生信 蛋白质结构与功能确定【思维导图】（学习总结）

这个是根据老师上课的内容所做的笔记，大家可以参考的看一下。上面部分是大纲，下面是所有的思维导图。

蛋白质结构与功能确定

蛋白质数据库

PIR （protein informaon resources）【PSD】 来自于Genbank，EMBL,DDBJ 会导致数据库权威性不够，因为这三个数据库为核酸数据库，结果为预测，不够准确 从发表的文章得到的序列 提交得到的序列 SWISS-PROT/TrEMBL 记录格式特征e.g.P12544

Protein sequences databases

PROSITE tools ScanProsite MofScan 收集模式 酶的催化位点 配体结合位点 与金属离子结合位点 二硫键的半胱氨酸与其他蛋白质，小分子结合位点 Pfam

Protein mof and domain databases

PDB 国际上最主要的生物大分子结构数据档案库，由美国Brookhaven国家实验室建立。PDB收集的数据来源于X射线单晶衍射、核磁共振NMR 和电子衍射的数据。 收集的结构数据 唯一的PDB-ID 包含4个字符，由大写字母和数字组成，如血红蛋白为4HHB

Protein structural databases

SCOP 根据蛋白质的氨基酸组成及三级结构的相似性对已知结构蛋白质进行分类。 CATH 定义 C为蛋白质的种类（class） A为蛋白质中二级结构的架构（architecture） T为蛋白质的拓补结构（topology） H为蛋白质同源超家族（homologous superfamily） CATH号 最底层的范围为1~4，每一类之间间隔量为1；其他类别之间间隔量为10。如4HHB的编号为： 1.10.490.10 Protein structural clas