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RSS订阅原创 CellChat之no slot of name “images” for this object of class “CellChat”
在使用CellChat进行细胞间通讯分析时，遇到错误提示"no slot of name 'images' for this object of class 'CellChat'"。该问题是由于CellChat版本不兼容导致的。解决方案是：首先使用updateCellChat()函数分别更新cellchat.NL和cellchat.LS两个对象，然后通过mergeCellChat()合并更新后的对象列表。这种方法可以解决因版本差异导致的数据结构不匹配问题，顺利完成分析流程。
2026-07-18 14:34:51
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原创 《NC》|单细胞与空间转录组分析揭示鼻咽癌中与肿瘤进展、免疫治疗响应相关的三级淋巴结构
该研究通过单细胞和空间转录组技术揭示了鼻咽癌中三级淋巴结构（TLS）的细胞组成与功能机制。研究发现，TLS由CXCL13+成纤维细胞、B细胞和CD8+ T细胞等构成，形成免疫激活微环境。浆细胞通过抗体依赖性细胞毒性清除EBV阳性肿瘤细胞，与良好预后和免疫治疗响应相关。此外，CXCL13+癌症相关成纤维细胞（CAF）通过趋化因子和黏附分子介导B细胞招募与滞留，促进体液免疫应答。研究还发现，TLS中的CXCL13+ CD8+ T细胞具有干细胞样特性，可作为效应T细胞前体库。
2026-07-17 17:55:53
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原创 《Nature Medicine》发布AI模型COMPASS——直接预测癌症及治疗方案下的免疫治疗结果
本次分享的是发布于《Nature Medicine》（IF=52.1）的文章，感兴趣的同学可以看看原文：“Generalizable AI predicts immunotherapyoutcomes across cancers and treatments”
2026-07-16 17:10:26
259
原创 CellChat之figure margins too large
在RStudio中使用CellChat进行下游可视化分析时，运行netVisual_individual()函数可能遇到"Error in plot.new() : figure margins too large"错误。这是由于生成的网络图元素较多，需要较大的画幅空间，而当前绘图窗口太小所致。解决方法是将RStudio的plot窗口手动拉大，为图形提供足够的显示空间，然后重新运行代码即可正常显示复杂的细胞通讯网络图。
2026-07-15 09:35:05
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原创 特发性肺纤维化病灶微环境的空间转录组图谱
本研究结合空间转录组（Visium/Xenium）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，系统分析了特发性肺纤维化（IPF）患者肺组织的病理特征，鉴定出三种疾病特异性生态位：纤维化生态位（肌成纤维细胞与异常基底样细胞）、气道巨噬细胞生态位（SPP1⁺巨噬细胞）和免疫生态位（淋巴样细胞聚集）。通过多组学整合与高分辨率原位验证，揭示了这些生态位的空间分布及细胞间互作网络，为靶向治疗提供了新思路。该研究不仅弥补了单细胞测序丢失空间信息的缺陷，还为开发体外模型和精准干预策略奠定了基础。
2026-07-14 17:14:58
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原创 《Nature Genetics》一作交流机会，18:00直播
浙江大学沈宁课题组在《Nature Genetics》发表综述，系统回顾了AI驱动的RNA剪接预测算法发展历程。文章指出，从传统统计模型到深度学习和大语言模型，剪接预测精度显著提升，但仍面临组织特异性、突变效应预测等挑战。研究强调，剪接预测需与实验验证结合，在疾病诊断和靶向治疗（如ASO药物设计）中具有重要价值。未来方向应注重多模态数据整合与模型可解释性，而非单纯扩大模型规模。该综述为计算生物学和精准医学研究提供了重要参考。
2026-07-14 16:12:55
337
原创 单细胞分数据挖掘分NC，解析髓系细胞与肿瘤预后关联
