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原创 易基因｜干货：m6A RNA甲基化MeRIP-seq测序分析实验全流程解析
本期，我们讲讲甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)实验怎么做，从技术原理、建库测序流程、信息分析流程和研究套路等四方面详细介绍。
2022-06-24 10:44:44
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原创 易基因｜一文看懂：ChIP实验和qPCR定量分析怎么做
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)，是研究体内蛋白质与DNA相互作用的经典方法。想要获得理想的ChIP结果，选择适合的抗体固然很关键，ChIP 流程中所有步骤也很重要。本文对ChIP实验之前的准备、获得理想ChIP结果步骤、ChIP的qPCR定量分析和ChIP案例分析进行总结，希望帮助到正在做ChIP实验和qPCR定量分析的您。开始 ChIP 之前要考虑三件事（1）为您
2022-03-23 11:59:50
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原创 易基因：RNA m5C甲基化修饰研究怎么做？4篇10+分顶刊文章助力轻松拿捏高分思路|项目集锦
5-甲基胞嘧啶（m5C）是一种丰富的RNA修饰，在调控RNA命运和基因表达中起着至关重要的作用。研究通过分析m5C RNA甲基化测序（RNA-BS）、转录组测序（RNA-seq）等分析，揭示了NONO在胃癌中的作用机制，并提出了一个新的肿瘤抑制基因失活机制，即通过m5C修饰和相关的可变剪切介导调控。为了揭示NONO在胃癌（GC）中的作用，研究采用了RNA测序（RNA-seq）、m5C测序（RNA-Bis-Seq）、RNA免疫沉淀、RNA原位杂交以及NONO敲低细胞的Minigene报告基因分析。
2025-06-09 08:43:44
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原创 易基因：贵州省医刘代顺团队MeRIP-seq揭示m6A修饰在病毒感染中的免疫调控作用 | 项目文章
研究发现，RSV感染导致宿主m6A修饰水平下降，FTO表达增加，而FTO通过调控GDF6的m6A修饰影响病毒复制和免疫反应。本研究通过MeRIP-seq和对应的RNA-seq分析，揭示了去甲基化酶FTO（脂肪质量和肥胖相关蛋白）耗竭能够稳定GDF6的mRNA，增强I型干扰素（I-IFN）水平，并降低促炎因子的表达，从而发挥抗病毒效应。RSV感染抑制了BEAS-2B细胞的增殖，并显著增加了炎症细胞因子（如IL-1、IL-6）和I型干扰素（IFN-α、IFN-β）的表达，激活了宿主的先天免疫反应。
2025-06-04 19:49:34
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原创 易基因：DNA 甲基化年龄时钟可介导多种代谢物参与动脉粥样硬化性心血管疾病及衰老的作用机制：Circ Res｜国人佳作
对于LiAA、HorvathAA和HannumAA的每个标准差（SD）增加，ASCVD风险对应的危险比分别为1.16（1.05-1.28）、1.10（1.00-1.22）和1.17（1.04-1.31）。GrimAA介导了多种脂质、脂肪酸、葡萄糖、乳酸和炎症标志物对虚弱指数的影响，其中极小的极低密度脂蛋白中的甘油三酯的中介比例最高，达到22%（P=6.0×10⁻³）。此外，LiAA还介导了单不饱和脂肪酸/总脂肪酸（15.20%）、组氨酸（10.22%）和GlycA（12.03%）对ASCVD风险的影响。
2025-06-03 12:00:48
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原创 易基因：肠道与衰老：肠道微生物组变化与表观遗传时钟年龄加速和身体健康相关｜Aging Cell
