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原创 易基因项目文章｜WGBS+RNA-seq揭示PM2.5引起男性生殖障碍的DNA甲基化调控机制
该研究通过对小鼠睾丸组织的全基因组重亚硫酸盐测序（Whole gene bisulfite sequencing,WGBS）与对应的转录组测序（RNA-seq）联合分析，鉴定出与类固醇生成和精子发生过程相关的关键基因和通路，揭示了PM2.5导致男性生殖障碍的潜在DNA甲基化调控机制。（D-H）每个VII期曲细精管的Sertoli细胞（D）、精原细胞（E）、粗线期精母细胞（F）、圆形精子细胞（G）和总生殖细胞（H）的计数（n=15）。（J） DMR相关基因（DMG）生物过程的富集分析。
2022-10-09 09:49:15
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原创 ChIP-seq应用领域、研究思路、数据挖掘、下游实验、实验关键 | 易讲堂
在ChIP的基础上，用二代测序检测ChIP实验的DNA产物，将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-seq技术，可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定，为研究的深入开展打下基础。ChIP-seq技术能够提供更高的分辨率、更少的噪音和更大的覆盖范围，然而其只能在明确感兴趣的蛋白（或转录因子）后，才能针对性富集相应的DNA，因此，ChIP-seq需要与其他技术和方法相配合才能更好的进行表观基因组的研究。另外，针对同一蛋白的不同抗体，可能会识别不同的表位（尤其是单克隆抗体）。..
2022-08-17 10:32:15
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原创 易基因｜染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)分析实验全流程
染色质免疫共沉淀测序（ChIP-seq）实验怎么做，从技术原理、建库测序流程、信息分析流程和实验成功的关键问题等四方面详细介绍。手把手教你做染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)分析实验。
2022-07-14 11:27:51
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原创 易基因｜干货：m6A RNA甲基化MeRIP-seq测序分析实验全流程解析
本期，我们讲讲甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)实验怎么做，从技术原理、建库测序流程、信息分析流程和研究套路等四方面详细介绍。
2022-06-24 10:44:44
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原创 易基因｜新品：新型肿瘤标志物检测利器——cfDNA甲基化测序（cfDNA-RBS）
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。游离DNA（Circulating free DNA，cfDNA），是人体组织释放到血液等循环体系中的降解的DNA片段，是一种新型的肿瘤分子标志物。ctDNA（Circulating tumor DNA）特指来源于肿瘤细胞的cfDNA，ctDNA甲基化是重要的表观学修饰之一，可以在不改变基因序列的情况下，改变遗传表现，从而控制基因的表达。基因甲基化发生是癌症发生的重要机制，相当于调控基因表达的“开关”，其稳定性和一致性较好，因此ctDNA甲基
2022-04-01 13:44:42
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原创 易基因｜全基因组cfDNA甲基化分析提高了早期乳腺癌无创诊断成像的准确性
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。乳腺癌早期发现是提高患者预后和生存率的关键。基于乳房X线片和超声技术的乳腺影像报告和数据系统(BI-RADS)被广泛用于乳腺癌的早期诊断，但这种方法的假阳性率较高，会导致不必要的活检，尤其是对于BI-RADS-4类的患者来说。而携带DNA甲基化信息的游离DNA(cfDNA)已经成为一种非侵入性的癌症检测方法。在本文中，作者进行了一项前瞻性多中心研究，利用全基因组重亚硫酸盐测序数据来研究203名疑似恶性乳腺病变的女性患者cfDNA甲基化标志物的
2022-03-31 13:41:47
