关于MacOS PyMol使用问题

        由于目前PyMol应用程序已经被Schrödingerg公司收购，因此想要使用最新版本的PyMol是需要付费的。但PyMol最早是由Warren Lyford DeLano 开发的，在其生前一直坚持开源使用PyMol。所以公司也保留开源版本的PyMol供用户使用。在PyMol 2.1版本之前的版本是可以从SourceForge下载到的，然而后面更新的版本都转移到了GitHub。GitHub - schrodinger/pymol-open-source: Open-source foundation of the user-sponsored PyMOL molecular visualization system.https://github.com/schrodinger/pymol-open-source        而open-source的版本需要编译，对于很多初学者不易上手，并且最终需要通过终端调用PyMol应用程序，对于MacOS系统使用起来不是非常方便，于是我尝试了一种解决办法：

        1，可以首先从官网安装最新版本的PyMol，通过官网下载.dmg文件即可，然后按照标准程序拖到/Applications里面即可，但此版本打开程序时会显示没有激活的licence，我们暂且可以不用管，直接关掉PyMol程序就可以。PyMOL | pymol.orghttps://pymol.org/2/        2，我们可以同时通过MacPortsThe MacPorts Project -- HomeThe MacPorts Project is an open-source community initiative to design an easy-to-use system for compiling, installing, and upgrading either command-line, X11 or Aqua based open-source software on the Mac OS X operating system.https://www.macports.org/        或者homebrewThe Missing Package Manager for macOS (or Linux) — HomebrewThe Missing Package Manager for macOS (or Linux).https://brew.sh/        直接安装open-source版本的PyMol。

# MacPorts
sudo port install pymol

# Homebrew
brew install brewsci/bio/pymol

        3，最后我们可以通过which pymol找到open-source的PyMol所在文件夹，如/opt/local/bin/pymol。随后使用以下代码：

sudo cp <where-is-pymol> /Applications/PyMOL.app/Contents/MacOS

        就可以将商业版的PyMol可执行程序替换为开源版本的，而不需要licence。

        至于如何安装MacPorts和homebrew可能碰到的问题，可以在CSDN上面自己查找。后续我们也可以再说。