（a-b） 肠道微生物组多样性（通过相对丰度的香农熵(Shannon entropy)测量）在种（s）、属（g）、科（f）、目（o）、纲（c）、门（p）和界（k）水平上与实际年龄、表观遗传年龄加速以及衰老速度的相关性分析。（a）从80名年龄在38-84岁之间的健康活跃个体中收集了宏基因组学、表观遗传学和运动相关数据，并研究表观遗传年龄加速、肠道菌群和身体素质之间的关系。（a-b） 肠道微生物组多样性在种（s）、属（g）、科（f）、目（o）、纲（c）、门（p）和界（k）水平上与运动相关参数的相关性分析。
2025-05-28 10:29:30
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原创 易基因：cfChIP-seq揭示cfDNA片段化模式与组蛋白修饰的相关性 助力液体活检新突破｜PNAS
研究通过分析cfDNA的片段大小和末端基序，成功检测了组蛋白H3K27ac和H3K4me3的修饰水平，并展示了其在非侵入性产前检测、器官移植监测、血液疾病诊断和癌症检测中的潜在应用。在五个健康对照样本中，通过比较片段大小推断的H3K27ac信号与cfChIP-seq检测的实际H3K27ac信号，发现两者具有良好的一致性。本研究通过分析cfDNA的片段大小和末端基序，成功推断了组蛋白H3K27ac和H3K4me3的修饰水平，并展示其在非侵入性产前检测、器官移植监测、血液疾病诊断和癌症检测中的潜在应用。
2025-05-20 09:59:24
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原创 易基因：EWAS技术揭示吸烟对DNA甲基化的深远影响 助力精准健康评估｜Nat Commun
此外，研究人员还进行了表观遗传吸烟的全基因组关联研究（GWAS），鉴定出多个与吸烟相关的位点。本研究通过整合多个组织和队列的DNA甲基化数据进行EWAS分析，显著提高了对吸烟与DNA甲基化关系的理解，并开发了一种新的表观遗传标记（mCigarette），能够更准确地评估吸烟行为。研究的表型包括：GS队列的吸烟包年（n=17105）、Erzurumluoglu 等人迄今为止最大的荟萃分析的吸烟包年（n=131892）、基于GrimAge的吸烟包年（n = 17105）的DNA甲基化（DNAm）分析。
2025-05-16 10:49:11
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原创 易基因：上科大范国平教授团队RNA-BS揭示DNMT1在m5C修饰中的双重作用及其线粒体功能机制：Mol Cell｜项目文章
同时，RNA m5C甲基化增强那些调节线粒体功能基因的RNA稳定性。当小鼠的DNMT1 RFTS结构域发生突变时，会引发异常的DNMT1-RNA相互作用，并显著提高部分代谢基因的m5C RNA甲基化和RNA稳定性。总体而言，本研究结果揭示了DNMT1在调节DNA和RNA甲基化中的双重作用，并进一步调节了线粒体功能，为DNMT1突变诱导的神经退行性疾病的发病机制提供了新见解。研究发现，突变小鼠的线粒体呼吸功能下降，ATP合成减少，氧化应激增加，这些变化与代谢基因的RNA甲基化和稳定性异常相关。
2025-05-14 13:46:17
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原创 易基因：西湖大学杨剑团队等揭示高原适应的表观遗传密码：DNA甲基化与衰老｜Cell Discov
研究纳入687名高原原住民（NHs，即高原藏族）、299名适应后移民（ANs，即高原汉族）和462名低海拔原住民（NLs，即低海拔汉族），旨在鉴定与STA和LTA相关的差异甲基化位点（differentially methylated sites，DMSs），并分析其在生物学通路中的富集情况。STA的KEGG富集（a），LTA的KEGG富集（b），STA的GO富集（c），LTA的GO富集（d）。进行甲基化组全关联研究（MWAS），以研究与高原短期适应（STA）和长期适应（LTA）相关的DNA甲基化变化。
2025-05-09 14:25:30
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原创 易基因：中山大学凌文华团队DNA甲基化研究揭示血管衰老与动脉粥样硬化的表观调控机制｜项目文章