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原创 项目集锦 | 易基因DNA羟甲基化5hmC测序研究成果
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。羟甲基化5hmC是哺乳动物基因组上的第六碱基，在发育、衰老、神经退行性疾病、复杂疾病及肿瘤发生过程中起重要作用。本期以科研内容为序，总结近期易基因羟甲基化合作研究成果。01 宫颈癌 WGBS + oxWGBS标题：An epigenomic landscape of cervical intraepithelial neoplasia and cervical cancer using single-base re
2022-03-24 11:34:43
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原创 易基因｜一文看懂：ChIP实验和qPCR定量分析怎么做
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)，是研究体内蛋白质与DNA相互作用的经典方法。想要获得理想的ChIP结果，选择适合的抗体固然很关键，ChIP 流程中所有步骤也很重要。本文对ChIP实验之前的准备、获得理想ChIP结果步骤、ChIP的qPCR定量分析和ChIP案例分析进行总结，希望帮助到正在做ChIP实验和qPCR定量分析的您。开始 ChIP 之前要考虑三件事（1）为您
2022-03-23 11:59:50
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原创 宏病毒组富集技术详解
宏病毒组富集技术详解病毒可以说是地球上最大的生物实体之一，但是由于他们具有形态小，遗传物质进化快等的特点，因而不能像细菌、古菌等微生物一样有系统的发育标记，这为其鉴别增加了一定的难度。此外，对于病毒与宿主之间相互关系的研究，也被限制在了可培养的病毒-宿主系统中，这使得对其研究十分困难。目前对病毒组的了解主要是通过以下几个技术的结合，其中包含了传统的病毒培养技术、高分辨率显微镜技术，PCR技术及高通量宏基因组测序分析技术（表1）。目前，通过采用与肠道细菌组的研究相类似的方法，对肠道病毒组中相关复杂病毒群落
2020-08-18 12:00:24
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原创 病毒宏基因组学（Meta-virome）
宏基因组学（Meta-virome）是在宏基因组学理论的基础上，结合现有的病毒分子生物学检测技术而兴起的一个新的学科分支，是某类样本中所有病毒(virus)或病毒类似物(virus-like-particle)及其所携带遗传信息的总称。宏病毒组直接以环境中所有病毒的遗传物质为研究对象，能够快速准确的鉴定出环境中所有的病毒组成，在病毒发现、病毒溯源、微生物预警等研究方面具有重要作用。宏病毒研究可应用于人或动物肠道或者血液样本、海洋、土壤等的研究，用以挖掘潜在的对人类和环境的危害。易基因科技同丹麦哥本哈根大学
2020-08-06 11:11:44
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原创 单细胞转录组：Smart-seq 2还是10X Genomics Chromium?
应用单细胞测序技术研究科学问题越来越普遍，当下应用最火热的是10X Genomics公司的Chromium解决方案（以下简称10X）。但是基于2017年Christoph Ziegenhainet al[1]对6种单细胞转录组技术及2019Broad研究所的团队对7种单细胞RNA测序方法进行了比较[2]，某些特殊或者少量细胞样本的单细胞转录组研究中，Smart-seq2技术还是一项研究利器。Smart-seq2与10X技术的区别与应用的科研场景有哪些呢？北京大学张泽民团队在2019年发表的预印文章“..
2020-07-06 14:57:37
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原创 易基因： m6A RNA甲基化研究的前期探索性实验思路｜干货系列
以上就是关于m6A RNA甲基化研究的前期探索性实验及研究思路分享，易基因科技提供全面的RNA甲基化研究整体解决方案，技术详情请致电易基因0755-28317900。近年来，m6A RNA甲基化作为国家自然科学基金表观遗传学研究的热门领域，相关研究成果层出不穷，高分文章不断。在进行前期探索性预实验后，m6A RNA甲基化的研究思路与项目设计还包括：技术选择、数据挖掘、下游验证。在没有条件开展甲基化相关前期实验的情况下，也可以开展其他预实验。大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。
