唯有学习才能拯救世人-CSDN博客

原创 exomePeak2学习&使用记录

exomePeak2学习&使用记录文章目录exomePeak2学习&使用记录写在前面关于exomePeak2下载exomePeak2下载出错的一些情况记录...关于exomePeak2的使用**帮助文档对该算法包的描述：**调用函数exomePeak2使用方法无处理组，寻找富集峰[Peak Calling]有处理组时，修正峰的差分修正分析（两种条件的比较）基于单一基础的修改注释的修改级别量化单基修改注释的差分改进分析exomePeakCalling-methods使用方法（分步骤）Usag

2021-04-27 15:29:35 4800 9

原创二代测序之SNV检测总结笔记

二代测序之SNV检测总结笔记文章目录二代测序之SNV检测总结笔记Short variant calling的流程：测序常见错误：Germline：HaplotypeCaller （单倍体） in GATK过滤候选的Variant信息筛选流程：Somatic Calling Workflow（Mutect2）参考资料：Short variant calling的流程：比对好的肿瘤样本的Reads和参考基因组做比对获得全部的在肿瘤中发现的突变mutations，比对好的正常样本的Reads和参考基因组做

2021-04-25 15:24:39 4480

原创 NCBI 本地Blast+的学习记录

NCBI 本地Blast+的学习记录写在前面的话之前下载的blast+版本为2.1.0，所以出现了以下的情况。上网查了好多好多问题，才发现是2.1.0这个版本很有问题啊，所以就下载了最新版本的blast+，才得以完成以下的结果。到官网上下载！！！到官网上下载！！！到官网上下载！！！重要的事情说三遍！！！【所以感叹号也多打了】ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/2.9.0/我的介绍比较新手，可以快速做掉你要做的不是很多的数

2021-04-24 20:36:33 1410

原创二代测序之SNV基础知识笔记总结

二代测序之SNV基础知识笔记总结文章目录二代测序之SNV基础知识笔记总结SNV基础知识SNVsMutation vs. Variant[变异和突变]不同层次的突变DNA：1.编码DNA（coding DNA） c.2.非编码DNA（non-coding DNA） n.3.基因组（genomic）g.4.线粒体（mitochondrial）m.5.环形DNA（circular DNA）：o.RNA：r.Protein（蛋白质）：p.不同变异的写法1. Substitutiion 单个碱基的替换2. Del

2021-04-24 20:24:46 6574

原创药物基因组学_个体化实验分析_实验报告

文章目录一、实验目的1、（学会）收集特定癌种特定药物的包含药物响应与否相关的基因表达谱数据（TCGA/GEO）2、（掌握）根据响应信息将样本划分为耐药或者敏感两类3、（掌握）构建分类器4、（学会）利用构建的分类器实现个体化耐药预测二、实验流程（1）搜集数据【数据使用的是平时研究的癌型】（2）根据响应信息将样本划分为耐药或者敏感两类（3）构建分类器【以下使用的分类器是weka软件中所构建的】①筛选差异基因②构建放入weka软件的训练集和验证集文件③接下来就可以放入weka进行分析\1. 随机森林\2. svm

2021-01-02 15:43:37 505

原创生信_药理学基本介绍【学习总结思维导图】

药理学基本介绍文章目录药理学基本介绍药物作用的基本规律几个基本概念药物毒物药物作用药物效应兴奋抑制基本任务药物作用作用方式局部作用与全身作用(范围)局部作用全身作用直接作用和间接作用(方式)直接作用间接作用选择性两重性药物的量效关系剂量与效应(量效关系)量反应质反应药物作用机制分类(一)非特异性药物作用机制(二)特异性药物作用机制药物作用的受体理论1.受体的概念①受体②配体与药物③作用于受体的药物，效应取决于药物与受体的亲和力和药物的内在活性药物消除动力学1.恒比消除(一级动力学消除)2.恒量消除(零级动

2020-06-04 09:23:23 1667

原创 Java学习笔记——面向对象程序设计【思维导图】

Java学习笔记——面向对象程序设计文章目录Java学习笔记——面向对象程序设计建立类和对象之间的关系对象与类定义类成员函数与成员变量对象初始化对象交互封闭的访问属性 private开放的访问属性 public包 package类变量类函数自制思维导图写在最后的。建立类和对象之间的关系Circle c1 = new Circle(320,40,80) //320是x轴，40是y轴，80是直径circle的类，画图的方法，在别的地方使用circle的类的对象对象与类对象是实体，需要被创建 =

2020-05-08 18:09:56 1471

原创生信蛋白质结构与功能确定【思维导图】（学习总结）

这个是根据老师上课的内容所做的笔记，大家可以参考的看一下。上面部分是大纲，下面是所有的思维导图。蛋白质结构与功能确定蛋白质数据库PIR （protein informaon resources）【PSD】来自于Genbank，EMBL,DDBJ 会导致数据库权威性不够，因为这三个数据库为核酸数据库，结果为预测，不够准确从发表的文章得到的序列提交得到的序列 SWISS-PROT/TrEMBL 记录格式特征e.g.P12544Protein sequences databasesPROSITE

2020-05-08 18:03:48 4495

原创生信反相蛋白质阵列 RPPA的相关学习记录

反相蛋白质阵列 RPPA的相关学习记录其基本原理是通过特异性抗体对凝胶电泳处理过的细胞或生物组织样品进行着色。通过分析着色的位置和着色深度获得特定蛋白质在所分析的细胞或组织中表达情况的信息。RPPA DATA NORMALIZATION LEVELS（RPPA标准化水平数据）Level 1：高分辨率的蛋白质阵列幻灯片图像（每张幻灯片最多1000个参与者肿瘤样本）和每张幻灯片的原始信号（文件类型：.tiff图片，.txt信号数据）Level 2：每个样品的稀释曲线（文件类型：.txt）系列稀释的校准物

2020-05-08 18:01:49 1992

原创 Java学习笔记————继承+多态+重写+重载【思维导图】

Java学习笔记————继承+多态+重写+重载文章目录Java学习笔记————继承+多态+重写+重载继承概念特点使用this&super多态概念特点体现形式向上转型向下转型重写&重载重写概念规则重载概念是在一个类里面，方法名字相同，而参数不同。自制思维导图参考学习继承概念子类继承父类的特征和行为，使得子类对象（实例）具有父类的实例域和方法，或子类从父类继承方法，使得子类具有父类相同的行为。如果在父类中拥有私有属性(private修饰)，则子类是不能被继承的。标记: 红色,

2020-05-08 17:44:10 2201

weixin_46839673的博客