【TCGA】批量下载WSIs(GDC Transfer Tool-UI)

从TCGA中批量下载WSIs

1.下载TCGA原生工具

TCGA官网链接：https://portal.gdc.cancer.gov/

由于目前TCGA改版了，如果不太适应新版本界面的，可以点击红色部分，回到第一版。

下滑找到 “Data Transfer Tool”并点击。

进入"Data Transfer Tool"子页面后，下滑找到 “GDC Transfer Tool page”并点击。

进入“GDC Transfer Tool page”子页面后，下滑找到对应系统的下载文件列表

GDC提供了两种方式，个人建议选择自带UI界面的，比较方便，大家可以根据自己的系统选择文件进行下载。

下载后是一个压缩包，解压缩后双击启动

2.下载manifest file

从TCGA官网中选择自己需要的文件加入购物车后，选择"download"中的"Manifest"，即可下载manifest file。

3.使用GDC Transfer Tool批量下载WSIs

将下载好的Manifest文件拖到GDC Transfer Tool中

等待工具解析Manifest文件中对应的WSIs。

解析完成后，可以选择文件点击"download"对选中的文件进行批量下载。