2023-03-30 11:25:49
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原创 易基因：m6A mRNA甲基化修饰调控CTNNB1促进肝母细胞瘤增殖的机制研究｜Mol Cancer
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。2019年12月23日，国家儿童医学中心（上海）、上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心潘秋辉教授团队在《Molecular Cancer》（IF:41.444/Q1）杂志上发表了题为“m6A mRNA methylation regulates CTNNB1 to promote the proliferation of hepatoblastoma”的文章，研究通过MeRIP-seq（m6A-seq）等实验揭示了m6A甲基化修饰在肝母细胞瘤（
2023-03-29 10:14:56
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原创 易基因：肠道菌群：早产儿出生后不同时间点肠道微生物定植的动态变化｜项目文章
该研究通过微生物组学的16s RNA等实验揭示了12名早产儿在出生后第1、7、14、21、28、42天六个时间点（C1、C2、C3、C4、C5、C6）肠道微生物定植过程中的动态变化，为早产儿在出生后不同时间点针对性细菌治疗提供新的视角。研究人员使用来自12名早产儿出生后多个时间点（C1-C6）的130份粪便样品的16S rRNA基因数据来评估微生物多样性的时间相关变化，鉴定不同时间点微生物组中的最大丰度和富集驱动因子，并分析粪便微生物在早产儿健康发育过程中的表型和功能。表1：12例早产儿的一般临床数据。
2023-03-27 15:23:16
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原创 易基因：基于动态DNA甲基化图谱观察脂肪形成过程中的细胞谱系特异性发育｜发育分化
Hoxc9和Hoxc10在BAT中的上调程度高于WAT，可能与它们在BAT中的高甲基化有关。Hoxa2、Hoxa5和Hoxc4在BAT中富集，这与它们的高甲基化是一致的，而Hoxc9和Hoxc10在BAT中表达较低，这与它们的低甲基化是一致的。本研究从RNA-seq数据中获得的转录组数据，对BAT和WAT形成过程中受调控的基因进行GO分析，发现BAT和WAT形成过程中受调控的基因分别在线粒体呼吸链和脂质代谢过程中显著富集，相对于成熟WAT，成熟BAT中GO的最高上调为线粒体呼吸链和脂肪酸氧化。
2023-03-24 10:18:25
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原创 易基因：PIWI/piRNA在人癌症中的表观遗传调控机制（DNA甲基化+m6A+组蛋白修饰）｜综述
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。2023年03月07日，南华大学衡阳医学院李二毛团队在《Molecular Cancer》杂志发表了题为“The epigenetic regulatory mechanism of PIWI/piRNAs in human cancers”的综述文章，讨论了piRNA（PIWI-interacting RNA）的生物发生及其在人癌症中的表观遗传调控机制的研究进展，如N6-甲基腺苷（m6A）甲基化、组蛋白修饰、DNA甲基化和RNA干扰，为癌症的临
2023-03-22 13:51:30
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原创 易基因：DNA甲基化研究的3大前期探索性实验思路｜干货系列
以上就是关于DNA甲基化研究的前期探索性实验及研究思路分享，易基因科技提供全面的DNA甲基化研究整体解决方案，技术详情了解请致电易基因。近些年以来，DNA甲基化研究一直是顶级期刊、基金资助、临床研究、药物研发上市的多重热点，其研究方向涵盖。在进行前期探索性实验后，DNA甲基化的研究思路与项目设计还包括：技术选择、数据挖掘、下游验证。>>> 推荐阅读：高通量测序后的下游实验验证方法--DNA甲基化篇。>>> 推荐阅读：干货分享：DNA甲基化研究的测序数据挖掘思路。一、检测DNA甲基化酶和去甲基化酶的表达。
2023-03-20 13:56:12
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原创 易基因单细胞转录组测序（smart-seq2）｜技术推介
