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RSS订阅原创 SeekSpace空转| banksy空间邻域分析理论+实操
摘要 BANKSY是一种创新的空间聚类算法，统一了细胞分型和组织结构域分割任务。其核心在于通过邻域核和空间标尺构建聚合特征，将细胞自身转录组与微环境信息结合分析。算法使用均值邻域表达和方位角Gabor滤波器(AGF)编码局部转录组特征，通过混合参数λ调节空间信息的权重。测试表明，BANKSY能准确识别小鼠海马体区域特异性细胞亚型，在Visium人类前额叶皮层数据集上表现出优越的域分割性能。相比现有方法，BANKSY计算速度提升10-1000倍，可处理百万级细胞数据，并能无缝整合到Seurat、Scanpy等
2026-02-02 14:08:25
371
原创 樊嘉院士近年高分文章集锦（2022-2026）
值得注意的是，在大多数癌症中，抗原提呈程序与良好的生存率相关，并可通过亮氨酸代谢和随后的组蛋白H3K27ac修饰引起。此外，不携带 Wnt 突变的转移灶中，免疫抑制性 B 细胞的富集程度更高，这类细胞可通过 HLA-E:CD94-NKG2A 检查点轴介导 CD8⁺ T 细胞的终末耗竭。该疫苗不仅能增强抗原呈递、激活 CD8⁺和 CD4⁺ T 细胞应答，诱导显著肿瘤消退，还可在抗原加工相关转运体（TAP）缺陷的肿瘤细胞中实现呈递，为攻克免疫逃逸肿瘤提供新思路。追随前辈学者的脚步，是我们深耕科研的重要路径。
2026-01-31 17:30:27
520
原创 Seurat单细胞亚群分析
本文介绍了单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据分析中的细胞亚群分析方法。首先概述了scRNA-seq技术在解析细胞异质性方面的重要价值，指出细胞亚群划分与注释是单细胞数据分析的核心环节。随后以小鼠胚胎数据为例，详细演示了两种亚群分析方法：一是使用Seurat包的FindSubCluster()函数直接对目标细胞群进行亚群划分；二是通过subset提取目标细胞后重新进行完整分析流程。文章对比了两种方法的差异，并提供了完整的代码示例和测试数据下载链接。最后强调亚群分析方法的选择需根据具体数据特征决定。
2026-01-29 14:00:00
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原创 挑战用Python分析一百万个单细胞数据
target=https%3A//mp.weixin.qq.com/s%3F__biz%3DMzAwMzIzOTk5OQ%3D%3D%26mid%3D2247531160%26idx%3D1%26sn%3Decf56af3b929ec2b241854c89d25c671%26scene%3D21%23wechat_redirect的时间消耗，Seurat基础分析约4h，CCA去批次约191.74h。最占内存、时间的任然是大家永远的噩梦——CCA，共花费了374.7GB的内存与191.74h的时间。
2026-01-27 14:23:08
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原创 单细胞组学的展望、挑战和机遇
单细胞和空间基因组学的最新进展彻底改变了对细胞状态和异质性的研究。单细胞多组学和空间基因组学的创新为将分子数据与组织背景中细胞特征的绘制相结合开辟了道路。这些技术使得构建详细的细胞图谱成为可能，为组织结构和疾病机制提供了新的见解。此外，改进的计算工具增强了数据整合，而来自单细胞和空间基因组学的系统数据为各种系统中的数字细胞图谱铺平了道路。重要的是，AI 驱动的预测性基础模型正在兴起，以实现计算扰动筛选和合成调控网络设计，从而增进我们目前对复杂疾病的理解并指导靶向治疗策略。
2026-01-23 17:55:58
570
原创 methylSig分析WGBS甲基化提取与差异分析流程
