批量nii文件转换为png图像

本文档介绍了如何使用Python批量将多个nii文件转换为png图像,转换后的图像保存在与nii文件同名的文件夹中。适用于处理ADNI数据集,常见问题包括处理不同shape的nii文件及如何忽略警告。
摘要由CSDN通过智能技术生成

之前介绍过单个nii文件转换成png图像:

https://blog.csdn.net/weixin_43330946/article/details/89501865

这里介绍将多个nii文件(保存在一个文件夹下)转换成png图像。且图像单个文件夹的名称与nii名字相同。


import numpy as np
import os                #遍历文件夹
import nibabel as nib    #nii格式一般都会用到这个包
import imageio           #转换成图像

def nii_to_image(niifile):
    filenames = os.listdir(filepath)  #读取nii文件夹
    slice_trans = []

    for f in filenames:
        #开始读取nii文件
        img_path = os.path.join(filepath, f)
        img = nib.load(img_path)                #读取nii
        img_fdata = img.get_fdata()
        fname = f.replace('.nii','')            #去掉nii的后缀名
        img_f_path = os.path.join(imgfile, fname)
        #创建nii对应的图像的文件夹
        if not os.path.exists(img_f_path):
            os.mkdir(img_f_path)                #新建文件夹

        
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