Rosalind 008 Translating RNA into Protein

Kyookk

已于 2022-11-17 23:17:33 修改

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分类专栏：生物信息文章标签： python

于 2022-11-17 23:14:48 首次发布

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背景：

正如核酸是核苷酸的聚合物一样，蛋白质是称为氨基酸的较小分子;20种氨基酸通常出现在每个物种中。就像给出核酸的一级结构一样根据其核苷酸的顺序，蛋白质的主要结构是其氨基酸。一些蛋白质由几个称为多肽的亚链组成，而另一些则由单个多肽形成; 参见图1。

蛋白质为细胞执行的所有实际功能提供动力，因此推测，理解生命的关键在于解释氨基酸链之间的关系以及这条氨基酸链最终构建的蛋白质的功能。蛋白质组学是专门研究蛋白质的领域。

蛋白质是如何产生的？遗传密码，在整个过程中发现 1950年代后期的巧妙实验数量，详细介绍了一种称为信使RNA（mRNA）的RNA分子转化为蛋白质氨基酸创造。翻译的明显困难在于，必须以某种方式将 4 个 RNA 碱基翻译成 20 个氨基酸的语言; 为了创建每个可能的氨基酸，我们必须将3-核碱基串（称为密码子）翻译成氨基酸。请注意，有43=6443=64可能的密码子，以便多个密码子可以编码相同的氨基酸。两种特殊类型的密码子是起始密码子（AUG），它编码氨基酸蛋氨酸总是指示翻译的开始，以及三个终止密码子（UAA，UAG，UGA），它不编码氨基酸并导致翻译结束。

蛋白质总是由RNA产生的概念，而RNA又总是由RNA产生 DNA，构成了分子生物学的核心教条。像所有教条一样，它并不总是成立; 但是，它提供了对真相的极好近似。

称为核糖体的细胞器通过以下方式产生肽使用称为转移RNA（tRNA）的辅助分子。单个tRNA分子在一端具有一串三个RNA核苷酸（称为反密码子）和一个氨基另一端是酸。核糖体从DNA转录的RNA分子（参见“将DNA转录成RNA”），称为信使RNA（mRNA），并一次检查一个密码子。在每一步中，tRNA在该位置具有与mRNA互补的反密码子键，并且在tRNA的另一端发现的氨基酸被添加到生长的肽中在tRNA的剩余部分被喷射到细胞中之前链，核糖体看起来对于下一个tRNA分子。

并非每个RNA碱基最终都会被翻译成蛋白质，因此RNA的间隔（或翻译成RNA的DNA间隔），编码蛋白质具有很大的生物学意义;这样的DNA或RNA间隔称为基因。因为蛋白质的产生驱动细胞过程，基因区分生物并作为基础遗传，或遗传特征的过程。

https://rosalind.info/problems/prot/

问题：

给出一个核糖核酸串对应于一条mRNA链（长度最多为10kbp）。

返回编码的蛋白质串

代码：

proteins = {
        'AUA':'I', 'AUC':'I', 'AUU':'I', 'AUG':'M',
        'ACA':'T', 'ACC':'T', 'ACG':'T', 'ACU':'T',
        'AAC':'N', 'AAU':'N', 'AAA':'K', 'AAG':'K',
        'AGC':'S', 'AGU':'S', 'AGA':'R', 'AGG':'R',
        'CUA':'L', 'CUC':'L', 'CUG':'L', 'CUU':'L',
        'CCA':'P', 'CCC':'P', 'CCG':'P', 'CCU':'P',
        'CAC':'H', 'CAU':'H', 'CAA':'Q', 'CAG':'Q',
        'CGA':'R', 'CGC':'R', 'CGG':'R', 'CGU':'R',
        'GUA':'V', 'GUC':'V', 'GUG':'V', 'GUU':'V',
        'GCA':'A', 'GCC':'A', 'GCG':'A', 'GCU':'A',
        'GAC':'D', 'GAU':'D', 'GAA':'E', 'GAG':'E',
        'GGA':'G', 'GGC':'G', 'GGG':'G', 'GGU':'G',
        'UCA':'S', 'UCC':'S', 'UCG':'S', 'UCU':'S',
        'UUC':'F', 'UUU':'F', 'UUA':'L', 'UUG':'L',
        'UAC':'Y', 'UAU':'Y', 'UAA':'*', 'UAG':'*',
        'UGC':'C', 'UGU':'C', 'UGA':'*', 'UGG':'W',
    }
coded = 'AUGGCCAUGGCGCCCAGAACUGAGAUCAAUAGUACCCGUAUUAACGGGUGA'
decoded = ''
for i in range(0, len(coded)-3, 3):
    if  proteins[coded[i:i+3]] == '*':
            break
    decoded += proteins[coded[i:i+3]]
print(decoded)

"""
MAMAPRTEINSTRING
"""