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RSS订阅原创 生信分析需要使用服务器的八个理由
而服务器在机房稳定运行、永不关机，在服务器中执行任务时，无论是挂载在Linux还是用Rstudio-server运行，即使本地的电脑掉线或关机，服务器依然可以继续执行任务，完全不用守着自己的电脑。无论是windows下的子系统、双系统，还是虚拟机，与真正的Linux环境还是有所区别。相较于大家的塑料校园网，服务器每台接入1000M的专线，且我们具有正规备案，即使访问境外的数据库依旧可以达到相同的速度，即使是使用最简单的wget命令也能达到极高的下载速度，即使是用作一个网盘，似乎也比百度云更有优势。
2024-05-20 18:07:06
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原创 鼻咽癌的Bulk RNA-Seq与scRNA-Seq联合分析
其实近年来肿瘤免疫微环境一直比较火，但是主要聚焦于T Cell，而这篇文章的目光放在了B Cell上。鼻咽癌的单细胞文献我们之前也讲解过文献阅读（二十三）、鼻咽癌&肿瘤微环境&scRNA-Seq这篇文章主要是联合了bulk RNA-Seq与scRNA-Seq来挖掘与鼻咽癌预后相关的biomarker，主体是数据挖掘的内容，也就是说基本无需经费。文章思路十分清晰，讲解起来也比较容易。视频链接PPT链接。
2024-05-20 17:22:00
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原创 给生信入门初学者的小贴士
自从业生信已经三年有余了，从最开始只会理解公司测序报告中的图表，到成为现在熟悉一些生信分析流程的""，个人觉得自己应该是刚完成了的学习。如果你要问我何为入门？我觉得如果能够独立复写或发表生信文章，即可视为生信入门。考虑到我与大部分同学一样没有受过专业的培训，纯粹靠自力更生，并且我自己作为入门者也接触了很多其他的初学者，所以我的这些建议对入门者来说应当。
2024-05-20 16:15:43
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原创 GPTCelltype：玩GPT4玩出Nature
相信GPT4凭借及强大的Debug能力与文字润色能力已经成为大家在生信分析与文章撰写时的好帮手。在本菜鸡还在拿GPT4帮自己写代码的时候，已经有大佬将GPT4的API接入自己写的R包用于帮助单细胞数据的注释，并且顺手发了一篇《学过我们此前课程()的同学都知道，人工注释费时费力，需要分析人员对于组织中的细胞特征拥有的了解；用singleR这类软件进行，又很软件的准确性与的适配性。
2024-05-18 00:05:55
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原创 最强学二代，父子双双拿诺奖
2022年的诺贝尔生理学或医学奖授予了瑞典遗传学家。他的主要贡献为完成了对尼安德特人的基因组测序(某种意义上是不是可以说今年的诺贝尔医学或生理学奖颁给了生物信息学领域)，用Karolinska Institutet官方的话来说：这是一项看似不可能完成的任务[1]。
2023-10-10 10:55:07
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原创 搭一个shinyAPP就是一篇《Bioinformatics》？
原本想引用一番shiny，结果并没有检索出shiny研发团队所发表的论文，倒是有诸多搭建shinyApp所发表的文章。例如这篇题为“ShinyGO: a graphical gene-set enrichment tool for animals and plants”、于2020年发表于《Bioinformatics》上的文章[1]。其实本来想吐槽一番，这UI界面比我做的App还丑：况且shiny团队都没有发过文章，仅以shinyApp为主题的文章未免。。。
2023-09-04 12:28:51
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原创 《Nature communication》：PD-1&急性髓细胞性白血病&T Cell
这是一篇粉丝来稿，该文献是2021发表在《Nature communication》的《Single cell T cell landscape and T cell receptor repertoire profifiling of AML in context of PD-1 blockade therapy》，文章介绍了在经过PD-1免疫治疗前后AML（急性髓细胞性白血病）病人T亚群和占比的变化，提出可以使用免疫治疗前T细胞克隆型和GZMK CD8+T细胞所占比例来预测免疫治疗的效果。