本文发表于《Nature Communications》（IF=15.7），题为《Single-cell resolution characterization of myeloid-derived cell states with implication in cancer outcome》。研究通过整合13个单细胞转录组数据集（392,204个细胞），构建了首个跨7种实体瘤的髓系细胞（MDCs）单细胞图谱，系统解析了其在肿瘤免疫微环境中的异质性。
2026-07-13 16:11:36
451
原创 保姆级教空间转录组分析| 04. Seurat空转必备基础
【空间转录组Seurat分析手册摘要】本教程系统介绍基于Seurat的Visium空间转录组数据分析流程，涵盖标准化、基因表达可视化、降维聚类等基础操作，以及单细胞数据整合等进阶内容。课程配套15集视频（B站/视频号/小红书/抖音多平台同步），提供完整学习资料包。空间转录组技术通过保留组织空间位置信息，解决了传统测序丢失空间异质性的痛点，在神经科学、肿瘤微环境等领域具有重要应用价值。教程适合有单细胞分析基础的用户快速迁移学习，持续更新内容包括Giotto分析等拓展内容。
2026-07-12 17:23:24
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原创 scRNA-seq+染色= 《NC》：甲状腺乳头状癌发生与进展过程中肿瘤微环境
*在过去四十年间，美国甲状腺癌发病率以每年 3% 的速度增长，这一增长主要由甲状腺乳头状癌（PTC）推动。多数 PTC 临床进程温和，但部分患者确诊时已出现局部区域甚至远处转移。对于复发或转移病例，手术、放射性碘（RAI）消融与促甲状腺激素（TSH）抑制的联合治疗虽能让多数患者获得良好预后，然而仍有部分患者会发展为 RAI 难治性（RAIR）状态，甚至死于该疾病，这类患者可能需要分子靶向抑制剂和免疫治疗等替代方案。此前，
2026-07-11 14:56:49
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原创 浙江大学良渚实验室沈宁团队系统综述从统计模型到基因组大模型：AI 可变剪接预测的进展与挑战
浙江大学良渚实验室沈宁课题组在《Nature Genetics》发表综述，系统回顾了AI驱动的RNA剪接预测算法发展历程，从早期的统计模型到当前的深度学习与基因组大模型。文章重点分析了算法设计中的关键维度，包括训练数据规模、模型结构、预测输出分辨率等，揭示了可变剪接预测正从局部规则向长序列建模、组织特异性预测进阶的转变趋势。随着模型能力的提升，剪接预测算法在临床变异注释、疾病机制研究和靶向治疗设计中展现出重要应用价值。该综述不仅梳理了技术发展脉络，更从算法设计角度深入探讨了不同模型的优劣与适用场景。
2026-07-11 14:28:40
627
原创 单细胞甲基化| 绪论+SeekSoulMethyl定量
本文介绍了单细胞甲基化分析课程的内容和资源。课程从基础定量分析到进阶功能挖掘，涵盖甲基化与转录组数据整合、CNV推断等关键环节。课程提供免费服务器(4核32GB)和预装镜像，支持Shell和Nextflow两种分析流程，详细讲解参数配置和常见问题排查。配套资源包括Linux/R/Python编程课程、交流群及253GB课程资料下载。内容面向初学者，手把手教学单细胞甲基化分析全流程。
2026-07-10 16:04:19
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原创 一个视频告诉你，AI时代的生信分析为什么要用服务器
本文系统阐述了在生物信息学分析中使用服务器的十大优势，包括接入AI Agent、高配置性能、高性价比、24小时不间断运行、高速网络、专业技术支持、可靠数据存储、原生Linux环境、开箱即用的分析环境和丰富的增值服务。文章还介绍了服务器产品信息，并提供了详细的免费服务器领取流程，帮助生信研究人员高效、稳定地完成数据分析工作。
2026-07-09 14:35:14
243
原创 纯生信分析≠灌水！这些无实验文章纯生信照样冲高分！
如今不少生信研究者焦虑纯生信难发高分、仅数据库挖掘缺乏科研价值。本文结合 10 篇 2026 年 IF 11.3-47.3 高分纯生信文献拆解创新思路，证明纯生信仍有较高发文潜力。这些研究均依托单细胞、空间、多组学联合分析，覆盖肿瘤、免疫、神经、合成生物学等领域，结合临床样本数据解析细胞互作、致病分子、克隆演化与预后标志物，配套功能验证挖掘治疗靶点，为生信文章冲击高分期刊提供成熟创新范式。
2026-07-08 15:22:47
