E_gene的博客

接下来研究以细胞类型特异性方式差异甲基化的基因组区域，作者将205个样本分为39种特定细胞类型，每种细胞类型的前25个差异性未甲基化区域构成了一个包含1246个标记的人类细胞类型特异性甲基化图谱（图3）。本研究的图谱最有前景的用途可能是混合细胞类型样本的片段级去卷积，允许在癌症和其他疾病患者的血浆中高灵敏度的鉴定cfDNA的起源组织。研究人员在特定细胞类型中鉴定差异甲基化区域，以揭示细胞类型特异性的生物过程，定义细胞身份，并促进甲基化生物标志物的发展，以鉴定循环cfDNA片段的细胞起源。

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。肠道菌群（gut microbiome）是影响宿主基因表达的表观遗传效应因子。最近的研究表明，宿主能够通过表观遗传变化影响其肠道菌群，包括影响免疫基因的宿主基因表达、肠道屏障功能以及通过非编码RNA的组蛋白和DNA修饰。对宿主生物的表观遗传修饰与其相关肠道菌群构成或活性之间的动态互作研究表明，宿主有机会通过导致基因表达和非编码RNA活性变化的表观遗传改变来塑造其微生物组。本文利用微生物组诱导的表观遗传变化，综述了宿主表观遗传调控其肠道菌群的潜力，

表中将高甲基化DMRs和上调DEmiRs相关的下调基因显示为红色，将低甲基化DMRs和下调DEmiRs相关的上调基因显示为蓝色，将高甲基化DMRs和下调DEmiRs相关的上调基因显示为绿色，将低甲基化DMRs和上调DEmiRs相关的下调基因显示为橙色。易基因提供全面的表观基因组学（DNA甲基化、DNA羟甲基化）和表观转录组学（m6A、m5C、m1A、m7G、ac4C）、染色质结构与功能组学技术方案（ChIP-seq、ATAC-seq），详询易基因：0755-28317900。

从无脊椎动物到人类的谱系，观察到两波m5C调控创新：更高等动物在mRNA的5'端获得由NSUN2介导的顺式m5C位点，同时伴随着更具结构化的5'UTR区域的出现；为了克服这一挑战，2019年研究人员基于富集mRNA的RNA亚硫酸盐测序（BS-seq）可以稳健的鉴定和定量分析mRNA m5C位点。为理解mRNA m5C的分布、功能和进化，中山大学张锐、徐艳文、周灿权团队和浙江大学戈万忠团队利用RNA-BS测序技术对6个动物物种样本进行分析，以构建不同发育阶段的mRNA m5C的定量图谱。

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。卵巢是女性重要的生殖器官，也是最早表现出衰老迹象的器官之一，通常在35岁左右开始，卵巢衰老（ovarian aging，OA）是导致与年龄相关的不孕问题的重要因素，包括卵泡数量和卵子质量的逐渐下降，对女性生育能力构成威胁。m6A是一种普遍存在的RNA表观遗传修饰，已在多种生理和病理背景下显示出重要作用。m6A与组蛋白修饰之间的调控机制以及m6A在卵巢发育和衰老中的作用尚不清楚。

ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing）是通过使用高通量测序对转座酶可接近性核染色质区域进行分析的一种创新表观遗传学研究技术。该技术通过转座酶对某种特定时空下开放的核染色质区域进行切割，进而获得在该特定时空下基因组中所有活跃转录的调控序列。真核生物的DNA并不是裸露的，而是被包装成核小体形成串珠状结构并进一步被折叠、包装。

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。在精准肿瘤学时代，异常的遗传和表观遗传学变化鉴定促进了癌症诊断、管理和治疗方式的改变。DNA羟甲基化（5-羟甲基胞嘧啶，5hmC）是一种新兴的表观遗传修饰，由TET酶通过氧化5-甲基胞嘧啶（5mC）形成。DNA羟甲基化表现出组织和癌症特异性模式，在DNA去甲基化和基因调控中至关重要。5hmC检测方法的最新进展，以及在游离细胞DNA（Cell-Free DNA，cfDNA）中鉴定5hmC，表明了游离细胞5hmC作为癌症生物标志物的潜力。本文探讨了D

富集基因的筛选揭示高甲基化抑制ADAM30、ADAM3A、DPY19L2、H2BC1、MAK、RPL10L、SPATA16和YBX2的表达，而低甲基化则增强CACNA1I、CADM1、CTNNB1、JAM2和PAFAH1B3的表达。X轴表示不同的基因组元件，Y轴表示甲基化水平。易基因提供全面的表观基因组学（DNA甲基化、DNA羟甲基化）和表观转录组学（m6A、m5C、m1A、m7G、ac4C）、染色质结构与功能组学技术方案（ChIP-seq、ATAC-seq），详询易基因：0755-28317900。