ILC1、 ILC2、ILC3差异基因表达分析，结果表明，ILC1 cells共有79个上调表达基因，参与干扰素γ的调控，ILC2 cells共有58个上调表达的基因，在前列腺素、Notch信号通路及环境感应中发挥作用，ILC3 cells共有371个上调表达的基因，根据GO注释有85个与免疫相关，且存在未知功能的基因。GSEA基因集富集分析。基因表达趋势分析（需要三个或以上有处理梯度的样品）：利用STEM软件将基因按照表达模式分为不同的趋势、各趋势基因的GO/KEGG功能富集分析、特定基因集聚类分析；
2023-03-17 12:02:25
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原创 易基因：ChIP-seq等组学分析揭示Hippo-YAP信号调控动物胚胎干细胞(ESC)分化机制：NAR
在WT和Mst KO ESC的YAP唯一且共同的结合位点内，YAP优先结合远离TSS的远端区域，特别是增强子区域，并显示出与SE相关因子的强共定位性。结果表明，Mst KO不会改变结合特异性，而是会改变YAP的效率。运用组蛋白特定修饰的特异性抗体或DNA结合蛋白或转录因子特异性抗体富集与其结合的DNA片段，并进行纯化和文库构建，然后进行高通量测序，通过将获得的数据与参考基因组精确比对，研究人员可获得全基因组范围内某种修饰类型的特定组蛋白或转录因子与基因组DNA序列之间的关系，也可对多个样品进行差异比较。
2023-03-16 17:19:22
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原创 易基因：高通量测序后的下游实验验证方法——ChIP-seq篇｜干货系列
信噪比越高，需要的reads数可以适当减少。运用组蛋白特定修饰的特异性抗体或DNA结合蛋白或转录因子特异性抗体富集与其结合的DNA片段，并进行纯化和文库构建，然后进行高通量测序，通过将获得的数据与参考基因组精确比对，研究人员可获得全基因组范围内某种修饰类型的特定组蛋白或转录因子与基因组DNA序列之间的关系，也可对多个样品进行差异比较。将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-Seq技术，可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定，为研究的深入开展打下基础。
2023-03-15 15:45:42
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原创 易基因：染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq）的数据挖掘思路 ｜干货系列
运用组蛋白特定修饰的特异性抗体或DNA结合蛋白或转录因子特异性抗体富集与其结合的DNA片段，并进行纯化和文库构建，然后进行高通量测序，通过将获得的数据与参考基因组精确比对，研究人员可获得全基因组范围内某种修饰类型的特定组蛋白或转录因子与基因组DNA序列之间的关系，也可对多个样品进行差异比较。peak/reads在基因组上的分布、peak在元件上的富集、peak在基因元件上的分布、peak的motif分析、peak距离TSS位点的距离分析、peak修饰基因的功能分析。broad peak：富集程度低。
2023-03-15 11:45:43
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原创 易基因：RRBS揭示晚年锻炼可以减缓骨骼肌表观遗传衰老(甲基化年龄)｜新研究
与4月龄年轻小鼠相比，久坐的24月龄小鼠腓肠肌的启动子区域（即转录起始位点上游1 kb内）的103个特异性CpG位点低甲基化（FDR＜0.05），而比对到133个不同基因中至少一个基因对应的762个不同CpG位点高甲基化（FDR10000倍），结果表明与单独衰老相比，运动导致的更多甲基化水平，这些位点在年轻小鼠中无论运动与否均呈现高甲基化水平。
2023-03-09 10:45:14
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原创 干货系列：高通量测序后的下游实验验证方法——m6A RNA甲基化篇｜易基因
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。此前，我们分享了m6A RNA甲基化研究的数据挖掘思路（点击查看详情），进而筛选出m6A修饰目标基因。做完MeRIP-seq测序后，如果需要对分析结果中感兴趣的内容进行后期验证，则需要进行下游实验设计。m6A RNA甲基化修饰目标基因的进一步验证或后期试验包括以下6个方面：简单验证全局m6A甲基化干扰实验（非靶向），验证m6A甲基化书否真的影响目标基因表达和细胞功能靶向目标基因的甲基化/去甲基化实验，检测某区域m6A修饰是否真的影响目标基因的表达