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原创 生信基地怎么会跑路呢
生信基地团队宣布，即使微信公众号关停，也将通过B站、抖音、小红书、知乎、CSDN等多平台持续输出优质生信科研内容。团队成立6年，原创内容超1500篇，拥有线下办公场地（南京江宁区）和70+套生信资料手册，涵盖单细胞测序、空间转录组、AI蛋白质设计等前沿领域。创始人Biomamba博士毕业，发表多篇SCI论文，团队由985/211硕博组成。现推出终身订阅服务（1999元），用户可永久获得每年更新的生信教程，资料包含完整代码与测试文件。团队承诺长期运营，支持对公转账，详情咨询客服
2026-07-07 15:25:12
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原创 TCGA与单细胞数据的解卷积生存分析与预后分析套路合集
Bulk转录组与单细胞RNA测序联合分析教程 本教程提供了一套整合Bulk RNA-seq与scRNA-seq数据的分析方法，重点结合TCGA临床数据与单细胞分辨率进行生存分析。主要内容包括： 数据准备：TCGA-LIHC数据集处理与单细胞Seurat对象整合 Bulk数据分析：单基因/多基因/临床变量的生存分析（KM和Cox回归） 联合分析方法： 使用BayesPrism进行反卷积，预测Bulk样本的细胞组成并分析其预后意义 应用Scissor工具将临床表型映射到单细胞数据，识别与预后相关的细胞亚群
2026-07-06 15:39:41
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原创 基于scRNA解析HNSCC肿瘤免疫微环境中Tfh、Th17细胞浸润的预后价值
本研究通过单细胞RNA测序技术解析了头颈鳞状细胞癌（HNSCC）的肿瘤免疫微环境特征，鉴定了7个核心细胞群体，发现上皮细胞通过趋化因子招募免疫细胞浸润，肿瘤相关成纤维细胞和内皮细胞具有促瘤与免疫调节双重功能。研究突破了传统M1/M2巨噬细胞二分法，并首次证实滤泡辅助T细胞（Tfh）和Th17细胞是HNSCC患者的独立预后保护因子。该研究为理解HNSCC肿瘤生态系统提供了单细胞水平的认知，揭示了非免疫细胞的免疫调控功能，为预后评估提供了新标志物，但结论需更大样本验证。
2026-07-05 15:41:48
219
原创 最新《Cell》：你还在用大模型改代码的时候，我已经在用AI设计CAR-T了
AI驱动发现跨癌种CAR-T疗法新靶点GPNMB 《Cell》最新研究利用AI技术突破CAR-T疗法瓶颈，通过整合单细胞测序数据与多模态生物信息库，结合ChatGPT-4o等大语言模型系统性筛选，鉴定出糖蛋白GPNMB作为跨血液瘤和实体瘤（如黑色素瘤、结直肠癌）的通用靶点。实验验证显示，GPNMB CAR-T在白血病和多种实体瘤模型中均实现强效杀伤且安全性良好。该研究创新性地建立了AI辅助靶点发现范式，为CAR-T疗法向实体瘤拓展提供新策略，但临床转化仍需优化微环境适应性。
2026-07-04 16:03:31
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原创 FindNeighbors()函数报错object ‘CsparseMatrix_validate’ not found
摘要： 本文针对使用Seurat包时出现的"object 'CsparseMatrix_validate' not found"报错问题进行分析。该问题主要源于Matrix包版本不兼容，尤其在Seurat 4.2.2及以上版本中易出现。解决方法是通过指定镜像源安装特定版本Matrix包（Matrix_1.5-3），重新加载后即可解决。文章推荐使用预配置的单细胞分析环境来避免类似兼容性问题，并提供了详细的操作代码和参考链接。该问题曾在前期的读者问答栏目中有过记录，本次为再次整理说明。
2026-07-03 16:46:11
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原创 正刊都在用的AI驱动蛋白质从头设计流程：RFdiffusion+ProteinMPNN+AlphaFold3
本文介绍了AI驱动的蛋白质从头设计（de novo design）技术，重点演示了RFdiffusion、ProteinMPNN和AlphaFold三个关键工具的组合应用流程。传统蛋白质设计依赖实验筛选和改造，而新方法通过"造骨架（RFdiffusion）-填序列（ProteinMPNN）-验结构（AlphaFold）"的标准化计算流程，实现了从零设计全新功能蛋白的能力。文章包含理论基础、软件部署指南和实战案例，特别展示了如何设计靶向结合蛋白。教程以HTML手册形式提供
