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文献阅读:生物信息学
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文献阅读:tidyomics 生态系统:增强组学数据分析
在 Bioconductor 中,GenomicRanges 将基因组特征组织为行中的范围(例如,基因、外显子、单核苷酸多态性 (SNP) 和 CpGs),并与列中的变量(例如,范围宽度)链接(如 BED 格式)。最近,tidy R 范式和 tidyverse 软件生态系统通过优先考虑直观的数据表示和操作而不是复杂的数据结构和语法,改变了基于 R 的数据科学。基因组学、表观基因组学、转录组学、空间分析和多组学的高通量技术彻底改变了生物医学研究,为数据操作、探索、分析、整合和解释带来了机遇和挑战。原创 2024-07-17 19:25:14 · 1042 阅读 · 0 评论 -
文献阅读:ezSingleCell 为实验室科学家提供集成的一站式单细胞和空间组学分析平台
文献介绍文献题目: ezSingleCell: an integrated one-stop single-cell and spatial omics analysis platform for bench scientists 研究团队: 陈金妙(新加坡科学技术研究局)发表时间: 2024-07-03 发表期刊: Nature Communications 影响因子: 14.7 DOI: 10.1038/s41467-024-48188-2摘要ezSingleCell 是一款交互式且易原创 2024-07-15 15:47:08 · 779 阅读 · 0 评论 -
文献阅读:SpaceX:空间转录组学的基因共表达网络估计
文献介绍「文献题目」 SpaceX: gene co-expression network estimation for spatial transcriptomics 「研究团队」 Veerabhadran Baladandayuthapani(美国密歇根大学)、Xiang Zhou(美国密歇根大学)「发表时间」 2022-09-30 「发表期刊」 Bioinformatics 「影响因子」 6.9 「DOI」 10.1093/bioinformatics/btac645摘要空间解析转录原创 2024-06-19 18:48:41 · 990 阅读 · 0 评论 -
文献阅读:GCNG:用于从空间转录组数据推断基因相互作用的图卷积网络
文献介绍「文献题目」 GCNG: graph convolutional networks for inferring gene interaction from spatial transcriptomics data 「研究团队」 Ziv Bar-Joseph(美国卡内基梅隆大学)「发表时间」 2020-12-10 「发表期刊」 Genome Biology 「影响因子」 10.8 「DOI」 10.1186/s13059-020-02214-w摘要大多数从表达数据推断基因间相互作用的原创 2024-06-02 16:07:18 · 727 阅读 · 2 评论 -
文献阅读:SPACEL:基于深度学习的空间转录组结构表征
文献介绍「文献题目」 SPACEL: deep learning-based characterization of spatial transcriptome architectures 「研究团队」 瞿昆(中国科学技术大学)「发表时间」 2023-11-22 「发表期刊」 Nature Communications 「影响因子」 16.6 「DOI」 10.1038/s41467-023-43220-3摘要空间转录组学(ST)技术可以检测单个 cells/spots 中的 mRNA 表原创 2024-04-29 08:49:02 · 1241 阅读 · 2 评论 -
文献阅读:Viv:在 web 上多尺度可视化高分辨率多重生物成像数据
现有的 Web viewers 也利用图形处理单元 (GPU) 加速渲染,但通常针对单通道体积数据集进行定制,最重要的是,缺乏为现有或新颖应用程序重用和组合功能的能力。相比之下,Viv 的模块化允许重新调整和扩展核心功能。尽管生物成像的快速创新带来了重大的科学价值,但没有统一的可交互操作标准的技术,限制了结果的分析和共享。Viv 通过消除对服务器端渲染的依赖,解决了大多数基于 web 的生物成像查看器的一个关键限制,提供了一个灵活的工具包,无需安装软件即可在移动和桌面设备上浏览多 TB 数据集。原创 2024-04-14 20:20:37 · 908 阅读 · 0 评论 -
文献阅读:通过 NeuronChat 从单细胞转录组推断神经元-神经元通信
文献介绍「文献题目」 Inferring neuron-neuron communications from single-cell transcriptomics through NeuronChat 「研究团队」 聂青(加利福尼亚大学欧文分校)「发表时间」 2023-02-28 「发表期刊」 Nature Communications 「影响因子」 16.6 「DOI」 10.1038/s41467-023-36800-w摘要神经通信网络构成了大脑功能的基础。这些通信网络是通过发射配体原创 2024-03-31 17:10:20 · 815 阅读 · 0 评论 -
文献阅读:使用 CellChat 推理和分析细胞-细胞通信
文献介绍「文献题目」 Inference and analysis of cell-cell communication using CellChat 「研究团队」 聂青(加利福尼亚大学欧文分校)「发表时间」 2021-02-17 「发表期刊」 Nature Communications 「影响因子」 16.6 「DOI」 10.1038/s41467-021-21246-9摘要理解细胞间的全局通信需要细胞间信号链接的准确表示,并对这些链接进行有效的系统级分析。作者建立了一个配体、受体及其原创 2024-03-30 10:52:15 · 1193 阅读 · 0 评论