单细胞测序
文章平均质量分 54
Biomamba生信基地
本人为在读博士研究生,此公众号旨在分享生信知识及科研经验与体会,欢迎各位同学、老师与专家的批评指正,也欢迎各界人士的合作与交流。
展开
-
手把手教你做单细胞测序数据分析(七)—— 基因集富集分析
上一讲中我们已经教会了大家如何对多样本的数据做差异分析,拿到差异基因列表。通常情况下差异基因数量是非常多的,显然拿着这么长的list直接撰文是不科学的。这时就需要我们利用一定的“先验”通路,去评估我们获得的差异基因集,从而帮助大家更好的了解自己手中的数据,解释好数据背后的生物学意义,向文章迈进!(B站同步播出,先看一遍视频再跟着代码一起操作,建议每个视频至少看三遍)老俊俊的生信笔记(公众号)欢迎关注同名公众号~原创 2023-07-19 20:56:10 · 340 阅读 · 0 评论 -
手把手教你做单细胞测序数据分析(六)——组间差异分析及可视化
在前面的课程中我们已经进行过“”、“”、“”等内容的学习,相信大家现在已经能够对单细胞测序数据分析流程及Seurat对象的基本结构拥有了一定的了解。这一讲主要带领大家进行组间差异的计算及可视化方法的学习,这部分内容能够帮助科研工作者直接证明该数据集的前期试验设计,从前期枯燥的数据预处理走向文章中的Figure!(B站同步播出,先看一遍视频再跟着代码一起操作,建议每个视频至少看三遍)代码:测试数据与。原创 2023-07-19 20:55:14 · 2146 阅读 · 0 评论 -
手把手教你做单细胞测序数据分析(五)——细胞类型注释
第三讲。原创 2023-07-19 20:53:52 · 4111 阅读 · 0 评论 -
手把手教你做单细胞测序(四)——多样本整合
上次的视频中已花费大量时间讲解过单样本分析的基本流程,所以这节课的学习需要有上节课的基础,希望大家按顺序观看。此次的内容较简单、篇幅也较小,代码与视频请看下文,测试数据集与代码存于文末链接之中。由于测试数据比较特殊,并没有展示出去批次的精妙之处,留一个悬念给大家吧,可以用自己的数据集测试一下。(B站同步播出,先看一遍视频再跟着代码一起操作,建议每个视频至少看三遍)欢迎关注同名公众号~原创 2023-07-19 20:52:34 · 1871 阅读 · 0 评论 -
手把手教你做单细胞测序数据分析(三)———单样本分析
这一部分课程正式开始学习单细胞转录组测序的数据分析,大家无需担心自己的R语言方面的编程基础。本次课程将从分析工具包的安装、加载开始,对脚本的参数进行全方位的讲解。具体分析内容方面,此次课程将详细的给大家介绍Seurat对象的创建、过滤、数据结构特征及理解、存储、线粒体含量计算、分群、降维、Marker计算、各类可视化方法。此次课程为整个《单细胞转录组测序数据分析》课程的核心内容,其中代码的运行方式、数据结构的理解与处理均十分重要,后续的进阶分析都需以此课程作为基础。欢迎关注同名公众号~原创 2023-07-19 20:48:43 · 390 阅读 · 0 评论 -
手把手教你做单细胞测序数据分析(二)———数据读取
三、所需文件:打开链接中的R脚本即可运行。欢迎关注同名公众号~原创 2023-07-19 20:47:19 · 1208 阅读 · 0 评论 -
手把手教你做单细胞测序数据分析(一)——绪论
先打一手感情牌,前段时间要务缠身,现在终于获得短暂的解放,开始着手课程的录制,这个系列的课程希望能够带领大家从入门到入土,完成ScRNA-Seq的全部分析。欢迎关注同名公众号~原创 2023-07-19 20:38:48 · 367 阅读 · 0 评论