代码复现
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ColdDTA复现过程
从我实现代码复现的经验来看,一般来说不用按照顺序一个一个安装readme上给的库,先把基础的pytorch和geometric包安装成功之后(版本要一致)直接跑数据处理的代码报什么错就对应的安装相应 的包例如:以上就是今天要讲的内容,本文仅仅简单介绍了pandas的使用,而pandas提供了大量能使我们快速便捷地处理数据的函数和方法。原创 2024-08-28 17:06:25 · 182 阅读 · 0 评论 -
论文笔记ColdDTA:利用数据增强和基于注意力的特征融合进行药物靶标结合亲和力预测
以下是本篇文章正文内容,下面案例可供参考药物靶点亲和力(DTA)的准确预测在药物发现和开发中起着至关重要的作用。最近,深度学习方法在随机拆分的公共数据集上显示出优异的预测性能。然而,仍然需要对这种拆分方法进行验证,以反映实际应用中的实际问题。在冷启动实验设置中,测试集中的药物或蛋白质不会出现在训练集中,深度学习模型的性能通常会显着下降。这表明提高模型的泛化能力仍然是一个挑战。原创 2024-05-03 20:35:36 · 1475 阅读 · 2 评论 -
ASIM复现相关知识补充
记录一下知识补充或者遇到的问题这篇文章中讨论了一个基于Stack Overflow数据转储构建的软件工程领域语料库,以及基于该语料库预训练的特定领域词嵌入。语料库作用:构建的15GB语料库包含了从2014年1月到2020年6月的Stack Overflow数据。这个语料库用于训练和捕捉软件工程领域内的丰富语义和句法信息。预训练词嵌入:使用GloVe方法对语料库中的文本进行预训练,生成300维的词向量。这些词嵌入专门针对软件工程领域,能够提高模型在相关任务中的性能。模型性能提升。原创 2024-04-29 19:07:19 · 490 阅读 · 0 评论