2023-09-03 14:15:10
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原创 单细胞测序揭示鼻咽癌微环境的基质动力学和肿瘤特异性特征
鼻咽癌(NPC)的肿瘤微环境(TME)中存在着一个异质性的、动态的基质群体。对这种肿瘤特异性生态系统的全面了解对提高癌症诊断、治疗和预后是必要的。为了构建完整的鼻炎基质细胞浸润的深入图谱，作者对来自14例患者进行了单细胞RNA测序，并结合了T和B细胞的克隆型鉴定。确定并描述了5个主要的基质集群和36个不同的亚种群基于遗传图谱。通过与非恶性微环境中的浸润细胞进行比较，得到了TME中具有高度代表性的特征，包括表型丰度、遗传变异、免疫动力学、克隆扩增、发育轨迹和分子相互作用，这些特征深刻影响患者的预后和治疗结果。
2023-09-03 13:53:50
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原创 《Nature》：MYB调控衰竭性T细胞对检查点抑制的响应
● 背景介绍对慢性病毒感染或癌症作出反应的CD8+ T细胞的特征是抑制受体的表达，如程序性细胞死亡蛋白1(PD-1)和细胞因子的产生受损。这种受抑制的功能状态被称为T细胞衰竭状态，是由表达转录因子T细胞因子1 (TCF1)的T细胞(TPEX)前体维持的，它自我更新并产生TCF1−耗尽的效应T细胞3 – 6。● 文中发现的现象在这里，我们展示了在慢性感染过程中耗尽的T细胞的长期增殖潜能、多能性和再生能力被选择性地保存在一小群转录不同的CD62L+ TPEX细胞中。
2023-08-30 23:12:51
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原创 自测scRNA-Seq+scWGBS=3分三区文章？
最近在捣鼓，处理了一批Bulk RNA-Seq和WGBS(Whole Genome Bisulfite Sequencing)的数据。
2023-08-30 22:12:53
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原创 表观遗传学变异的西红柿
最近在捣鼓，处理了一批Bulk RNA-Seq和WGBS(Whole Genome Bisulfite Sequencing)的数据。
2023-08-30 18:53:35
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原创 百万级单细胞多组学数据集成
单细胞技术的迅猛发展揭示了以前被忽视的细胞类型和新的细胞状态与性别、疾病、发育和其他过程的关联的异质性。从转录组分析开始，单细胞技术已经扩展到多组学方法，可以同时测量数据模式和空间细胞环境。可以获得数百万个细胞的数据，用于全基因组测量和多种模式。尽管对这种多模式数据集的分析有可能为生物过程提供新的见解，而这些见解无法用单一的分析模式来推断，但将非常庞大、复杂的多模式数据整合到生物模型和机制中是一个相当大的挑战。● a)本文综述了多组学数据集成计算方法的研究进展；
2023-08-30 18:41:53
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原创 肠道微生物群&肾衰竭
●背景● 终末期肾病(ESRD)作为慢性肾脏疾病(CKD)的晚期并发症，是世界范围内发病率和死亡率的主要原因之一。目前治疗费用惊人，ESRD患者的肠道屏障处于受损状态[1]，早期症状并不明显，随着肾脏功能的不断下降，血液及其他代谢区中毒性代谢物的积累逐渐增加，往往在后期会出现恶心、呕吐、贫血等尿毒症症状，患者需要通过血液透析及肾脏移植维持生命，而尿毒症毒素中有很大一部分来自肠道微生物群[2]，很多大分子毒素无法通过透析有效地去除[3-4]。● 2016年发表在。
2023-08-30 17:58:13
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原创 成年T1D患者肠道微生物与宿主血糖
●目的● 之前研究证明了肠道微生物组成与T1D发病之间的关系。但是微生物的组成和功能与长期患有T1D病人或者宿主血糖的控制是不清楚的。●研究设计与方法●74份14.6±9.6年T1D史的成年T1D病人的粪便样品，并将其微生物组成与功能与相对应的296份年龄匹配（1:4）的健康对照进行对比。进一步分析了微生物分类与血糖控制指标之间的关联，这些指标源自连续葡萄糖监测测量和血液测试，并构建了预测模型，该模型仅将微生物组特征作为输入来评估微生物组成的区分能力，以区分来自对照受试者或 T1D 个体。●。
