跟着 NC 学作图 | 多组散点图+配对连线+差异分析

scatter_paired_line

今天我们复现一幅2022年7月发表在nature communications上的配对连线散点图。

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Title：Evaluation of transplacental transfer of mRNA vaccine products and functional antibodies during pregnancy and infancy

DOI：https://doi.org/10.1038/s41467-022-32188-1

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之前复现过的「散点图」：

1. 跟着 Cell 学作图 | 箱线图+散点(组间+组内差异分析)

2. R实战 | 对称云雨图 + 箱线图 + 配对散点 + 误差棒图 +均值连线

3. 跟着 Cell 学作图 | 分组抖动散点图+差异分析

4. 跟着 Cell 学作图 | 分组蜂群图+均值线+差异分析(组间+组内)

本期图片

figure

结果展示

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纯R实现，放心食用。

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复现结果

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绘制

# 生成示例数据
dt = data.frame(sample = paste0('sample',1:30),
                A = runif(30,0,450),
                B = runif(30,100,500),
                C = runif(30,0,300))
head(dt)
# 长宽转换
library(tidyverse)
library(reshape2)
dt_long <- melt(dt,
                measure.vars = c("A","B",'C'),
                variable.name = "group",
                value.name = "value")
# 绘图
library(ggplot2)
library(ggthemes)
head(dt_long)
# 绘制散点图+配对连线
p1 <- ggplot(dt_long,aes(group, value, fill = group))+
  geom_line(aes(group = sample),
            size = 0.5)+#图层在下，就不会显示到圆心的连线
  geom_point(shape = 21,
             size = 3,
             stroke = 0.6,
             color = 'black')+
  scale_x_discrete(expand = c(-1.05, 0)) + # 坐标轴起始
  scale_fill_manual(values = c('#800040','#fc6666','#108080'))+
  geom_rangeframe() + # 坐标轴分离
  theme_tufte() +
  theme(legend.position = 'none',  # 标签字体等
        axis.text.y = element_text(size = 14,
                                   face = "bold"),
        axis.text.x = element_text(size =14,
                                   face = "bold"),
        axis.title.y = element_text(size = 15, 
                                    color = "black",
                                    face = "bold")) +
  labs(x = ' ', 
       y = 'Values')

p1

# 为了绘制原图的差异形式 手动计算p值
library(rstatix)
result = t_test(dt_long,value~group)  
head(result)

# 添加显著性标记
p2 <- p1 +  
  coord_cartesian(clip = 'off',ylim = c(0,500))+ 
  theme(plot.margin = margin(1,0,0,0.5,'cm'))+ 
  annotate('segment',x=1,xend=1.99,y=510,yend=510,color='black',cex=.6)+
  annotate('segment',x=1,xend=1,y=505,yend=515,color='black',cex=.6)+
  annotate('segment',x=1.99,xend=1.99,y=505,yend=515,color='black',cex=.6)+
  annotate('segment',x=2.01,xend=3,y=510,yend=510,color='black',cex=.6)+
  annotate('segment',x=2.01,xend=2.01,y=505,yend=515,color='black',cex=.6)+
  annotate('segment',x=3,xend=3,y=505,yend=515,color='black',cex=.6)+
  annotate('segment',x=1,xend=3,y=530,yend=530,color='black',cex=.6)+
  annotate('segment',x=1,xend=1,y=525,yend=535,color='black',cex=.6)+
  annotate('segment',x=3,xend=3,y=525,yend=535,color='black',cex=.6)+
  annotate("text", x = 1.5, y = 520, label ="p = 0.080",size = 6)+
  annotate("text", x = 2.5, y = 520, label ="p = 0.129",size = 6)+
  annotate("text", x = 2, y = 540, label ="p = 0.0004",size = 6)
p2
ggsave('paired_scatter.pdf',p2,width = 8,height = 7)

复现结果

往期内容

1. CNS图表复现|生信分析|R绘图 资源分享&讨论群！

2. 这图怎么画| 有点复杂的散点图

3. 这图怎么画 | 相关分析棒棒糖图

4. 组学生信| Front Immunol |基于血清蛋白质组早期诊断标志筛选的简单套路

5. (免费教程+代码领取)|跟着Cell学作图系列合集

6. Q&A | 如何在论文中画出漂亮的插图？

7. 跟着 Cell 学作图 | 桑葚图(ggalluvial)

8. R实战 | Lasso回归模型建立及变量筛选

9. 跟着 NC 学作图 | 互作网络图进阶(蛋白+富集通路)(Cytoscape)

10. R实战 | 给聚类加个圈圈(ggunchull)

11. R实战 | NGS数据时间序列分析(maSigPro)

12. 跟着 Cell 学作图 | 韦恩图(ggVennDiagram)

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