2023-03-07 10:25:47
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原创 易基因｜m6A RNA甲基化研究的数据挖掘思路：干货系列
可应用于动物、植物、细胞及组织的m6A检测。m6A peak数量变化、m6A修饰基因数量变化、单个基因m6A peak数量分析、m6A peak在基因元件上的分布、m6A peak的motif分析、m6A peak修饰基因的功能分析。差异m6A peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异m6A修饰基因的功能分析、差异m6A修饰基因的PPI分析、候选基因的m6A修饰可视化展示。同一样本/组别内，所有基因的表达水平与对应基因的m6A富集程度、m6A peak数量进行关联。
2023-03-03 09:57:51
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原创 易基因-MeRIP-seq揭示衰老和神经变性过程中m6A RNA甲基化修饰的保守下调机制
本研究采用甲基化RNA免疫沉淀测序（MeRIP-seq）绘制了年轻（young）和老年（aged）小鼠海马亚区CA1、CA3和齿状回以及前扣带皮层（anterior cingulate cortex，ACC）的m6A表观转录组图谱，结果表明老年小鼠的m6A水平降低。比较海马亚区和ACC的低甲基化转录本Venn图。在分析的大脑亚区中m6A甲基化转录本百分比饼图，其中包含在衰老过程中仅甲基化水平降低（低甲基化）和仅甲基化水平增加（高甲基化）的peaks，或m6A peaks减少和增加（混合）的混合peaks。
2023-03-02 10:05:03
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原创 易基因｜独家分享：高通量测序后的下游实验验证方法——DNA甲基化篇
易基因建立的靶基因甲基化高通量测序（Target Bisulfite sequencing，Target-BS）是针对已有目标基因panel组合，运用易基因自主研发的甲基化特异性多重PCR引物设计软件，对亚硫酸盐转化后的目标基因多重扩增，建库后进行超高深度（1000X以上）甲基化精准检测。在细胞中人为表达目的基因，或通过CRISPR-Cas9系统靶向编辑DNA甲基化在目的基因上加上/擦除甲基化修饰。使用CpG甲基转移酶在体外将质粒进行甲基化，构建含甲基化/未甲基化启动子的目标基因-荧光素酶表达质粒。
2023-02-28 11:01:15
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原创 易基因｜DNA甲基化研究的测序数据挖掘思路：干货分享
其次，进行甲基化差异水平分析，筛选具体差异基因，包括DMC/DMR/DMG鉴定、DMC/DMR在基因组元件上的分布、DMC/DMR的TF结合分析、时序甲基化数据的分析策略、DMG的功能分析等。首先，进行整体全基因组甲基化变化的分析，包括平均甲基化水平变化、甲基化水平分布变化、降维分析、聚类分析、相关性分析等。不同物种中，甲基化修饰可能倾向于发生在不同类型的C位点上，该分析有助于反应甲基化发生位点类型的偏好性。如果实验设计包括多个时间节点，也可以比较相邻时间节点/感兴趣的时间节点之间的甲基化图谱的差异。
2023-02-24 09:58:18
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原创 易基因｜ChIP-seq等组学研究鉴定出结直肠癌的致癌超级增强子：Nature子刊
本研究通过对结直肠癌组织（肿瘤组织和癌旁组织）进行全基因组水平上的多组学测序（ChIP-seq、RNA-seq、全基因组测序），提供了结直肠癌临床组织的全面的活性增强子图谱，通过实验鉴定出10多个超级增强子在结直肠癌中的作用，发现调控PHF19和TBC1D16的超级增强子是致癌的超级增强子，揭示KLF3是一个新的结直肠癌的致癌转录因子，为结直肠癌的研究提供了重要的表观基因组数据和新的关键调控因子。顶部的绿色轨迹表示HCT116中的H3K27ac信号，底部的黑色和灰色线分别表示肿瘤和癌旁组织的平均信号。
2023-02-23 10:40:03
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原创 易基因｜RRBS单碱基绘制580种动物的基因组规模DNA甲基化谱：Nature子刊
该研究通过优化版简化基因组重亚硫酸盐测序（RRBS）技术绘制了580种动物（535种脊椎动物，45种无脊椎动物）的DNA甲基化图谱，共生成了2443个基因组规模的多器官DNA甲基化谱。
2023-02-21 15:42:56