2023-08-30 17:35:45
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原创 肿瘤科医师狂喜,15分RNA修饰数据挖掘文章
●1. RNA修饰RNA表观修饰主要有m6A，m1A，alternative polyadenylation，adenosine-to-inosine RNA editing这四种，共涉及26种酶。●2. 主要发现通过对这些基因的无监督式聚类可将这26种基因分为两类并对样本进行分型。并创造了一种关联分析方法“WM_Score”，一方面来说可以将肿瘤与健康样本相区分；另一方面在肿瘤患者内部对肿瘤微环境、免疫应答等方面产生差异并影响患者的生存期。
2023-08-29 22:48:21
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原创 羊毛硫抗生素的免疫调节作用
1.微生物与免疫的发展密不可分；微生物对于一些与免疫有关的疾病有关，例如自身免疫疾病（egRA）;2.用无菌小鼠或者抗生素处理小鼠无法构建内风湿性关节炎（RA），说明微生物在RA的发生发展中是必不可少的;3.微生物大分子和小分子代谢物是宿主免疫和微生物组之间的额外通讯层。对于一些小分子代谢物如短链脂肪酸和胆汁酸已经被证明可以通过调节Treg和Th17细胞来调节免疫，但大分子代谢物，如微生物肽等对免疫的机制见解很少；补充知识点：微生物肽，就是来源于微生物的肽。
2023-08-28 16:50:50
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原创 肠道菌群&代谢物&脂肪肝癌变
今天分享的是一篇于2021年发表在 Gut 的文献，题目是 Dietary cholesterol drives fatty liver-associated liver cancer by modulating gut microbiota and metabolites (doi:10.1136/gutjnl-2019-319664) 作者是来自香港中文大学消化道疾病研究国家重点实验室的Xiang Zhang、Olabisi Oluwabukola Coker等，通讯作者为于君教授。
2023-08-28 11:33:07
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原创 单细胞测序做到啥程度能毕业|博士篇
除了这两篇之外我还读了一篇博士论文，该论文的篇幅也在一百页左右，主要内容是20只不同分组的模式动物的单细胞测序分析，并且没有实验验证内容(包含一些临床样本的免疫荧光验证)。最终该毕业论文的主题内容也是发在了一个IF=11.3的期刊上。有好文章，不怕毕不了业。
2023-08-27 20:57:43
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原创 单细胞测序做到什么程度能毕业|硕士篇
六万播放量的B站单细胞课程)即可完成论文的主体内容。有余力的同学还可以补一些免疫荧光、HE染色、流式细胞术方面的实验，可以让文章变得更加的完整。总体来说单细胞方面的研究也比较好发文章，上述的几位均有不俗的SCI发表(除了那位搞我心态的。。)，看来各位都有光明的未来~
2023-08-27 20:42:22
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原创 《Cell》| Stere-Seq力作
总的来说，stereo-Seq将空间转录组带到了一个新的高度，这篇文章一方面对于胚胎发育学具有较大的贡献，另一方面对于空间转录组的分析也提供了很多思路，后期我们会考虑复现这篇文章的部分代码与结果。[图片上传失败…(image-aa1f53-1693135970955)]
2023-08-27 19:37:19
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原创 ＜IF=27.4＞ IgG4相关性疾病中颌下腺和血液中的细胞和分子改变
在IgG4-RD患者的SMG组织中观察到TUB_HMG_TOP2A_T（被称为TOP2A_T）细胞，而对照组中没有。此外，IgG4-RD的患者中TUB_HMG_TOP2A_B（称为TOP2A_B）细胞的比例高于对照组（图1C和E），这表明。IgG4-RD患者的生发中心B细胞、记忆细胞、TOP2A_B细胞、ICOS_PD-1B细胞和IgG4+浆细胞比例较高（图2D）。在IgG4-RD患者中发现较高比例的Tfh细胞和TOP2A_T细胞，以及相对较低比例的dnT细胞（图3C，D）。调控这些通路有助于疾病的治疗。
2023-08-24 19:57:22
