采用SPM12预处理nii文件(1)-slicetiming

最新推荐文章于 2024-10-10 15:47:18 发布

valentine1234

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分类专栏： fmri 文章标签：数据库数据结构 matlab

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dicom转换到nifti

这一步可以用spm中的dicom import，由于我这里数据就是nii的，所以略过

batch添加对应module

slicetiming

选择上面的temporal里的slice timing

选择session并在里面选中对应文件夹

这里可以先在matlab里面运行fmridata=spm_vol('xxxxx.nii')把对应的数据拿进去看struct里有多少个，就说明一个nii最多会有多少，也可以输一个很大的数字，比如10000(1:1000),这样就会自动截取到最大的数

这里截图没截全，逗号后面是有个1的，需要在frames指定区间才能把一个nii里的所有都显示出来

按下回车后可以看到最大是590

在filter里面输入正则表达式，这里我们先只选中所有run-1的文件

右键会有select ALL,点击把所有文件选择进来

可以看到session1此时已经包含了第一个run的所有文件，下面两个session一样选择之后两个run的所有文件

下面slice number和TR TA的确认一般如果是dicom原始文件的话可以从dicominfo('xxx')来查看dicom文件包含的信息

但是现在文件初始已经是nifti格式，不过是在openneuro网站下载的，在下载的时候可以看到文件都有附带对应的json文件，json文件里一般会把信息写清楚。

{
    "ConversionSoftware": "dicm2nii.m 20181126",
    "SeriesNumber": 3,
    "SeriesDescription": "fMRI_Run_1",
    "ImageType": ["ORIGINAL", "PRIMARY", "M", "MB", "ND", "MOSAIC"],
    "Modality": "MR",
    "AcquisitionDateTime": "20180921141748.780000",
    "TotalReadoutTime": 0.041399172,
    "SliceTiming": [
        0,
        0.685,
        0.3925,
        0.0975,
        0.7825,
        0.49,
        0.195,
        0.88,
        0.5875,
        0.2925,
        0,
        0.685,
        0.3925,
        0.0975,
        0.7825,
        0.49,
        0.195,
        0.88,
        0.5875,
        0.2925,
        0,
        0.685,
        0.3925,
        0.0975,
        0.7825,
        0.49,
        0.195,
        0.88,
        0.5875,
        0.2925,
        0,
        0.685,
        0.3925,
        0.0975,
        0.7825,
        0.49,
        0.195,
        0.88,
        0.5875,
        0.2925  ],
    "RepetitionTime": 1,
    "PhaseEncodingDirection": "j-",
    "EffectiveEchoSpacing": 0.000599988,
    "EchoTime1": 0.035,
    "deltaTE": 34,
    "EchoTime2": 0.001,
    "SliceThickness": 2.73,
    "FlipAngle": 62,
    "Manufacturer": "SIEMENS",
    "SoftwareVersion": "syngo MR E11",
    "MRAcquisitionType": "2D",
    "InstitutionName": "R",
    "InstitutionAddress": "Medical Center Dr 5,Columbia,SC,US,29203",
    "DeviceSerialNumber": "67060",
    "ScanningSequence": "EP",
    "SequenceVariant": "SK\\SS",
    "ScanOptions": "FS",
    "SequenceName": "epfid2d1_70",
    "TaskName":"affect"
}

可以看到slicetiming里有几行，就是扫描了几个slice

repetitionTime就是TR，这个文件的TR是1

当然如果只有nii文件的时候也没关系，可以在matlab里把nii的数据用spm_vol读进来然后直接看

这里可以看到前面的frames是590.是一个四维的数据，第四维就是slice number就是40，跟前面json文件里数的也一样

TR可以通过fmri_data(1).private.timing.tspace

得到，跟刚刚json文件里的repetition time也是一样的

而TA就是TR-TR/slice number(1-1/40),直接填进去就可以，也可以先不填直接写0.只要后面slice order写好了，spm会自己计算的

在json文件中可以看到这个数据是一个多通道收集的数据，因为他同时出现了四个0，说明在最开始他有四个通道同步进行

这里可以直接把json的slice timing复制到spm里面