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。前列腺癌（Prostate cancer，PCa)是全球男性中最常见的恶性肿瘤之一，也是导致男性癌症死亡的第二大原因。尽管雄激素受体（Androgen receptor，AR）信号通路在前列腺癌进展中至关重要，但长期雄激素剥夺治疗（androgen deprivation therapy，ADT）最终会失败，导致致命的去势抵抗性前列腺癌（CRPC）。目前，AR靶向治疗的抗性导致前列腺癌的治疗仍存在挑战，寻找新的治疗靶点变得尤为重要。

本研究表明，发育过程中暴露于一定浓度的抗雄激素类除草剂Linuron后，会诱导雄性传递的胰腺DNA甲基化模式的跨代改变。在关键代谢基因中检测到差异甲基化区域（DMRs），包括重要的2型糖尿病标记物（tcf7l2和adcy5）、胰腺导管腺癌（plec）以及调控钙信号的基因，这些基因可以影响胰腺的外分泌和内分泌功能。该技术显著提高了高CpG区域的测序深度，在CpG岛、启动子区域和增强子元件区域可以获得高精度的分辨率，是一种准确、高效、经济的DNA甲基化研究方法，在大规模临床样本的研究中具有广泛的应用前景。

DNA与蛋白质的相互作用与基因的转录、染色质的空间构型和构象密切相关。总之，本研究展示了HPV通过circE7驱动的表观遗传修饰促进HNSCC免疫逃逸机制，并提出了联合使用抗PD-1和抗TIM-3抑制剂的HNSCC潜在免疫治疗策略，这种联合治疗选择可以增强HNSCC免疫疗法的效果，为头颈鳞癌免疫治疗提供了新靶点和潜在治疗策略。CAL27和HN30细胞进行circE7过表达，或SCC090和SCC154细胞circE7敲低，然后与人原代T细胞共培养6小时，加入5μg/mL抗PD-1或抗PD-1/TIM-3。

最近，细胞游离甲基化DNA免疫沉淀与下一代测序（cfMeDIP-seq）的发展为分析cfDNA甲基化组提供了一种有效的方法。易基因提供全面的表观基因组学（DNA甲基化、DNA羟甲基化）和表观转录组学（m6A、m5C、m1A、m7G、ac4C）、染色质结构与功能组学技术方案（ChIP-seq、ATAC-seq），详询易基因：0755-28317900。F-H. TCGA（F）、CPGEA（G）和WCDT（H）队列中高GR-DMR甲基化组中下调基因的生物学过程（BP）的基因本体（GO）富集分析。

为研究早期中度PAE和富含甲基供体（HMD）饮食在妊娠期间对子代DNA甲基化和行为结果的影响，作者采用包含四个处理组的小鼠模型（H2O-NC组、PAE-NC组、H2O-HMD组、PAE-HMD组），旨在评估酒精暴露与对照组小鼠相比对子代DNA甲基化的影响（图1）。与正常食物（NC）相比，HMD与运动活性增加相关，这通过非配对t检验在（a）开放场测试（N=104）、（b）物体识别测试（N=108）、（c）高架十字迷宫测试（N=88）和（d）物体位置测试（N=98）中显著增加的总行进距离来表明。

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。通过甲基转移酶对真核RNA的N6-甲基腺苷(m6A)进行可逆调控是影响RNA代谢的一种重要表观遗传事件。因此，m6A甲基化在调控动物生长、发育、繁殖和疾病进展中发挥着至关重要的作用。本文回顾了m6A甲基化修饰的最新研究进展，并讨论了其在家畜生长、发育和繁殖性状中的调控作用，展望了m6A甲基化修饰在塑造经济重要性状中的研究前景。m6A的基本调控机制m6A修饰是一种常见的RNA修饰类型，其可以改变RNA分子的化学属性和空间结构，从而影响其功能性。m6

(K-L) 流式细胞术分析显示IGF2BP3-KD OE-19 (K) 和 SK-GT4 (L) 细胞在sub-G0-G1期、S期和G2-M期细胞周期阶段的百分比(n = 3)。(G-H) RIP-qPCR显示转染了FTO和ALKBH5的dm6ACRISPR系统的OE-19细胞中CDC25A 3' UTR的m6A修饰(G)和IGF2BP3(H)的富集。(C-D) IGF2BP3-KD OE-19 (C) 和 SK-GT4 (D) 细胞在未涂层Transwell实验中的定量分析（左）和代表性显微照片（右）。

Smart-seq2技术有较好的覆盖范围，可检测到稀有转录本，无需额外的专业设备，应用范围较广，可以解决传统 RNA 定量技术在早期胚胎发育、干细胞、癌症、免疫等研究领域中存在的样品量极低或细胞异质性的问题，是在单细胞水平研究基因表达强有力的工具，极大地拓展了RNA-seq 的应用范围。的研究成果，该研究使用母体哺乳期低蛋白饮食（LPD）的小鼠模型，研究LPD饮食如何通过卵母细胞的DNA甲基化变化及其基因调控等表观遗传影响子代的生存、生长、繁殖能力以及代谢健康，并探讨其跨代传递的潜在机制。