmtkimagewriter。没有真正的区别。）

此时，图像体积将被区域选择立方体（小部件）剪切，新体积将显示在渲染窗口中。现在，您可以：1）按q退出，在这种情况下，结果将通过管道传输到vmtkimagewriter实例，或者2）再次按i并定义另一个VOI继续。如果您确定不想定义另一个VOI，但已经按i激活了区域选择工具，请再按一次i从渲染窗口中删除选择小部件。现在按q将退出而不进行裁剪。

使用Marching Cubes进行表面提取

考虑具有图像卷image_volume_voi.vti的示例。
根据血管图像创建表面模型的最快，最简单的方法是使用Marching Cubes对图像进行轮廓处理：

vmtkmarchingcubes -ifile image_volume_voi.vti -l 300.0 -ofile mc_surface.vtp --pipe vmtksurfaceviewer

其中-l 300.0是图像中要构建表面的级别。（使用轮廓线构建CFD模型并不总是一个好主意。血管壁的位置取决于您选择的水平，单个水平可能不代表整个图像上血液和壁之间的界面。请继续阅读了解如何克服这些问题。）表面查看器将向您显示最终的表面。

要与图像体积一起查看表面，请执行以下操作：

vmtkimagereader -ifile image_volume_voi.vti --pipe
vmtkmarchingcubes -l 300.0 -ofile mc_surface.vtp --pipe
vmtkrenderer --pipe vmtkimageviewer --pipe vmtksurfaceviewer

如果需要以Tecplot格式输出，例如：

vmtkimagereader -ifile image_volume_voi.vti --pipe
vmtkmarchingcubes -l 300.0 -ofile mc_surface.tec --pipe
vmtkrenderer --pipe vmtkimageviewer --pipe vmtksurfaceviewer

注意：如果您不清楚PypeS语法，请阅读Basic PypeS教程

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以上是自己通过网络查找及自身实践整理所得，大家有更好的建议，可以留言交流！

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翻译自
http://www.vmtk.org/documentation/getting-started.html