其能够注释DMR所在区域在基因组中匹配的临近基因、并选择特定的基因区域进行可视化。,为大家进行了背景知识介绍、环境布置、质控、单样本/多样本定量、去重、甲基化提取、DMR、DMS计算注释等操作。将多个甲基化位点整合能够提升数据的置信度，通常有两种策略：1、按照一定窗口长度划分一定区域2、预先定义一些特定区域例如CpG ilands或基因的启动子进行整合。行名的顺序需要与甲基化输入的文件相对应。的位点(可能由PCR重复导致)建议在正式分析前归零，这部分位点将不参与差异甲基化的计算。文件亦可作为输入文件。
2026-01-16 18:12:07
323
原创 单细胞在转化医学中的应用
本次分享的是《Science China Life Sciences》（IF=8.0）“Advances and applications in single-cell and spatial genomics”链接：https://link.springer.com/article/10.1007/s11427-024-2770-x因内容较长，本期内容将分章节推送，带您逐步深入了解。
2026-01-15 18:33:00
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原创 学员代码复现|scRNA-seq解析非酒精性脂肪性肝发生机制
非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）是目前全球最常见的慢性肝病之一，可进一步进展为NASH（非酒精性脂肪性肝炎）、 肝纤维化、肝硬化甚至肝癌。然而，NAFLD的发生发展并不是单一肝细胞异常，而是一个多细胞类型参与、免疫—代谢—炎症高度交织的复杂过程。传统。
2026-01-14 17:46:54
777
原创 Linux基础自测题
写在前面此前我们进行了的视频教学，课后给大家留下了如下习题，大家可以检验一下自己的的学习成果。推荐配合我们的B站课程同步食用：https://www.bilibili.com/video/BV1hT411F7r7/更多教程可见，也欢迎大家联系我们加群交流。访问链接：https://biomamba.xiyoucloud.net/测试题目。
2026-01-13 17:55:02
631
原创 张泽民院士近年高分文章集锦（2020-2025）
一、写在前面众所周知，张院士("单细胞院士")是生信领域yyds之一，一手引领了业内科研思路与工具算法（例如跟着《Nature》和《Cell》学Ro/e分析）。文整理了张老师近几年的高分文章集锦，当然张老师的作品远不止这么些，感兴趣的同学可以在评论区交流你关注的文章。专家介绍：张泽民，1988年毕业于南开大学生物系, 获学士学位。1995年毕业于美国宾夕法尼亚州立大学，获博士学位。1995—1998年在美国旧金山加州大学霍华德·休斯医学研究所进行博士后研究工作。1998年起在美国罗氏制药基因泰克科研部工作，
2026-01-09 16:57:28
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原创 R语言对象命名居然可以是中文
R语言支持各种统计分析方法，如线性回归、方差分析、聚类分析等，同时也能够进行复杂的图形和数据可视化。教程的时候，意外发现R语言的对象命名，居然是可以支持中文的。在介绍R语言对象命名原则的时候，我们强调过首字符必须是字母（a-z/A-Z）或点号（.），不能以数字/特殊字符开头，没想到中文对象名成了漏网之鱼。"，分为"R介绍"、"R语言数据对象"、"基本数据管理"、"图形初级(ggplot2)"四个模块共12节课。不仅如此，在后续对象调用参与各类函数运行的时候，中文名称对象也是可以正常参与的。
2026-01-07 14:56:23
591
原创 sc联合bulk RNA-Seq揭示预测免疫治疗反应的泛癌干细胞特征
⑫AUC 为 0.9–1.0 被认为是优秀的，0.8–0.9 非常好，0.7–0.8 好，0.6–0.7 足够，0.5–0.6 差，小于 0.5 被认为没有用。开创了癌症治疗的新时代，为患者带来了前所未有的临床益处。然而，只有相对较少的患者对其有反应，这凸显了生物标志物研究的必要性，以优化患者选择和联合策略，以应对。从 circos 图的内部到外部，带有黑色箭头的纵轴表示不同的癌症类型，由图 B 的 y 轴注释。我们的研究为免疫疗法中的患者选择提供了一种有希望的解决方案，并揭示了通过靶向。