在32周龄的SAHH+/-小鼠中，观察到血浆SAH水平升高，SAM/SAH比值降低，并表现出血管衰老迹象，包括脉搏波速度（PWV）增加、内皮依赖性舒张功能受损以及主动脉中衰老相关β-半乳糖苷酶（SA β-gal）染色增加。在SAHH+/-APOE-/-小鼠中，主动脉中SA β-gal染色和油红O染色的阳性面积增加，表明血管衰老和动脉粥样硬化加剧。在SAHH抑制的HUVECs中，通过靶向DRP1基因启动子区域的亚硫酸盐测序（Target-BS）分析结果表明，启动子区域的甲基化水平降低，与转录激活相关。
2025-05-07 10:14:46
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原创 易基因：何川团队开发新m6A测序方法 可温和条件下高分辨率/低背景噪声检测m6A修饰｜Nature子刊
通过化学协同催化策略，利用羰基催化剂和路易斯酸催化剂的协同作用，将RNA中的腺苷（A）转化为次黄嘌呤（I），而m6A位点抵抗脱氨基反应，保持为腺苷。通过逆转录酶或DNA聚合酶读取时，I被读作鸟嘌呤（G），从而实现m6A检测。
2025-04-28 10:32:47
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原创 易基因：天津医科大郑向前团队MeRIP-seq等揭示m5C修饰在癌症耐药中的关键调控机制：Theranostics/IF12.4
近日，天津医科大学肿瘤医院郑向前教授团队以甲状腺未分化癌（ATC）为研究对象，利用m5C MeRIP-seq等技术揭示了NSUN2介导的m5C修饰在ATC耐药性中的作用机制，阐明了NSUN2/SRSF6/UAP1信号轴在ATC多药耐药性（Multidrug Resistance, MDR）中的关键作用，并提出通过小分子NSUN2抑制剂克服耐药性的新策略。本研究揭示了NSUN2通过m5C修饰调节SRSF6的细胞核质转运，进而影响UAP1剪切和N-糖基化水平，最终导致ATC耐药性的机制。
2025-04-24 14:03:29
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原创 项目文章｜CDD：ChIP+RNA-seq技术揭示NURR1在前列腺癌从基因转录到肿瘤进展中的调控机制
Wnt/β-catenin信号通路的失调激活是多种癌症晚期进展中的常见事件。功能和分子分析表明，NURR1能够通过直接转录激活CTNNB1（β-catenin）并激活β-catenin来介导Wnt/β-catenin信号通路激活，从而促进体外（癌症干性和EMT）和体内前列腺癌细胞的肿瘤生长（转移和去势抵抗）。结果显示，LNCaP和DU 145细胞中NURR1的过表达能够增加总β-catenin及其活性形式（去磷酸化或核内）的蛋白水平，而22Rv1和DU 145细胞中NURR1的敲低则能够减少这些蛋白水平。
2025-04-22 09:43:04
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原创 易基因：朱健康/郎曌博/牛庆丰团队ChIP-seq+WGBS揭示番茄果实成熟中DNA甲基化与转录因子互作的分子机制:PNAS
与pCBC::RIN-3xFLAG中的ChIP信号相比，RIN在AP2a和PG2a启动子上的富集得以维持（B），但在pCBC::RIN-3xFLAG/dml2-3果实中，RIN在NAC-NOR和Z-ISO启动子上的富集丢失（C）。DNA与蛋白质的相互作用与基因的转录、染色质的空间构型和构象密切相关。（C）在授粉后25天、34天、38天和45天时，AC、ful1-1、rin-cr1、rin/ful1-1、dml2-3、dml2-4和pCBC::RIN-3xFLAG/dml2-3第1株系果实中的乙烯产生量。
2025-04-17 09:27:33
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原创 易基因：ChIP-seq等揭示植物H3K27me3相关转座元件沉默模式及与DNA甲基化动态转换:Genome Biol
