1. 进入TCGA官网
https://portal.gdc.cancer.gov/
2. 单击Cohort Builder
2.1 单击➕号按钮
单击+号按钮,新建cohort。这个可以保存我们下面的操作,方便以后循环使用。
单机后,左边的框中会出现"Unsaved_Cohort"字样。
2.2 选择平台
在Program部分选择数据平台,如果目前的界面没有自己想要的数据库,可以单击+16more按钮,展开剩下的数据平台。
这里,我选择TCGA平台:
2.3 选择肿瘤数据集
在Project部分选择自己想要的肿瘤数据集,这里我选择TCGA-LUAD和TCGA-LUSC:
3. 单击Repository
在这里可以选择自己想要的数据类型,例如转录组、病理图像WSI等等。
3.1 下载病理图像WSI数据
详见博客:【TCGA 2.0】选择病理图像数据并添加到购物车
4. 保存Cohort
在自己所有操作都完成后,可以保存一下当前的所有选择,下一次可以重复使用。