2026-01-06 17:19:00
870
原创 甲基化分析，一个包就够了：Methylkit
该算法首先找到具有相似甲基化水平的CpG片段，然后根据其平均甲基化水平将这些片段分类为片段组。函数默认以1000bp的分辨率进行滑窗分析，将原来位点的甲基化水平转换为区域甲基化分值，为different methylated region(DMR)的寻找提供条件。文件可以帮助注释上文获得的DMB与DMR，从而帮助我们评估不同染色体序列区域(promoters/introns/exons/intergenic)的甲基化水平。对象更慢，因此考虑具体的机器配置，大家可以选择自己更喜爱的方式进行计算。
2026-01-05 16:46:15
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原创 纯生信挖掘+6个样WB，发表IF=10文章
一、写在前面最近发现一篇“有点意思”的文章，来自北京大学口腔医学院、国家口腔医学中心的作者挖掘整合分析了多个GEO数据的微阵列、Bulk RNA-seq通过四种机器学习算法筛选了159个核心DEGs后通过GEO中的scRNA-seq、空转数据挖掘进一步确定SASH1的细胞与空间定位情况，补了六个样本的细胞系WB实验后，就水灵灵的在25年12月发在了《INTERNATIONAL JOURNAL OF SURGERY》这一IF=10.1的期刊上。Dai Z, Shan X, Kang Y, et al. A m
2026-01-04 17:56:52
865
原创 SeekSpace空转| 基础分析+细胞注释
添加染色图片函数# 转化ggplot对象为plotly对象# 设置布局：),),list(xref ="x",yref ="y",x =0,
2025-12-31 17:13:36
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原创 原理+代码流程，一文学会华大C4平台scRNA-seq定量分析
# 使用函数进行读取。(适用于 raw_matrix、filter_matrix 和 RNAvelocity_matrix 等)# 1. 参数检查和路径设置# 检查是否提供了任何矩阵路径或目录stop("No matrix set.") # 如果都没有，停止执行并报错# 如果提供了 MEX 目录，检查它是否存在if (!stop(paste0(mex_dir, " does not exist.")) # 如果目录不存在，停止执行并报错。
2025-12-30 16:20:07
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原创 不要让你的实验影响结果？
其实这类问题在我们的交流群里屡见不鲜，很多人的问题其实提问前就有了心仪答案，只是想得到别人的肯定，心安理得的说服自己而已。|logFC|自然是越大越好。选择置信度为0.95的话，即使所有基因都没有差异，单次检验也有5%的概率误判为“有差异”。人们都会忽略事实选择于自己倾向于的结果，可能这就是经典的“不要让你的实验，影响结果”，只不过大家需要想清楚，你今天的选择相信，可能未来计划实验时，会成倍的为当下的选择买单。还是那句话，你的很多疑问与困惑，大概率我们都给你踩过雷，你是选择相信，还是选择努力？
2025-12-29 17:22:00
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原创 一文学会单细胞空转定量| SeekSpace® Tools
参数参数说明–fq1表达文库 R1 fastq数据路径。–fq2表达文库 R2 fastq数据路径。空间文库 R1 fastq数据路径。空间文库 R2 fastq数据路径。–hdmifqHDMI文库 fastq数据路径。样本名称。仅支持数字，字母和下划线。–outdir结果输出目录。默认值：./。–genomeDirSTAR构建的参考基因组路径, 版本需要与SeekSpace® Tools使用的STAR一致。–gtf相应物种的gtf路径。–core分析使用的线程数。