DNA/H3K9甲基化和Polycomb蛋白组（Polycomb-group，PcG）-H3K27me3沉默通路长期以来被认为在哺乳动物、植物和真菌中是互斥的，并且分别特异性地作用于转座元件（TEs）和基因。但即使在DNA/H3K9甲基化机制缺失情况下，许多TEs仍然可以被H3K27me3靶向，有时甚至与DNA甲基化共存。本研究结果揭示了在野生型拟南芥植物中，TEs也可以被H3K27me3单独靶向并沉默。
2025-04-15 09:55:26
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原创 易基因：山东大学陈子江/赵涵团队利用WGBS揭示跨代遗传的DNA甲基化机制｜Cell Discovery
通过对甲基化组（WGBS）和转录组（RNA-seq）的综合分析结果表明AE-F1代精子中β细胞功能基因存在差异性DNA甲基化，这种甲基化差异被传递到AE-F2代胰岛，并进一步保留在AE-F2代精子中，导致与胰岛素分泌相关基因（包括Pdx1、Irs1、Ptprn2和Cacna1c）表达降低。此外，限制饮食和二甲双胍治疗通过恢复异常的精子DNA甲基化，不仅使AE-F1代雄性的高血糖正常化，还可阻断其向后代的传递。b-c. 母体雄激素水平正常和异常的女性所生男孩的HOMA-β（b）和BMI（c）水平。
2025-04-14 09:45:53
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原创 易基因：ChIP-seq等技术揭示SETD2突变在癌症中的H3K36甲基化新型表观遗传治疗靶点｜Genome Biol
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。SETD2（SET domain containing 2）是哺乳动物中唯一负责催化H3K36me3（histone 3, lysine 36,tri-methylation）蛋白的表观遗传因子。
2025-04-10 13:26:14
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原创 易基因：Cell Rep:RRBS揭示MOF对UHRF1乙酰化修饰是DNA甲基化维持的关键调控机制｜项目文章
（D）在Uhrf1 Uhrf1-/-小鼠胚胎干细胞（ESCs）中稳定表达的FLAG-Myc标记的人类野生型UHRF1和3KR突变体UHRF1通过西方印迹分析，使用UHRF1抗体进行分析。对照实验在没有乙酰辅酶A的情况下进行。（E）通过RRBS测序检测的野生型和Uhrf1 Uhrf1-/-小鼠胚胎干细胞（ESCs）以及通过FLAG-Myc标记的野生型UHRF1（hUHRF1）或3KR（克隆#2）UHRF1构建体遗传互补的Uhrf1-/-小鼠胚胎干细胞（ESCs）中，基因区域各个部分的全局CG甲基化水平。
2025-04-08 14:41:11
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原创 易基因：JECCR/IF11.4：RNA-BS揭示NONO蛋白通过调控PTEN mRNA的m5C修饰和可变剪切促进胃癌进展｜项目文章
研究通过分析m5C RNA甲基化测序（RNA-BS）、转录组测序（RNA-seq）等分析，揭示了NONO在胃癌中的作用机制，并提出了一个新的肿瘤抑制基因失活机制，即通过m5C修饰和相关的可变剪切介导调控。为了揭示NONO在胃癌（GC）中的作用，研究采用了RNA测序（RNA-seq）、m5C测序（RNA-Bis-Seq）、RNA免疫沉淀、RNA原位杂交以及NONO敲低细胞的Minigene报告基因分析。易基因提供的RNA-BisSeq（RNA-BS）技术在本研究中用于高分辨率地分析m5C修饰模式的变化。
2025-04-01 13:26:10
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原创 易基因：WGBS+RNA-seq揭示AtSAMS通过DNA甲基化和乙烯信号通路协同调控植物花器官发育的表观遗传机制｜项目文章
研究揭示了DNA甲基化水平的降低和乙烯含量的增加是导致这些异常的关键因子，并进一步探讨了AtSAMS如何通过甲基化和乙烯信号通路调控ABCE基因的表达，从而影响花器官发育。通过分析ABCE基因的甲基化水平，发现A、C和E功能基因的甲基化水平与它们的表达变化密切相关，而B功能基因的甲基化水平未发生变化。RNA-seq和qRT-PCR结果显示，SAMOE植物中A功能基因（AP1和AP2）和B功能基因（AP3和PI）表达下调，而C功能基因（AG）和E功能基因（SEP1、SEP2和SEP3）表达上调。
