Rosalind 035 Creating a Distance Matrix

最新推荐文章于 2024-10-10 22:59:02 发布

Kyookk

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分类专栏：生物信息文章标签：算法

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_45848873/article/details/135317508

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本文介绍了如何使用Python计算DNA字符串的P距离矩阵，通过Hamm距离函数实现对四条DNA序列间的比较，并生成距离矩阵。

摘要由CSDN通过智能技术生成

题目背景：

这个问题涉及到计算一组DNA字符串的p距离矩阵。p距离是衡量序列间进化距离的一种方法。以下是问题和过程的详细说明：

理解P距离：两个DNA字符串之间的p距离是指在相应位置上两个字符串不同的核苷酸比例。数学上来说，如果你有两个长度相同的字符串s1和s2，那么p距离dp(s1, s2)就是不同位置的数量除以字符串的总长度。
距离矩阵：距离矩阵D是一个方阵，其中每个元素Di,j代表数据集中第i个和第j个DNA字符串之间的p距离。

3. 如何构建距离矩阵：

假设我们有4条DNA序列。

我们需要比较每一对序列，计算它们之间的p距离。

然后把这些p距离放在一个表格（矩阵）中。这个表格有4行4列，因为我们有4条序列。

每行和每列代表一条序列。表格中的每个数字都是两条序列之间的p距离。

https://rosalind.info/problems/pdst/

代码：

from method import fasta
name_list,value_list = fasta('')


def hamm(a,b):
    count = 0
    for i in range(len(a)):
        if a[i] != b[i]:
            count+=1
    return float(count/len(a))


#value_list = ['TTTCCATTTA','GATTCATTTC','TTTCCATTTT','GTTCCATTTA']

ans = []
for i in value_list:
    temp = []
    for j in value_list:
        temp.append('{:.5f}'.format(hamm(i, j)))
    ans.append(temp)

for i in ans:
    print(' '.join(i))