metilene使用

使用方法：

》A：输入文件生成

1. bed文件：chr start end methyRatio （CpG）

1. metilene输入文件：对bed文件处理，使用metilene_input.pl   bedtools unionbedg

输入由单个已排序（对于基因组位置）制表符分隔的文件组成。它必须包含以下格式的标题行

| chr | pos | g1_xxx | g1_xxx | [...] | g2_xxx | g2_xxx | [...] |

》B：metilene处理

metilene -d 0.2 -a N2 -b T2 -t 4 metilene_N2_T2.input 

# -X -Y 每组中重复元素的数量（每个CpG位置的覆盖度，默认80%）。

 -M：最大长度（默认300）

   输出

       1、| chr | start | stop | q-value | mean methylation difference | #CpGs | p (MWU) | p (2D KS) | mean g1 | mean g2 |

       2、q-values are (per default) Bonferroni adjusted based on MWU-test p-values 

我确定denovo的FDR是基于两个p值算的

使用多线程时，所有输出均未排序。我们建议使用排序。

$ metilene *options* | sort -V -k1,1 -k2,2n

》C:filter 筛选

$ perl metilene_output.pl -q <string>[-o <string>] [-p <n>] [-c <n>] [-d <n>] [-l <n>] [-a <string>] [-b <string>]