2026-07-02 18:31:15
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原创 scMetabolism单细胞代谢分析(人+小鼠)
scMetabolism是一个用于单细胞转录组代谢通路活性分析的R包，支持KEGG和Reactome代谢通路评估，提供多种评分算法（VISION、AUCell、ssGSEA、GSVA）。该工具可分析不同细胞群的代谢异质性，适用于肿瘤代谢重编程等研究。文章详细介绍了安装方法（需解决macOS依赖问题）和人类样本分析流程，包括数据预处理、代谢评分计算及可视化（点图展示差异通路）。分析结果以矩阵形式保存，支持后续统计比较。
2026-07-02 15:09:24
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原创 Ai驱动结合蛋白设计：Bindcraft全流程教学
BindCraft是一款由洛桑联邦理工学院开发的蛋白质结合剂设计软件，通过结合AlphaFold2反向传播与深度学习优化，显著提升了蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）靶向设计的成功率。其核心流程包括：动态诱导契合的初始结构生成、可溶性优化的序列重构，以及跨模型正交验证，确保设计出的结合剂兼具高亲和力与可表达性。该工具自动化程度高，降低了传统计算工具的使用门槛，并支持靶向复杂治疗靶点，如细胞表面受体和基因递送载体。教程提供详细安装指南、使用方法和实例分析，适合生物医药与计算生物学研究人员。
2026-07-01 13:33:52
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原创 来了！空间转录组代码秘籍鼠标垫
Biomamba生信基地推出空间转录组主题鼠标垫，参与过相关课程的用户可免费领取。同时提供多门生信培训课程，包括R/Python编程入门、单细胞测序基础与进阶专题、空间转录组全程班等，课程含回放与答疑服务。另设有理论自测题帮助学员检验学习成果，详情可联系客服咨询。
2026-07-01 13:24:35
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原创 结构可视化还在用PyMOL？顶刊都在用ChimeraX了
近年来，UCSF ChimeraX凭借其现代化图形渲染、高效处理大型结构的能力以及丰富的可视化功能，逐渐取代PyMOL成为结构生物学研究中的主流可视化工具。本文介绍了ChimeraX的安装、界面组成、操作逻辑（如视角调整、选择方式）及基础命令，并通过PD1受体案例演示了从结构导入、表面渲染到图像导出的完整流程。相较于传统工具，ChimeraX在材质、光照和自动化脚本方面表现更优，适用于高水平期刊的绘图需求，后续还将推出复刻顶刊结构图的进阶教程。
2026-06-30 17:19:04
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原创 图谱类文章还能发《Clinical Cancer Research》？人类喉部正常、癌前及肿瘤发生状态解析
本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）构建了人喉部正常、癌前及肿瘤状态的综合图谱，揭示了喉鳞状细胞癌（LSCC）的分子机制及肿瘤微环境（TME）动态变化。研究发现，LSCC免疫微环境丰富，而上皮细胞异质性及拷贝数变异（CNV）水平显著增加。癌前病变（VCL）中部分样本已表现出与LSCC相似的恶性特征，提示潜在转化风险。T细胞和B细胞分析显示LSCC中免疫抑制性调节性T细胞（Tregs）和Bregs富集，促进免疫逃逸。
2026-06-29 16:37:11
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原创 踩坑实录，Numbat进行拷贝数变异分析碰到的三大Error
本文介绍了使用Numbat工具进行单细胞CNV检测时遇到的三大问题及解决方案。主要包括：1) R包optparse的路径问题，通过检查环境变量解决；2) cellsnp-lite软件安装和权限问题，通过conda安装解决；3) Eagle软件版本不匹配问题，通过下载新版本并配置环境变量解决。文章提供了详细的命令行操作步骤，帮助用户顺利完成Numbat分析流程的配置，适用于多发性骨髓瘤等多种癌症类型的单细胞CNV检测。