2025-12-27 12:00:00
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原创 早早就要交明年的国自然标书了
在国自然申请中扮演着至关重要的角色，它不仅是处理和分析海量生物数据的关键工具，更是推动生命科学研究从数据驱动向知识发现转变的核心驱动力。在申请中，生信部分需要紧密结合研究目标，明确其在解决复杂生物学问题中的具体应用，如通过高通量数据分析挖掘潜在的基因调控网络、鉴定疾病相关标志物或揭示微生物群落功能等。国自然一直都是我们科研道路上最重要一环，为了给大家提供一个全面、实用的工具书，帮助大家更好地把握国自然项目的申报方向和策略，我们整理出版了。不满足“跟风申报”，想在2026国自然提出“引领性课题”的申请者；
2025-12-26 16:28:29
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原创 用R语言画生信基地圣诞树~
愿大家在这冬日里邂逅所有美好与惊喜，科研顺利，文章多多~，单细胞工具圣诞树、空转工具圣诞树，供大家学习和参考。Python版本的是我们2026年的订阅合集，欢迎大家订阅和关注~在这一年里为大家呈现许多丰富的内容，其中包含三个全程班(和Jodie Burchel的教程[1]）圣诞节来临意味着2025年也快进入尾声，MERRY CHRISTMAS圣节诞快乐。生信基地圣诞树，文末有大图~向下滑动查看更多内容。向下滑动查看更多内容。向下滑动查看更多内容。
2025-12-25 17:41:03
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原创 突然想起学单细胞走过的弯路
简直让人崩溃，当时的数据有5w左右的单细胞，加上破烂设备，运行一次去批次操作需要花费2-3天的时间。另一方面我也颇有感慨，当年我入门的时候，也干过很多蠢事，学习和分析过程中走过很多弯路。接下来将从两个案例来展示我走过的弯路，一是在整合多样本单细胞数据，二是。的时候也干过很愚蠢的事，例如，校验pbmcrenamed.rds文件存储在md5.txt中的md5值，以检查文件传输是否丢包。好了，Biomamba真是大聪明，希望大家引以为戒，，利用好AI和我们公众号的教程，、解决问题，其实大家遇到的。
2025-12-24 18:13:52
774
原创 肠道也能影响Th17/Treg平衡|粪菌移植调控JAK/STAT
分析了不同处理对ARDS大鼠模型中Th17细胞、Treg细胞比例以及相关基因和蛋白表达的影响，流式结果显示与对照组相比，LPS组大鼠的Th17细胞比例显著增加，FMT处理后显著下降，抗CD25抗体处理后增加，而JAK抑制剂处理则抑制了Th17细胞的增加（Fig.6A）。在肺组织中，LPS组大鼠的Treg细胞比例显著降低，而经过FMT治疗后，Treg细胞比例显著增加，而肠道组织中，Treg细胞比例没有显著变化（Fig.2B）。t mRNA在LPS组大鼠的肺组织中显著增加，而经过FMT治疗后显著降低；
2025-12-23 17:27:37
831
原创 AI有时候没有搜索引擎好使
最近做使用infercnv的时候遇到了个小bug，在运行到step15的leiden聚类过程中会有以下报错：如果需要、生信热点、自测数据辅导、，欢迎联系客服微信[如果把代码和运行日志提交给AI，那你收获到的回答是：这个报错发生在inferCNV进行Leiden聚类前的“计算近邻图”步骤，核心问题是NA，导致邻接矩阵的索引分配失败。这不是你的数据原本有缺失，而很可能是计算过程中的数值问题。为了高效定位和解决，请按以下顺序进行检查。
2025-12-17 12:00:00
591
原创 ggsci，搞定你的SCI绘图配色
这一配色由GSEA GenePattern (https://www.genepattern.org/)[https://www.genepattern.org/]启发而来。D3是一个依赖java的可视化库:https://d3js.org/也能提供优秀的配色方案，感兴趣的同学可以试一试。调整图片的色系，若需要在其它可视化软件中使用。前段时间分析数据绘图时总为选图片的。而烦恼，经人提醒学习了一手。，看看自己是否需要跟我们。的形式生成rgb颜色调用。