2025-03-27 10:47:53
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原创 易基因：m5C RNA甲基化测序（m5C MeRIP-seq）
m5C RNA修饰的检测，易基因采用基于抗体富集的甲基化RNA免疫沉淀测序方法（m5C MeRIP-seq），该技术利用m5C特异性抗体富集发生m5C修饰的RNA片段（包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA），结合高通量测序，对RNA上的m5C修饰进行定位与定量，总RNA起始量可降低至10μg，最低仅需1μg总RNA。然而，m5C修饰在致癌过程中的作用尚未完全明确。m5C是RNA百余种修饰中研究较多的一种。研究结果表明，NSUN2介导的m5C RNA甲基化在RB的致癌过程中促进嘌呤的生物合成。
2025-03-26 13:42:51
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原创 易基因：RRBS及EWAS分析揭示同卵双生子与肾小球滤过率相关的DNA甲基化位点｜疾病研究
近日，青岛大学公共卫生学院张东峰教授团队通过简化基因组重亚硫酸盐测序（Reduced Representation Bisulfite Sequencing,RRBS）和表观基因组关联研究（EWAS），分析了中国同卵双生子的DNA甲基化图谱，寻找与估算eGFR相关的甲基化位点和区域，并探讨了其因果关系。该技术显著提高了高CpG区域的测序深度，在CpG岛、启动子区域和增强子元件区域可以获得高精度的分辨率，是一种准确、高效、经济的DNA甲基化研究方法，在大规模临床样本的研究中具有广泛的应用前景。
2025-03-25 10:34:33
626
原创 易基因：WGBS+ChIP-seq技术揭示Cdx2转录因子在发育与稳态中的动态结合机制｜NC/IF14.7
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。Cdx2是一个关键的转录因子，在小鼠肠道上皮细胞的发育过程中起着决定性的作用。它在胚胎期和成年期的肠道上皮细胞中都有表达，但其结合的基因组位点在发育和成年期有所不同。DNA甲基化是一种表观遗传修饰，通常与基因沉默相关。然而，某些转录因子（如Cdx2）可能更倾向于结合甲基化的DNA序列。转录因子通过结合发育阶段特异性的靶点并建立合适的增强子景观来引导组织发育。而DNA序列和染色质修饰会指导转录因子的基因组结合。
2025-03-20 09:44:30
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原创 易基因：宏基因组学揭示猪粪与土壤中抗菌药物抗性基因与金属抗性基因的共存及共选择机制｜项目文章
图3：在新鲜粪便（A）、沉积物（B）和土壤（C）中，抗菌药物抗性基因（ARGs）、金属抗性基因（MRGs）、可移动遗传元件（MGEs）和金属之间的网络分析。不同颜色的节点分别代表抗菌药物抗性基因（ARGs，红色）、金属抗性基因（MRGs，粉色）、可移动遗传元件（MGEs，绿色）和金属（蓝色）。节点的大小与节点之间的连接数量成正比。金属污染可能作为选择因子促进抗菌药物抗性的传播，尤其是在金属和抗菌药物负担较高的环境中，抗菌药物抗性基因（ARGs）和金属抗性基因（MRGs）的共选择已被证实。
2025-03-18 10:06:14
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原创 易基因：MeRIP-seq揭示ALKBH5通过m6A-YTHDC1依赖性机制影响肿瘤进展的分子通路｜Cancer Lett