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原创 微生物与宿主病研究思路与现状一览
大量证据证实，肠道微生物及其代谢产物可以增强肠道屏障功能，抑制促炎反应，促进抗炎反应。而不适当的饮食习惯、生活方式和错误的药物治疗或多或少会导致肠道微生物失衡，甚至导致疾病的发生或恶化。此外，通过改变肠道微生物的组成来治疗疾病，如益生菌，已经得到了广泛的研究和治疗。虽然肠道微生物研究取得了良好的进展，但仍有一些局限性需要解决，因此迫切需要深入研究和制定安全有效的相关标准。参考文献。
2023-08-23 15:42:45
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原创 微生物组研究技术——微生物也能做单细胞
表观遗传、非编码RNA和微生物组，目前可以称之为生物与医药界的“量子力学”。总之，找不到机制时往这些东西上研究研究总能有所斩获。鉴于本人在与表观遗传学领域有一丝丝的研究经验，今后也会制作这些领域的。这里也正好借单细胞微生物技术做一个过渡，希望它们可以像我们的单细胞系列课程一样蓬勃发展！本文就目前微生物组学的三种主要研究技术开展一番简单的介绍。
2023-08-23 12:01:45
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原创 吸烟会引会起外周血表观遗传学变异！
最近在捣鼓，处理了一批Bulk RNA-Seq和WGBS(Whole Genome Bisulfite Sequencing)的数据。
2023-08-23 11:05:53
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原创 骨肉瘤治疗的新视野
几十年前，我们中的一人照顾过一位预后不良的骨肉瘤患者，他接受了标准治疗，几年后骨肉瘤复发，但他至今仍然活着，过着充实的生活。这位患者是一个例外，他带来了希望。几十年来，我们又从这些年轻患者的身上学到了什么呢？其次，新的测序技术在骨肉瘤的宏观层面上显示出意想不到的遗传混沌：染色体重复、染色体碎裂和雨点突变（Kataegis）。尽管通过基因扩增或细胞信号调控因子（如PTEN等）的丧失来激活可重复、可靶向的驱动通路可能会提升治疗机会，但它们的复杂性为罕见癌症的临床试验设计带来了挑战。
2023-08-22 21:45:15
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原创 Python中的正则表达式
Python中的正则表达式可通过re模块中的三个方法来实现(匹配规则, 被匹配字符串)匹配成功则返回匹配对象，匹配不成功则返回空。re.match默认从头部匹配，若头部不匹配，则后面的内容不参与匹配检索整个字符串，找出匹配的，匹配一次后即停止检索。检索整个字符串，并返回所有匹配结果(值的list)
2023-08-22 19:03:36
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原创 《Nature》空间转录组综述
高通量测序此前一直有一个痛点：多细胞生物往往具有复杂的结构，细胞间的位置信息往往决定了它们的分化方向以及生物学功能；但高通量测序在建库提取核酸的过程中由于组织的破碎了这部分，这就导致了生物学问题研究的"失真"。这对于我们熟悉的单细胞测序来说最为可惜，明明精心的设计了barcode和测序方法，得到的却仍旧是抽象的数据。而(spatial transcription)的出现为高通量测序加上了空间的坐标信息，这是一场新的革命，为神经科学、发育学、植物学、病理学等领域提供了强有力的研究手段。
2023-08-22 18:41:56
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原创 急性心肌梗塞(AMI)外周血scRNA-Seq分析流程及结果梳理
作者发现PR组的单核细胞和T细胞表现出更强的炎症活性，而NPR组的中间型单核细胞和CD8+效应T细胞与中性粒细胞活化和凋亡有关。作者还探讨了不同细胞类型之间的相互作用网络，发现MIF和GALECTIN信号通路在PR组中起重要作用。这些发现可能为AMI的精准治疗提供新的靶点。
2023-08-20 23:53:19
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原创 单细胞都能活检测序了？
单细胞转录组学(scRNA-seq)极大地提高了探索细胞异质性的能力。然而，scRNA-seq需要裂解细胞，这阻碍了对同一细胞进行进一步的分子或功能分析。作者建立了Live-seq的全新方法，使用流体力显微镜在RNA提取过程中保持细胞活力，从而允许将细胞的基态转录组与下游分子或表型行为耦合。为了测试Live-seq，作者使用细胞生长、功能反应和全细胞转录组读出来证明Live-seq可以准确地对不同的细胞类型和状态进行分类，而不会引起细胞状态的波动。