2026-06-28 17:47:39
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原创 Nature Cancer | Siglec-9：胶质母细胞瘤巨噬细胞新型免疫检查点，抑制 T 细胞活化并介导免疫治疗抵抗
《Nature Cancer》2023年研究揭示，胶质母细胞瘤(GBM)对免疫检查点阻断(ICB)疗法的耐药性与肿瘤相关巨噬细胞(TAM)亚群SIGLEC9+密切相关。通过单细胞与空间转录组分析，研究发现该亚群在ICB无应答患者中特异性富集，具有免疫抑制特性。小鼠模型证实，靶向其同源分子Siglec-E可增强T细胞抗肿瘤反应并改善ICB疗效。机制上，Siglec-E通过抑制巨噬细胞活化及T细胞招募/激活维持免疫抑制微环境。
2026-06-27 16:35:41
353
原创 视频回放来了，《Nature》一作分享+答疑
徐颖茜教授团队在《Nature》发表的研究揭示了蛋白酶体-血红素-BACH2信号轴调控T细胞耗竭的新机制。研究发现，耗竭T细胞中线粒体蛋白被选择性降解，释放血红素入核后降解转录因子BACH2，促进T细胞耗竭。创新性地，该研究指出调控血红素亚细胞定位（而非总量）是关键，并证明短期蛋白酶体抑制剂处理可增强CAR-T细胞抗肿瘤效果。这项工作为改善T细胞免疫疗法提供了新靶点，特别是通过靶向血红素核转运来维持T细胞干性与效应功能的平衡。
2026-06-26 16:28:08
248
原创 monocle2可以说是报错之王，ordercell()与igraph的版本问题
摘要： 本文针对monocle2在拟时序分析中常见的orderCells函数版本兼容性问题提供了解决方案。主要问题源于monocle2版本（如2.21.1）与igraph版本（≥2.1.0）的冲突。解决方法包括：1) 安装指定版本monocle2或修改源码；2) 降级igraph至2.1.0以下；3) 使用预配置的Biomamba单细胞分析环境（含兼容版本）。推荐结合《scRNA-seq数据分析小白全程班》使用优化环境，避免兼容性问题。文中附相关教程链接（四种轨迹分析方法及历史问题解答）。
2026-06-25 18:09:25
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原创 这篇《Nature》解析了五个物种，告诉你为什么单细胞会有不同的细胞类型
《Nature》最新研究通过比较五种脊索动物（人、小鼠、蜥蜴、七鳃鳗、文昌鱼）的单细胞转录组数据，揭示了全基因组复制（WGD）对脊椎动物脑细胞类型演化的关键作用。研究发现脊椎动物脑细胞类型数量显著多于近亲物种，且首次WGD事件产生的同源基因（ohnologues）通过剂量选择和亚功能化驱动了细胞类型分化。跨物种分析显示，脊椎动物存在大量保守核心转录因子调控的细胞类型家族，而文昌鱼缺乏对应同源类型。研究通过祖先细胞状态重构和实验验证，阐明了WGD同源基因在早期细胞类型分化中的核心作用
2026-06-24 16:17:48
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原创 单细胞NMF非负矩阵分解降维及亚群分析应用
NMF非负矩阵分解是一种广泛应用于单细胞转录组和空间转录组数据的降维技术，可将高维表达矩阵分解为基因模块（W）和细胞活性（H）两个非负矩阵。最新开发的GeneNMF工具包优化了该技术在单细胞数据分析中的应用，支持降维、共表达模块识别和批次效应处理。文章通过PBMC和基底细胞癌案例展示了NMF在识别肿瘤异质性、亚群细分等方面的价值，配套提供详细教程和数据分析流程。该方法特别适合保留肿瘤样本的真实生物学变异，避免过度校正技术噪音。
2026-06-23 18:26:54
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原创 趁着暑假拿捏单细胞，带着分析技能入组
Biomamba团队推出2026年《R语言单细胞数据分析全程班》，包含103小时系统教学，涵盖220个高清视频(398.13GB)。课程专为零基础学员设计，包含： R语言/Linux基础 单细胞基础分析 进阶可视化与质控 轨迹分析/细胞通讯 基因共表达网络 拷贝数变异分析 文献复现 学员可获得： 3年课程答疑与回放 单细胞分析镜像和服务器使用权 5865个分析文件资源包 课程已获50万+播放量，帮助学员掌握百余种单细胞图表绘制。提供详细学习手册和配套资料，适合硕博生系统学习单细胞分析技能
2026-06-22 16:45:47
239
原创 解决SCEVAN拷贝数变异分析的ragg依赖问题