本研究通过系统的实验设计和多维度分析，揭示了ALKBH5在神经胶质瘤中的作用机制，特别是其通过m6A修饰调控FOXO1表达的分子通路。m6A peak数量变化、m6A修饰基因数量变化、单个基因m6A peak数量分析、m6A peak在基因元件上的分布、m6A peak的motif分析、m6A peak修饰基因的功能分析。差异m6A peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异m6A修饰基因的功能分析、差异m6A修饰基因的PPI分析、候选基因的m6A修饰可视化展示。
2025-03-13 09:44:43
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原创 易基因：中农大曾祥芳团队WGBS+ChIP-seq揭示蛋氨酸在母胎免疫耐受和子宫内膜容受中的表观调控机制｜Cell Rep
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。母胎免疫耐受是指母体免疫系统对胎儿抗原的耐受，避免对胎儿产生免疫排斥反应。子宫内膜容受性是指子宫内膜接受胚胎着床的能力。子宫内膜容受性和母胎免疫耐受是成功妊娠的两个关键过程。然而，营养所涉及的分子机制尚未被充分研究。蛋氨酸（methionine）是一种必需氨基酸，在甲基化、抗氧化、多胺合成和免疫调节中发挥重要作用。已有研究表明，蛋氨酸代谢紊乱可能导致胚胎发育障碍和生殖性能下降。
2025-03-11 09:47:57
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原创 易基因： Plant Physiol：郑州果树所王力荣团队ChIP-seq等揭示桃树需冷量和芽休眠调控的关键基因｜项目文章
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。桃树（Prunus persica）等多年生果树的芽休眠是其冬季生存的关键策略，需冷量（chilling requirement，CR）是打破休眠的必要条件之一。然而，全球变暖导致许多地区的需冷量难以满足，影响了桃树的生长和发育。因此，理解需冷量和芽休眠（bud dormancy）的遗传机制对于培育适应不同地理区域的低需冷量品种具有重要意义。
2025-03-10 10:11:54
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原创 易基因特异性R-loop检测整体研究方案
本研究通过染色质免疫共沉淀测序（ChIP-seq）和DNA:RNA免疫沉淀测序（DRIP-seq）联合分析揭示了AMP激活蛋白激酶（AMPK）在饥饿条件下通过调控H3K4me3沉积和R-loop形成来维持基因组稳定性和生殖细胞完整性的机制。本研究通过DRIP-seq和DRIPc-seq进行R-loop定位，结果表明该技术可以检测任何感兴趣的基因组中R-loop结构的稳态分布。在DRIP-seq基础上，对免疫沉淀的RNA链进行cDNA建库，明确R-loop中RNA来源链及转录方向。影响因子：IF 16.6。
2025-03-07 15:00:28
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原创 易基因：m6A-seq+RNA-seq揭示KRAS突变通过调控ALKBH5翻译后修饰导致肺癌对铂类药物耐药｜JCI
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。KRAS基因突变在非小细胞肺癌（NSCLC）中非常常见，尤其是KRAS G12C、G12V、G12D等突变类型。这些突变通常导致KRAS蛋白处于持续激活状态，促进肿瘤发生和发展。然而，KRAS突变与铂类化疗耐药之间的关系尚不清楚。m6A是真核生物mRNA上最丰富的内部修饰之一，由METTL3、METTL14等“writer”蛋白添加，由FTO和ALKBH5等“eraser”蛋白去除。
2025-03-05 09:27:04
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原创 易基因：cfWGBS揭示与年龄和肌萎缩侧索硬化相关cfDNA甲基化变化及组织/细胞溯源
