NCBI 本地Blast+的学习记录

NCBI 本地Blast+的学习记录

写在前面的话

之前下载的blast+版本为2.1.0，所以出现了以下的情况。

上网查了好多好多问题，才发现是2.1.0这个版本很有问题啊，所以就下载了最新版本的blast+，才得以完成以下的结果。

到官网上下载！！！

到官网上下载！！！

到官网上下载！！！

重要的事情说三遍！！！【所以感叹号也多打了】

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/2.9.0/

我的介绍比较新手，可以快速做掉你要做的不是很多的数据，很简单！！！

blast+是什么？

blast+是NCBI在推出blast之后推出的新的版本啦，所以就是有很多代码啊命令都是用不了了！【我也就因此吃了很多苦，最先的安装包不是我下载的，结果查了好多资料】

关于安装

建议安装在D:\或者E:,而C:\太复杂了，不适合我们这种新手玩，调整系统变量什么的过于麻烦。

打开cmd（命令提示符）

cd更换目录到你安装blast的位置，如上图。

然后输入blastn -version

出现这样的就说明没有问题了。

构建背景库

1. 文件一定要fasta格式！！！

2. 格式化命令：

   makeblastdb.exe -in inputfile.fasta -parse_seqids -hash_index -dbtype nucl
       
    
   e.g.   makeblastdb.exe -in db/seq.fasta -parse_seqids -hash_index -dbtype nucl   
   

inputfile.fasta就是你要拿来构建背景库的文件

-parse_seqids -hash_index据说是取子序列时使用的

-dbtype后面接的是你要格式化的序列的类型，其中nucl是核酸，prot是蛋白质

序列检索比对

blastn.exe -task blastn -query 查询序列名称.fasta -db 刚刚放入的序列文件.fasta -out 输出文件名.txt -evalue 10  ###10为设置的阈值
    
 e.g.   blastn.exe -task blastn -query db/HG-U133A_2.probe_fasta -db db/seq.fasta -out result.txt  

但是！！！以上这个文件特别的难以处理！！！所以！！！你要像下面的代码这么做！！！

 blastn.exe -task blastn -query inputfile -db db/seq.fasta -out result.txt -outfmt 6 -evalue 0.00001


e.g.  blastn.exe -task blastn -query db/HG-U133A_2.probe_fasta -db db/seq.fasta -out db/alignment.txt -outfmt 6 -evalue 0.00001
     ###重点在那个outfmt输出的格式！！！

解读

Score ：比对得分，如果序列匹配上得分，不一样，减分，分值越高，两个序列相似性越高。

E Value ：值越小，结果越可信。相对的一个统计值。这与你所使用的数据库大小有关。

Length ：输入序列的长度

参考

1. http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=3375649&do=blog&id=1106079
2. https://wenku.baidu.com/view/006558316fdb6f1aff00bed5b9f3f90f76c64d2b.html
3. https://www.jianshu.com/p/e5527735f163

formatdb -i db/seq.fasta -p F -o F -n seq_db
    formatdb -i protein_db_file_name -p T –o T
    formatdb –i db/seq.fasta –p F –o T/F
    blastall -p blastn -i db/HG-U133A_2.probe_fasta -d seq_db -w 7 -e 10 -o alignment.txt

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