SGE常用命令

一、qsub提交作业

$ qsub -V -b n -cwd runJob.sh

qsub -q <queue> -w e -N <job_name> -l h_vmem=<memory, e.g. 4G> -l h_rt=<time> -l s_rt=<time> -pe smp <num_slots> -o <outputlogfile> -e <errorlogfile> <pathtoScript> <arg1> <arg2>

以下是一些选项及其解释。
-q 设置队列。您通常会使用标准队列，因此无需进行设置。
-V 将所有环境变量传递给作业
-v var[=value] 将专门将环境变量“var”传递给作业
-b y 允许命令是二进制文件而不是脚本。
-w e 验证选项并在出现错误时中止
-N 工作名称。当您使用qstat, 检查您的作业状态时，您将看到这一点。
-l h_vmem=size 指定所需的最大内存量（例如 3G 或 3500M）（注意：这是每个处理器插槽的内存。因此，如果您要求 2 个处理器，总内存将为 2 * hvmem_value）
-l h_rt=hh:mm:ss 指定最长运行时间（小时、分钟和秒）
-l s_rt=hh:mm:ss 指定软运行时间限制（小时、分钟和秒） - 请记住同时设置 s_rt 和 h_rt。
-pe smp <n_slots>这指定了并行环境。smp使用共享内存和 n_processors 数量的内核运行并行作业。
-cwd 在当前工作目录中运行
-wd 将此作业的工作目录设置为
-o <output_logfile> 输出日志文件的名称
-e <error_logfile> 错误日志文件的名称
-m ea 作业结束或中止时将发送电子邮件
-P 设置作业的项目
-M 要发送电子邮件的电子邮件地址
-t -: 提交带有起始索引的作业数组 , 停止索引 增量使用

二、qstat 命令确定作业的状态

qstat命令有关在SGE队列中的作业命令显示的信息，无论是运行，等待运行

qstat [-f] [-j job_number ] [-U login_id ] [-u login_id ]

（单独的 qstat 没有参数）显示所有正在运行和等待作业的列表。
-F : 显示每个队列的摘要信息以及作业列表。
-j job_number : 显示作业编号为job_number的作业的状态
-U登录 ID : 显示login_id可以访问的那些队列的正在运行和等待作业的列表。或者使用groupjobs脚本获取此信息；输入groupjobs -help以获取使用信息。
-u登录 ID : 显示login_id 正在运行和等待的作业的列表。或者使用myjobs脚本获取此信息作为您自己的 login_id。

三、qhost 命令显示节点信息

qhost约计算节点命令显示信息：它们的架构，处理器的数目，负载等的qhost命令的语法是：

qhost [-j] [-q]

（单独的 qhost 没有参数）:显示有关计算节点的信息表。
-j:添加有关在每个计算节点上运行的特定作业的信息。
-q:显示每个计算节点接受的队列。

四、qdel 命令取消作业

在对于qdel命令用于要么取消作业，而它正在等待执行或在运行时。qdel 命令的语法是：

对于qdel job_number
如果正在运行的作业没有立即取消，请输入：

对于qdel -f job_number
强制取消。作业所有者无法取消处于“dr”状态（禁用运行）的作业。它们必须由系统管理员取消。“dr”状态作业通常表示系统硬件问题。