在ALS患者与对照组的比较中，共检测到1045个差异甲基化区域（DMRs），这些DMRs位于基因体（genebody）、启动子和基因间区域，且这些DMRs与ALS的关键相关通路（包括内吞作用和细胞黏附）相关。》的研究论文，研究通过全基因组亚硫酸盐测序（WGBS），分析了血浆中的cfDNA甲基化模式，揭示了与年龄相关以及ALS相关的甲基化变化。本研究结果表明，cfDNA甲基化是一种强大的工具，能够通过揭示受扰动的位点、基因以及不同组织/细胞对血浆的贡献比例，评估与年龄相关的改变和ALS特异性的分子失调。
2025-02-27 09:58:18
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原创 易基因：RNA甲基化修饰和R-loop的交叉调控：从分子机制到临床意义｜深度综述
近年来，研究发现RNA甲基化修饰在R-loop的形成、稳定和分解中起着核心作用，通过动态调节R-loop代谢影响基因组完整性和DNA损伤修复。DNA 损伤后，特别是在 DSB 期间，复杂的修复机制被激活，R-loop的形成和解离在此过程中起着至关重要的调节作用。R-loop是由新生RNA（nascent RNA）与DNA模板链形成的RNA-DNA杂合结构，这种结构在正常生理条件下广泛存在于高转录基因中，参与多种关键生物过程，如基因表达调控、DNA复制、DNA损伤修复等。
2025-02-25 11:15:41
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原创 易基因： ChIP-seq+DRIP-seq揭示AMPK通过调控H3K4me3沉积和R-loop形成以维持基因组稳定性和生殖细胞完整性｜NAR
易基因提供的DRIP-seq基于特异性识别DNA:RNA 杂交体的单克隆抗体（S9.6），通过免疫沉淀富集基因组中的R-loop区域，结合高通量测序实现全基因组水平的高分辨率定位。DRIP-seq（DNA-RNA免疫沉淀测序）和ChIP-seq（染色质免疫沉淀测序）是两种关键的高通通量测序技术，分别用于研究R-loop的形成和组蛋白修饰的分布， DRIP-seq和ChIP-seq在本研究中共同揭示了AMPK缺失如何通过H3K4me3的异常沉积导致R-loop的形成，进而引发基因组不稳定性。
2025-02-20 11:08:45
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原创 易基因：微量WGBS+ACE-seq揭示卵巢早衰的人卵丘细胞DNA甲基化与羟甲基化表观基因组图谱｜项目文章
研究结果显示，POI患者的甲基化和羟甲基化水平显著升高，全基因组范围内表现出显著高甲基化和高羟甲基化区域，其中Genebody（基因体）区域的甲基化水平与基因表达呈负相关，尤其是在启动子区域。研究通过单碱基分辨率的DNA甲基化组和DNA羟甲基化组分析，探讨了POI患者人卵丘细胞（cumulus cells）的表观基因组特征，并进一步揭示这些表观遗传修饰变化与POI相关基因、卵巢功能基因以及表观遗传时钟基因的相关性。研究发现，POI患者的羟甲基化水平在某些区域显著升高，可能与基因表达的调控有关。
2025-02-18 10:14:09
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原创 易基因：mRNA m5C修饰的鉴定、效应分子、分子机制及其生理病理功能：深度综述｜Int J Biol Sci
进一步的研究揭示了不同小鼠组织和睾丸发育过程中m5C修饰的分布，表明了哺乳动物转录组中m5C修饰的保守性、组织特异性和动态特征。随着检测技术的进步，尤其是亚硫酸盐测序（bisulfite sequencing）的应用，m5C修饰在转录组中的分布和功能逐渐被揭示，人们对其在mRNA中的分子机制和生物学意义有了一定的初步认识。总之，RNA-BS-seq技术在本文中发挥了重要作用，不仅确认了m5C修饰的存在，还绘制了m5C修饰的全转录组图谱，揭示了其分布特征，并推动了m5C修饰在分子功能和疾病相关研究中的应用。
2025-02-14 10:12:17
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原创 易基因：MeRIP-seq揭示METTL3-METTL14特异性重编程m6A RNA甲基化修饰并促进肿瘤进展｜Sci Adv
