关于微阵列芯片和RNA-seq的比较
转录组代表存在于细胞中RNA的全部类型,包括mRNA、rRNA、tRNA以及其它各种非编码RNA等。转录组是了解细胞过程的主要手段,微阵列(Microarray)和RNA-seq(RNA sequencing)是转录组分析中的两种主要技术。它们的主要区别在于,微阵列基于预先设计的标记探针与目标cDNA序列的杂交,而RNA-seq通过测序技术对cDNA链进行直接测序。
微阵列
微阵列取决于杂交探针,根据杂交信号强度定量基因相对表达水平。
首先从样品中提取总RNA,然后构建cDNA文库。将cDNA与预先设计的带荧光标记的DNA探针在固体表面(spot matrix)混合,互补序列将与微阵列中的标记探针杂交。通过检测微阵列的探针荧光强度,这些探针代表了不同的基因,可获得各基因的相对表达谱。
一般而言,微阵列探针的荧光强度应与样品中互补cDNA(代表转录物)的丰度成正比。但是该技术的准确性取决于所设计的探针,已知序列的碱基组成以及探针杂交的亲和力,因此具有局限性。微阵列技术不能用低丰度的转录本进行,且不能区分同工型以及鉴定遗传变异。此外,探针也常伴随交叉杂交,非特异性杂交等问题。
RNA-seq
RNA-seq是一种快速且高通量的方法,不依赖于预先设计的探针或已知的序列碱基特征,因此具有较高的灵敏度和检测新基因以及遗传变异的能力。
首先提取总RNA并在纯化后片段化处理,然后构建cDNA文库,使用高通量测序的方法对cDNA进行测序。获得测序序列后比对到参考基因组上(或者从头组装转录本后再比对),根据测序序列的覆盖情况定量基因表达。
理论上,如果测序深度足够深,则可以覆盖到所有基因,包括尚未发现的新基因,并能实现全长基因水平的定量。并且RNA-seq本身是一种测序技术,能获得基因的碱基组成信息,因此除了用于定量基因表达外,还可用于基因组结构研究,这是微阵列芯片无法比拟的。但是高通量的方法存在一定的假阳性问题是不可忽视的,并且二代测序在建库时也存在非特异性扩增的偏移,三代测序定量相对准确但价格昂贵。
微阵列和RNA-seq的比较
就目前来说,小编比较推荐使用RNA-seq进行转录谱研究。一是数据量大,覆盖基因组范围更广;二是不受物种基因组是否已知所限制;三是RNA-seq数据的灵活度高,并能用于基因组结构分析。