电子材料与器件计算方法基础——学习使用nwchem——homework3_1

最新推荐文章于 2024-04-19 09:50:22 发布

铭....

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分类专栏：电材作业文章标签： linux 运维服务器

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问题

1

问题如下：
在这里插入图片描述

(a) i

首先进入到需要的目录下，可以看到下列的文件列表
在这里插入图片描述
由于不知道哪个是需要查看的运行配置文件，使用vim文本编辑器阅读运行文件

vim run_job.sh

可以看到其中内容如图：
在这里插入图片描述
可以看到，运行的是Benzene.nw文件，并将结果写入1.out文件
使用vim打开Benzene.nw

vim Benzene.nw

在这里插入图片描述
据此可以回答第一个问题：

basis
* library 6-31G*
end

使用的是6-31G*基组
查阅相关资料，可以得到以下信息：

6-31G* 基组包含6个一般性质的基函数（6-31G），加上3个极化函数（d函数），共计9个基函数。其中，6个一般性质的基函数包括一个s型函数和三个p型函数，分别对应每个原子轨道的s和p轨道。
6-31G* 基组中的基函数可以用高斯型函数表示，即每个基函数都可以表示为多个高斯函数之和。这种表示方法使得计算效率更高，同时也更加准确，可以更好地描述分子的电子结构。
6-31G基组还包含了3个极化函数，使得该基组可以更好地描述分子中的电子云极化现象，从而更加准确地描述分子的电子结构。
在6-31G 基组中，每个一般性质的基函数（s和p轨道）都用三个高斯函数表示，而每个极化函数（d轨道）都用五个高斯函数表示。因此，6-31G基组共含有33个高斯函数（6个一般性质的基函数和3个极化函数，每个基函数用3或5个高斯函数表示）。

(b) i

阅读上机说明，本人为第二组，需要修改run_job.sh
在这里插入图片描述
由于我不知道mpi地址，姑且不使用并行计算了，改成下面的形式

#!/bin/bash
nohup /opt/nwchem/bin/LINUX64/nwchem Benzene.nw >& 1.out &

在文件夹目录下，使用bash执行文件

bash run_job.sh

在输出文件1.out中进行搜索关于对称性的关键词

/symmetry

输入？和/完成对上一条和下一条关键词的搜索，得到如下结果

D6H symmetry detected

可以看到输入几何构型具有D6H对称性

查看优化后的原子分布：

Output coordinates in angstroms (scale by  1.889725989 to convert to a.u.)

  No.       Tag          Charge          X              Y              Z
 ---- ---------------- ---------- -------------- -------------- --------------
    1 C                    6.0000     1.07904495     1.07904495     0.00000000
    2 C                    6.0000    -1.47400281     0.39495786     0.00000000
    3 C                    6.0000     0.39495786    -1.47400281     0.00000000
    4 C                    6.0000    -1.07904495    -1.07904495     0.00000000
    5 C                    6.0000     1.47400281    -0.39495786     0.00000000
    6 C                    6.0000    -0.39495786     1.47400281     0.00000000
    7 H                    1.0000     1.80736493     1.80736493     0.00000000
    8 H                    1.0000    -2.46890641     0.66154148     0.00000000
    9 H                    1.0000     0.66154148    -2.46890641     0.00000000
   10 H                    1.0000    -1.80736493    -1.80736493     0.00000000
   11 H                    1.0000     2.46890641    -0.66154148     0.00000000
   12 H                    1.0000    -0.66154148     2.46890641     0.00000000

在优化后的苯分子中，最近邻C原子之间的距离是3.3986 Å。这是第1个C原子和第4个C原子之间的距离。
最近邻的C原子和H原子之间的距离是1.0857 Å。这是第1个C原子和第7个H原子之间的距离。

(b) ii

搜索HOMO、LUMO，得到如下结果：

HOMO         =      -0.248712
LUMO         =      -0.007899

通过查阅资料得知
核磁共振(NMR)实验测得苯环相关参数为：HOMO = -7.2 eV, LUMO = -2.8 eV
紫外-可见(UV-Vis)光谱实验：HOMO = 6.5-7.5 eV, LUMO = 9.5-10.5 eV
X射线光电子(XPS)谱实验：HOMO = 7.1-7.9 eV, LUMO = 10.6-11.3 eV

均与查阅得到的结果相去甚远，再回看题目，发现有提示如下：
(提示: 输出中 LUMO 和HOMO 指示的数值可能不是最终的、计算后的 LUMO 和 HOMO 的值)

修改搜索关键词Molecular，得到以下结果：

 Vector   33  Occ=0.000000D+00  E= 5.013032D-01  Symmetry=e1u
             MO Center=  7.0D-15,  3.1D-15, -3.4D-34, r^2= 5.1D+00
  Bfn.  Coefficient  Atom+Function         Bfn.  Coefficient  Atom+Function
 ----- ------------  ---------------      ----- ------------  ---------------
   21      2.146089   2 C  s                66     -2.146089   5 C  s
   37      1.977591   3 C  px               82      1.977591   6 C  px
    7      1.393304   1 C  px               52      1.393304   4 C  px
    6     -1.238745   1 C  s                51      1.238745   4 C  s
    8     -1.181026   1 C  py               53     -1.181026   4 C  py

可以看到HOMO能量为E= 5.013032D-01，比较来看，仿真与实际差异较大，可能一部分是因为参数为易于计算进行了一定程度的调整，同时仿真未完全的结果
结构优化步数可对照类似内容写：
结构优化步数：10
每一步循环次数
第一步：35
第二步：35
第三步：35
第四步：35
第五步：33
第六步：33
第七步：33
第八步：33
第九步：33
第十步：33

（c）

修改run_bash.sh文件如下：

#!/bin/bash

nohup /opt/nwchem/bin/LINUX64/nwchem Benzene_for_electron_density_plot.nw >& 2.out &

修改Benzene_for_electron_density_plot.nw文件如下：

#以下是为了将来画出电子云而作的计算.
echo
restart BenzeneHF

memory total 200 mb
permanent_dir /home/dft_user26/home_work3/problem_1/problem_1/nwchem
scratch_dir /home/dft_user26/home_work3/problem_1/problem_1/tmp

task scf energy

dplot
  title homo
  limitxyz
 -4.0 4.0 60
 -4.0 4.0 60
 -4.0  4.0  60
  spin total
  gaussian
  output Benzene.cube
end

task dplot

输入命令运行文件

bash run_bash.sh

查看Benzene_electron_density.pdf结果（文件较大，打开速度较慢，请耐心等待）
在这里插入图片描述
安装好Gabedit，页面如图所示：

将上述电子云运行结果文件Benzene.cube下载下来，放在不带有中文路径的位置上

打开绘图

将cube文件导入，点击确定，结果如图

至此，第一问结束