2025-12-15 12:00:00
844
原创 人工智能药学大会现场
如题，生信基地的小伙伴前两天参加了场学术会议，简单记录一下此次参会的收获。人工智能如何重塑药物研发的未来？智能药学将如何推动医药产业转型升级？是加速进程还是改变范式？首先上午第一场报告由校长提出三个关乎医药产业发展的核心问题，指出新药研发的产出投入比逐年降低，全球范围内新药的出现几率越来越低，然后提出了人工智能在药物研发中的应用，并指出当前我国人工智能辅助药物研发技术远远落后于其他国家。他强调要推动人工智能、药学、生命科学和医学领域的专家联手形成新兴的智能药学交叉学科。
2025-12-13 13:01:17
803
原创 patchwork:正经生信人拼图谁用AI啊？
01写在前面最近画了几张热图，准备拿AI拼一拼（没错我就是那个不正经的生信人），无奈图片太大，AI读进去就卡的动不了，被迫只能用R语言拼图，不过patchwork用起来是真香，基本上你在R中可以完成数据分析到排出文章Figure的所有操作，大家可以感受一下。02教学视频大家可以先做一做，看看自己是否需要跟我们的课程。
2025-12-12 17:18:16
436
原创 Linux也可以有图形化界面，手把手教你链接X11远程桌面
X2Go采用压缩以及缓存技术缓解了远程桌面占用带宽导致操作卡顿的问题，而且其基于SSH加密技术，更加安全。X2Go支持的桌面系统非常多，如KDE、GNOME、LXDE、XFCE、MATE、UNITY等等，配置时需要依据自己安装的桌面系统进行选择。X2Go与上述部分桌面系统存在兼容性问题，有可能导致X2Go连接上去后闪退，实践下来，XFCE与X2Go搭配起来使用体验是最好的。Linux图形化界面的演进，充分体现了开源技术的包容性与适应性。
2025-12-11 17:49:57
1040
原创 空间转录组|多样本整合分析手册
正如所提到的，如果不同的实验室采用了不同的spot或RNA解离方案，数据中就可能出现明显的差异（例如，表达更多压力相关基因）。所以我们修订了《空间转录组数据多样本整合分析手册》，本次学习手册将教会你使用harmony去批次、Scanorama、Combat矫正、BBKNN矫正、深度学习模型等方式处理空间转录组多样本整合方法，当多个样本（来自不同个体、实验室或处理批次）被独立测序时，由于实验条件、试剂差异或组织处理方式的不同，可能会引入非生物学性的表达水平变异。（2）方法特性 (Features)
2025-12-10 17:14:35
912
原创 单细胞组学当下面临哪些计算挑战？
本次分享的是《Science China Life Sciences》（IF=8.0）“Advances and applications in single-cell and spatial genomics”DOI: 10.1007/s11427-024-2770-x链接：https://link.springer.com/article/10.1007/s11427-024-2770-x因内容较长，本期内容将分章节推送，带您逐步深入了解单细胞和空间基因组学的进展与应用(点击蓝字可跳转合集)。人体是一个
2025-12-04 14:56:54
1099
原创 ggplot图片主题 复用与保存
1.1 R 下载与安装1.1.2 R的帮助函数1.1.3 用于管理R工作区的函数1.2 包（Packages)1.2.1 包的基本函数1.2.2 包处理大型数据集的示例展示。
2025-12-01 10:44:04
775
原创 T Cell注释神器,《Nature Methods》发布T-CellAnnoTator，搞定你的TCell！
