ADNI-python实现批量nii和dcm文件转换为png图像

需求：
转换后的PNG文件保存在与原始保存DCM和nii文件的文件夹格式相同的子文件夹中。并加入进度和时间预估功能。

任务步骤：
1.读取DCM和nii文件所在的目录树。
2.将每个DCM和nii文件转换为PNG并将其保存在与DCM和nii文件所在的子文件夹中的一个新文件夹中。
3.确保PNG文件名与其对应的DCM和nii文件名相同。

最终代码链接🔗notion记录：
修改文件夹所在地址就可以使用，但需要注意需要提前安装的库
python实现批量nii和dcm文件转换为png图像

DCM->PNG

import os
import numpy as np
import pydicom
from PIL import Image

# DCM文件路径
dcm_path = "/path/to/dcm/files/"
# PNG文件保存路径
png_path = "/path/to/png/files/"

# 获取所有DCM文件的路径
dcm_files = []
for dirpath, dirnames, filenames in os.walk(dcm_path):
    for filename in filenames:
        if filename.endswith(".dcm"):
            dcm_files.append(os.path.join(dirpath, filename))

# 遍历所有DCM文件并转换为PNG
for dcm_file in dcm_files:
    # 加载DCM文件
    ds = pydicom.dcmread(dcm_file)
    pixel_array = ds.pixel_array
    # 将像素数组转换为图像
    im = Image.fromarray(np.uint8(pixel_array))
    # 获取DCM文件所在的子文件夹名称
    sub_dirname = os.path.basename(os.path.dirname(dcm_file))
    # 创建PNG文件夹
    png_subdir = os.path.join(png_path, sub_dirname)
    os.makedirs(png_subdir, exist_ok=True)
    # 保存PNG文件
    png_filename = os.path.splitext(os.path.basename(dcm_file))[0] + ".png"
    png_file = os.path.join(png_subdir, png_filename)
    im.save(png_file)

我们首先遍历dcm_path目录树中的所有DCM文件，并将它们存储在一个列表中。然后，我们对每个DCM文件进行处理：我们读取像素数组并将其转换为PIL图像，然后根据DCM文件所在的子文件夹创建一个新的PNG文件夹，并将PNG文件保存到该文件夹中。

请注意，在上面的代码中，我们使用了os.walk()函数来遍历整个目录树，并使用os.path.dirname()和os.path.basename()函数从路径中提取子文件夹名称和文件名。我们还使用了os.makedirs()函数来创建PNG文件夹（如果尚不存在的话）。

因为图像数据太多，我添加了进度和时间预估功能

import os
import numpy as np
import pydicom
from PIL import Image
from tqdm import tqdm

# DCM文件路径
dcm_path = "/path/to/dcm/files/"
# PNG文件保存路径
png_path = "/path/to/png/files/"

# 获取所有DCM文件的路径
dcm_files = []
for dirpath, dirnames, filenames in os.walk(dcm_path):
    for filename in filenames:
        if filename.endswith(".dcm"):
            dcm_files.append(os.p