import dgl Permission denied: ‘/home/.dgl‘

环境:jupyterhub容器 + pyspark + livy + yarn

说明:
jupyterhub以容器的方式运行,jupyterhub支持2个内核,python3和pyspark。问题是python3在容器里面,相当于与大数据集群环境隔离,无法直接读取HDFS上的文件。
现在使用pyspark,通过下列参数,配置引用独立的python环境。

%%configure -f
{
"conf":{
    "spark.driver.maxResultSize":"20G",
    "spark.executor.cores":"4",    
    "spark.executor.memory":"8G",
    "spark.driver.cores":"4",    
    "spark.driver.memory":"8G",
    "spark.dynamicAllocation.minExecutors":"30",
    "spark.dynamicAllocation.maxExecutors":"150",
    "spark.network.timeout":"1800",
    "spark.yarn.dist.archives":"hdfs:///tmp/Python-3.6.8.zip#368",
    "spark.pyspark.python":"368/Python-3.6.8/bin/python3",
    "spark.pyspark.driver.python":"/user/4885/Python-3.6.8/bin/python3"
},
"name":"paopi_04885",
"queue":"root.default"
}

import dgl
发现报权限错误。Permission denied: '/home/.dgl'


解决方法:
修改源码,设置为临时目录,有权限的路径 /tmp

vim ~/Python-3.6.8/lib/python3.6/site-packages/dgl/backend/__init__.py

default_dir = os.path.join(os.path.expanduser('~'),'.dgl')
改成自己有权限的路径
default_dir = os.path.join(os.path.expanduser('/tmp'),'.dgl')

后续遇到的问题,不同的用户使用dgl,又出现了权限问题

原因分析:
在大数据集群节点,本地文件系统创建了/tmp/.dgl,不同的提交用户使用的都是/tmp/.dgl,所以会有权限问题。

解决办法:
修改源码时,不同的提交用户,设置不同的路径,如 /tmp/04885/、/tmp/xiaoming/、/tmp/xiaogang/等等,分开打python包


根据异常信息,找到报错位置

第1个位置
vim ~/Python-3.6.8/lib/python3.6/site-packages/dgl/backend/__init__.py
default_dir = os.path.join(os.path.expanduser('~'),'.dgl')
改成自己有权限的路径
default_dir = os.path.join(os.path.expanduser('/tmp/04885/'),'.dgl')


第2个位置
vim ~/Python-3.6.8/lib/python3.6/site-packages/dgl/data/utils.py
default_dir = os.path.join(os.path.expanduser('~'),'.dgl')
改成自己有权限的路径
default_dir = os.path.join(os.path.expanduser('/tmp/04885/'),'.dgl')


第3个位置
vim ~/Python-3.6.8/lib/python3.6/site-packages/dgl/backend/set_default_backend.py
default_dir = os.path.join(os.path.expanduser('~'),'.dgl')
改成自己有权限的路径
default=os.path.join(os.path.expanduser('/tmp/04885/'),'.dgl')

  • 0
    点赞
  • 0
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 1
    评论

“相关推荐”对你有帮助么?

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论 1
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值