转录组反映了多个基因表达程序GEPs的表达——这些共调控的基因模块反映了不同的生物功能，如细胞类型、激活状态、生命周期过程或外部刺激反应。例如，多个亚群的增殖T细胞可能聚集在一起，掩盖它们的亚群。与主成分分析（PCA）不同，NMF成分对应于生物学上可解释的GEPs，反映细胞类型和功能状态，这些都对转录组有叠加性贡献.基于成分的方法产生GEP向量，作为跨数据集比较GEP活动的固定坐标系。作者提供的降维图，区分的不是很开，这也正式需要starCAT的意义，常规的降维分群很难区分这样的精细亚群。
2025-11-29 09:45:11
971
原创 《Nature》：什么能让博士生快乐——好导师
Nature》在2025年对全球3,700多名博士生进行了调查，全球范围内对自己博士生涯与导师关系满意的PhD占比约36%，让博士生“Happy”的最大因素大家都猜得到——
2025-11-27 08:27:53
417
原创 没时间参会？Biomamba现场报道
的概念切入，由浅入深，探讨人工智能的发展过程、应用领域（自然语言处理、多模态融合、大模型等），已经开发的产品（Med-PaLM2、盘古、百图生科等）以及未来可能面临的问题和困惑。该框架利用参考基因（Reference Genes, RGs）的表达模式作为“标尺”，结合最大调整卡方（MAC）统计量，旨在更公平、更准确地评估不同BEC方法的性能，尤其关注其在消除技术偏差的同时是否保留了真实的生物学变异，并能有效识别过度校正的风险。从郭教授团队的模型命名也让我感受到科学技术的发展和中国式浪漫的融合。
2025-11-26 11:00:00
614
原创 汤神近5年学术成果集锦
热点，并在单细胞分辨率下估计了它们在女性EGCs中的活性，揭示了单个生殖细胞中热点使用频率的高度变异性。对重组热点核小体定位和组蛋白修饰的进一步研究表明，与较少使用的热点相比，prdm9介导的开放染色质和侧翼H3K4me3在高频热点建立得更早。出乎意料的是，虽然重组热点通常分布在异染色质之外，但H3K9me3在女性的热点周围明显富集，形成了独特的H3K4me3/H3K9me3二价状态。2014年揭示人类植入前。汤富酬教授的研究不仅深化了对人类发育机制的理解，还为再生医学和癌症治疗提供了重要工具和技术支撑。
2025-11-25 11:00:00
1561
原创 Python入门自测题
1. 给定列表 my_list = ['A', 'B', 'C', 'D', 'E']，返回列表中索引为4的元素。现有字典 student = {'name': 'Alice', 'age': 20, 'city': 'NY'}- 2. 将列表中索引为1的元素修改为'X'，并在列表末尾添加一个新元素'F'，然后返回修改后列表的长度。- 1.命名变量a为5，命名变量b为2.0，命名变量c为"Biomamba"字典 data = {'a': 1, 'b': 2, 'c': 3}
2025-11-24 10:39:15
549
原创 如何监控内存占用并自动发送邮件提醒
开启自己的邮件发送功能，这样就可以通过调试以下脚本，完成内存监控与警告邮件发送。下文的CONFIG记得按照自己的需求修改。中曾介绍过，CPU无法直接读取或操作存储在硬盘中的数据，需要通过内存条将磁盘中的数据读取之后，才能够与CPU发生交互并启动实质性的计算环节。Linux设计之初，就是为了打造一种多用户系统，其核心优势在于"资源共享与隔离的平衡"—— 既允许硬件资源高效复用，又能通过权限与配额机制保障每个用户 / 任务的独立性。相较于CPU占用而言，内存的溢出对大家的分析往往会造成致命影响。
2025-11-22 10:30:00
723
原创 Linux| 命令行与与基本命令
不要再说我的链接失效啦，我也不知道为啥腾讯和百度云不对付，微信页面或腾讯浏览器时常打不开百度云链接，链接最好在谷歌浏览器中打开，真的失效了再提醒客服更换链接哦。也可以自己看一看书，整体上手还是比较容易的。文末我也给大家列了其他一些参考书，都是不错的学习资料。中与大家开展Linux的学习了，为了更好的给大家做教程，我也买了几本书翻了翻，以后应该就主要。没有书的同学也没关系，我们每节课会在推送里。给大家做讲解，大家如果觉得我。从今天开始就要正式的在。
2025-11-21 09:22:40
322
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