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原创 易基因项目文章| 组蛋白ChIP-seq揭示烟粉虱含菌细胞共生菌调控宿主生殖的新机制
因此叶酸可能会影响烟粉虱中的组蛋白甲基化。叶酸的补充使–HBt烟粉虱中H3K9me3的水平恢复到+HBt烟粉虱中的水平，且补充叶酸不会改变+HBt烟粉虱中H3K9me3水平与+HBt烟粉虱中的水平（图1B）。运用组蛋白特定修饰的特异性抗体或DNA结合蛋白或转录因子特异性抗体富集与其结合的DNA片段，并进行纯化和文库构建，然后进行高通量测序，通过将获得的数据与参考基因组精确比对，研究人员可获得全基因组范围内某种修饰类型的特定组蛋白或转录因子与基因组DNA序列之间的关系，也可对多个样品进行差异比较。
2023-02-20 12:03:33
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原创 易基因｜MeRIP-seq揭示m6A RNA甲基化通过调控组蛋白泛素化来促进癌症生长和进展：Cancer Res
C-F. 通过加扰siRNA（Scr）、ALKBH5 siRNA-1（siA5-1）或ALKBH5 siRNA-2（siA5-2）转染的143B（C）、U2OS（D）、Saos2（E）和hFOB细胞（F）的细胞活力百分比（通过CellTiter-Glo发光或Alamar Blue细胞活力试验检测）。用加扰siRNA、USP22 siRNA（siUSP22）或RNF40 siRNA（siRNF40）转染U2OS-DR-GFP细胞，然后用表达I-SceI核酸内切酶的pCAGGS载体或空载体转染作为对照。
2023-02-20 10:50:32
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原创 易基因｜猪肠道组织的表观基因组功能注释增强对复杂性状和人类疾病的生物学解释：Nature子刊
M1-M12模块分别由24、100、183、167、111、139、168、41、98、33、75、85个区间组成。未对多重比较进行调整。另外整合了FAANG试点项目（PRJEB14330）八个组织（脂肪、小脑、脑皮层、下丘脑、肝、肺、肌肉和脾脏）现有ChIP-seq（H3K4me3、H3K4me1、H3K27ac、H3K27me3、CTCF，input对照）、ATAC-seq、RRBS和RNA-seq的144个猪表观基因组数据集，以及公开数据集（PRJEB27364）的4个Hi-C猪肝数据集。
2023-02-09 10:07:06
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原创 易基因｜不同DNA甲基转移酶（DNMT）在癌症发病机制中的作用： 深度综述
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。DNA甲基化是调控基因表达最重要的表观遗传机制之一。DNA甲基转移酶（DNA methyltransferases，DNMT）在基因组DNA甲基化中起着至关重要的作用。在哺乳动物中，DNMT与某些元件一起调控胚胎和成体细胞的动态DNA甲基化模式。而DNMT异常功能通常是判断癌症的标志，包括抑癌基因（tumor suppressor genes，TSG）的整体低甲基化和部分高甲基化，这些异常会加快肿瘤的恶性程度、加重患者病情、并显著加剧癌症治疗难度
2023-02-07 15:07:15
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原创 易基因｜细菌全基因组甲基化纳米孔测序(ONT)：技术推介
Nanopore测序是Oxford Nanopore Technologies(ONT)公司开发的基于纳米孔电信号的单分子实时测序技术，DNA双链在马达蛋白的作用下与锚定在生物膜上的八聚体纳米孔蛋白结合并解螺旋。在菌株KPA171202中确定的DNA共有序列上检测到6mA修饰，且该R-M系统的重组表达证实了其甲基化活性，而R-M敲除突变体验证了该菌株甲基化特性的缺失。各种C.acnes分支的完整基因组序列可以鉴定推定的甲基转移酶，其中一些可能属于保护入侵DNA宿主的限制性修饰（R-M）系统。
2023-02-01 17:01:17
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原创 易基因2022年度DNA甲基化研究高分项目文章精选
补充铁离子可以促进Tfh细胞体外诱导分化。此外，通过对8CLC细胞，4CL 12天培养原始PSC细胞以及始发态PSC细胞进行全基因组单/微量细胞甲基化测序，结果显示，8CLC甲基化水平比4CL 12天培养的原始PSC或始发态PSC细胞甲基化水平更低，跟8细胞胚胎甲基化水平相当（图3a）。结果显示4CL 12天培养的原始态PSC甲基化水平比始发态PSC甲基化水平更低（图2a），且与各种已发表的诱导技术相比，4CL 12天培养的原始态PSC基因组印迹位点与胚胎内细胞团 (ICM) 相似性程度更高（图2b）。