2023-08-20 22:57:56
43
原创 FPKM,TPM, Counts: 谁更适合做差异分析？
RNA-Seq早已替代了微阵列技术成为转录组研究最常用的技术，数据处理的流程一般是fastq→SAM/BAM→gene count→gene expression。其间的每一步都涉及到很多的算法与工具，而它们的正确使用便是大家探寻生物学意义的关键，本文的主要研究内容便是"gene count→gene expression"这步。在这之前，我们需要先思考为什么gene count不能与基因的表达量划等号。
2023-08-20 09:32:55
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原创 酸了，六个样本的scRNA-Seq+差异分析=9分文章
今天看到一篇《》上题为"athogenesis Study Based on High-Throughput SingleCell Sequencing Analysis Reveals Novel Transcriptional Landscape and Heterogeneity of这篇文章[1]是去年五月发表的，那么它对应的影响因子是2020年度的，考虑到发表在《Diabetes》上，其实际的生物学价值可能要比这个影响因子高一些。
2023-08-19 22:16:35
56
原创 空间转录组与单细胞转录组整合分析工具大比拼
由于大部分的空间转录组的分辨率无法达到单细胞级别(Stereo-Seq除外)，因此目前空间转录组的数据分析还高程度地依赖于单细胞转录组数据的整合，以帮助空间转录组数据的表达量计算以及去卷积。这篇文章作者利用45个配对数据以及32个模拟数据评估了16种单细胞转录组与空间转录组的整合工具，发现、gimVI、SpaGE在预测RNA的空间分布上更有优势，而Cell2location、SpatialDWLS、RCTD在细胞类型的去卷积上表现更佳。
2023-08-19 22:09:47
180
原创 30分文章深度解析IBD中微生物-宿主互作
在过去的十年中，炎症性肠病 (IBD) 和相关炎症性疾病的宏基因组学和代谢组学研究急剧增加。最广为人知的 IBD 包括克罗恩病 (CD) 和溃疡性结肠炎 (UC)，它们是由宿主遗传、环境和微生物等多种因素引起的慢性炎症性疾病。因此，我们开始对微生物组在肠道疾病中的作用形成生态范围的理解。最近，这些发现已开始转化为对炎症性疾病中微生物组的功能机制解释。在这篇综述中，总结了关于肠道微生物组在炎症性疾病中作用的最新研究，重点是功能和机制研究。
2023-08-11 10:15:09
249
原创 单细胞转录组+亚细胞空间代谢组=25分文章
作者首先使用单细胞转录组测序鉴定了妊娠13周、16周与18周人类胎儿肾脏样本的细胞类型，共分出22种细胞，基本涵盖了从肾颗粒、S型体到成熟的各阶段。然后，基于REACTOME数据库收录的代谢相关基因集合，作者对单细胞数据重新降维聚类，发现对于不同类型的细胞，其代谢基因具有独特的表达模式。作者随后使用monocle3。
2023-08-10 20:20:11
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原创 Python多线程编程
关于线程的内容我们此前在R语言中给大家介绍过：调用的线程越多就算的越快嘛?。简单来说多线程/并行计算就是让机器同时完成多个”任务”，能减少任务的等待时间与机器资源的闲置，从而大大提升各位的生产效率。多线程在Python中的实现主要通过模块来完成。语法为:启动程序，让线程开始工作：通过实例来感受一下:可以看到上面的代码中，任务1的结果输出之后，任务2才开始执行。此时命令的运行逻辑是串联的，但显然我们的计算机的算力足够让这两个任务同时运行，所以我们需要用调用并行来完成这两个任务：可以看出，这时任务1
2023-08-10 19:12:16
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1原创 3.0系统上线内测，免费升级+赠送三个月时长
3.0系统介绍视频可于微信公众号内观看~注：目前3.0系统正在向老用户收集升级意向进行内部测试，目前无公测购买链接，公售日期另行通知。原有1.0系统仍可正常购买，且2022年12月26日之后、3.0正式公售之前购买的用户仍可免费升级3.0的产品：https://biomamba.xiyoucloud.net/
2023-07-23 09:05:31
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