E. RNA（粉色）的模型，包含待甲基化为m6A的腺苷（Ade）和下一个核苷酸，与WT METTL3（绿色或浅蓝色）和METTL14WT（橙色）或METTL14R298P（灰色）复合体的叠加结构结合。每个细胞系的三个重复中重叠的peaks数以交集形式显示在上方（总数，黑色字体），而经过四组比较后特有的peaks数显示在下方（特有，红色字体）。F. 对至少包含一个R298P细胞特异性m6A peaks（图2A）和一个较高的m6A峰（相对EGFP的前5%）（图2C）的基因（n=258）进行的GO分析。
2025-02-11 10:10:20
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原创 易基因：MeRIP-seq揭示METTL3-METTL14特异性重编程m6A RNA甲基化修饰并促进肿瘤进展｜Sci Adv
E. RNA（粉色）的模型，包含待甲基化为m6A的腺苷（Ade）和下一个核苷酸，与WT METTL3（绿色或浅蓝色）和METTL14WT（橙色）或METTL14R298P（灰色）复合体的叠加结构结合。每个细胞系的三个重复中重叠的peaks数以交集形式显示在上方（总数，黑色字体），而经过四组比较后特有的peaks数显示在下方（特有，红色字体）。F. 对至少包含一个R298P细胞特异性m6A peaks（图2A）和一个较高的m6A峰（相对EGFP的前5%）（图2C）的基因（n=258）进行的GO分析。
2025-02-11 10:06:00
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原创 易基因：浙大范衡宇团队acRIP-seq揭示哺乳动物mRNA乙酰化修饰ac4C形成的分子机制｜Adv Sci
通过结合mRNA，PCBP1/2和TDP43将NAT10招募到偏好性的mRNA上，NAT10将乙酰基团转移到特定位点的胞嘧啶上。ac4C RNA修饰的检测，易基因采用基于抗体富集的ac4C RNA乙酰化免疫共沉淀 (acetylated RNA Immunoprecipitation，acRIP)技术：基于抗体特异性结合乙酰化修饰碱基原理，以RNA免疫共沉淀富集乙酰化修饰片段为基础，然后通过高通量测序（acRIP-seq），在转录组范围内研究发生乙酰化的RNA区域，高效获得结果。
2025-02-08 10:12:29
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原创 易基因：中国科学院孔庆鹏团队利用WGBS揭示长寿男性特有的DNA甲基化修饰机制/表观遗传时钟｜Cell Rep
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。男性通常比女性寿命短，但长寿男性（long-lived men，LLMs）往往表现出更好的健康状态，包括良好的身体表现和较低的癌症风险。这种现象表明男性可能存在一种特定的长寿策略。DNA甲基化作为一种表观遗传修饰，在基因转录调控中起着重要作用，并与衰老和年龄相关疾病密切相关。已有研究表明，DNA甲基化在人类长寿中发挥重要作用，且两性之间存在甲基化模式差异，这可能与人类寿命的性别差异有关。
2025-02-06 11:38:25
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原创 易基因：RRBS揭示中药材滇重楼DNA甲基化变化及花粉调控种子休眠的表观遗传机制｜项目文章
测序分析结果显示，经过4°C低温处理的花粉（4-H）和25°C处理的花粉（25-H）分别产生46.68 Gb和34.22 Gb的数据，而经过-85°C处理的种子（85-Z）和4°C处理的种子（4-Z）分别产生71.76 Gb和74.4 Gb的数据（表1）。研究人员结合RNA测序（RNA-seq）和简化基因组DNA甲基化测序（RRBS）技术，分析了花药开裂和闭合过程中花粉和种子的基因表达谱以及甲基化变化，并研究了低温处理后的影响。酶1（enzyme1）：NADH-泛醌氧化还原酶链5；酶2：质膜ATP酶4；
2025-01-23 10:43:13
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空空如也
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