2023-01-17 11:50:32
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原创 易基因｜14种全基因组DNA甲基化测序(WGBS)标准分析比对软件的比较| 生信专区
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。全基因组重亚硫酸盐测序（WGBS）是甲基化研究的重要技术。尽管已经开发了一系列工具来解决由亚硫酸盐处理引起的比对问题，但尚未对最新可用工具的reads比对性能以及多种哺乳动物的生物学解释（biological interpretation）进行评估。在此基础上，本文对人、牛和猪等三种哺乳动物真实和模拟WGBS生成的14.77 billion reads数据进行936次比对，以测试和评估14种常用的标准分析比对软件，分别为Bwa-meth、BSBo
2023-01-11 11:55:17
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原创 易基因｜糖尿病大血管和微血管病变的表观遗传学调控机制（DNA甲基化+组蛋白修饰）：综述
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。2022年12月09日，《Frontiers in Endocrinology》杂志发表了题为“Epigenetic basis of diabetic vasculopathy”的综述文章，综述了表观遗传学修饰如DNA甲基化和组蛋白修饰在2型糖尿病（Type 2 diabetes mellitus，T2DM）大血管和微血管并发症病变中的重要作用。期刊：Frontiers in Endocrinology / Front Endocrinol (
2023-01-10 17:21:27
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原创 易基因｜DNA甲基化揭示肌痛性脑脊髓炎/慢性疲劳综合征在复发和恢复周期中的动态表观变化
对于一种已证明具有诊断和表征挑战性的疾病，由于诊断延迟对受影响的人有害，这种分析不仅提供了严重生物功能障碍的进一步证据，更重要的是，随着继续解开和理解ME/CFS的复杂性质，持续的系统分子变化为个体治疗或症状管理的未来目标提供了信息。与对照组的“模拟”复发事件相关的每个具有统计学意义的可变甲基化片段相关的基因数量箱线图（在使用每个患者复发时间点的两次分析中），并以红色显示了两名患者的“实际复发事件”。在进展到慢性状态后，患者会经历频繁的复发事件，正如本研究所表明的，这主要与许多关键生物系统的上调有关。
2023-01-05 11:31:33
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原创 易基因｜METTL3 通过调节m6A 修饰抑制口腔鳞状细胞癌安罗替尼敏感性| 肿瘤研究
(E) METTL3的IHC评分与TGI(肿瘤生长抑制)率、FGFR3的IHC评分与TGI率、METTL3与FGFR3 的IHC评分、METTL3与p-FGFR3的IHC评分相关性。差异m6A peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异m6A修饰基因的功能分析、差异m6A修饰基因的PPI分析、候选基因的m6A修饰可视化展示。(D) 细胞活力测定显示，与对照细胞(24 小时)相比，安罗替尼在 METTL3 敲低的 OSCC 细胞中的细胞毒性能力显著增加（IC50 降低）
2023-01-04 15:15:33
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原创 易基因｜动物发育过程中顺式调控区域的活性DNA去甲基化早于脊椎动物起源：重磅研究
大部分（86%的海胆和80%的文昌鱼）已鉴定的DMR与发育性低甲基化相关（图2C和D）。（A） 2R/3R ohnolog斑马鱼在胚胎和成体组织中5hmC标记的ATAC-seq peaks与phylo DMR重叠区域（5hmC/phylo DMR）、5hmC标记的ATAC-seq peaks与非phylo DMR重叠区域（5hmC/No phylo DMR）、非5hmC标记的ATAC-seq peaks与非phylo DMR重叠区域（No 5hmC/ No phylo DMR）的基因表达。
2022-12-27 16:37:50
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