摘要：在单细胞RNA测序分析工具SCEVAN的使用过程中，常因缺少ragg包导致报错"Graphics API version mismatch"。解决方法是通过RStudio安装该包（install.packages("ragg")），若因权限问题失败，可在Linux终端使用管理员权限（sudo）安装，并确保版本≥1.4.0。SCEVAN能自动区分肿瘤微环境中的恶性/非恶性细胞并进行克隆分析，适用于如胶质母细胞瘤数据集（GSE131928）的CNV研究。
2026-06-21 18:01:09
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原创 《Immunity》 ：慢性炎症鼻上皮的多尺度转录组学揭示了鼻息肉形成中的免疫-上皮动态及组织重塑
本研究通过单细胞和空间转录组学技术，系统解析了慢性鼻窦炎伴鼻息肉(CRSwNP)的免疫微环境特征。研究发现： 免疫微环境特征：CRSwNP组织中Th2细胞、调节性T细胞和M2型巨噬细胞显著富集，通过CCL13/CCL18轴介导嗜酸性粒细胞募集。 上皮细胞变化：簇状细胞在CRSwNP中密度增加，与Th2细胞形成正反馈环路；基底细胞分化为"免疫重塑"表型，受KLF4转录因子调控。 治疗靶点验证：抗IL-4/IL-13治疗(Dupilumab)可逆转基底细胞的"免疫重塑"分化轨迹
2026-06-20 17:20:01
223
原创 我们是否还需要一个python的ggplot2?
本文介绍了Python生态中实现R语言ggplot2绘图语法的两种方案：plotnine和ggplot2-python项目。重点分析了后者通过移植R的底层图形栈（grid/gtable/scales）到Python，首次在Python中实现了与R同构的图形语法分层抽象。文章对比了两种方案的技术差异，指出matplotlib缺乏R中grid包的抽象布局系统是plotnine的局限所在，而ggplot2-python通过重构底层架构，完整复现了Grammar of Graphics的核心概念。
2026-06-19 16:52:39
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原创 免疫逃逸《NC》复现：scRNA-seq揭示头颈癌早期转移过程(Python版本)
本文复现了《Nature Communications》上关于头颈癌免疫逃逸机制的研究，通过Python实现单细胞数据分析。研究利用scRNA-seq和scTCR-seq技术，揭示了肿瘤转移过程中AXL/AURK信号通路依赖的前转移细胞亚群，以及SOX4调控的CD8+ T细胞功能衰竭机制。复现内容包括数据下载、细胞注释、CNV分析、拟时序轨迹分析和细胞互作等关键步骤，提供了完整的Python代码和可视化结果。该工作不仅验证了原文发现，还展示了Python在单细胞分析中的强大应用，为相关研究提供了可复现的分析
2026-06-18 17:47:03
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原创 一台服务器租给几十个人确实太多了！
西柚云服务器提供高性能计算资源，采用2TB内存、160核配置的32台服务器集群，支持用户自由迁移。与传统共享服务器不同，西柚云为每个用户提供独立隔离环境，赋予root权限，确保数据安全和使用自由度。服务器资源充足，即买即用，并开放50个免费试用名额（32GB/128GB配置）。客服微信Biomamba_zhushou可咨询详情。
2026-06-17 14:03:10
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原创 618，当然是给粉丝们抽￥618现金红包啦！
Biomamba生信基地推出618年中狂欢活动，提供多项福利：618元现金红包抽奖、专属周边抽奖（U盘、胸包、鼠标垫、咖啡杯），所有生信课程、订阅服务和科研项目享8折优惠，服务器配置9折。特别推出终身订阅服务，现价1999元即可获取全部现有及未来更新的生信资料合集。活动涵盖单细胞测序、空间转录组、Python/R编程等热门课程，以及实验验证和科研服务。抽奖参与方式包括转发集赞、进群或任意消费，活动截止至6月18日18:00。详情可咨询客服[Biomamba_zhushou]。
2026-06-17 11:33:10
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原创 hdWGCNA绘制图形报错，可能当前设置的内存已经不能满足绘图
在进行hdWGCNA分析时，使用HubGeneNetworkPlot函数绘制基因网络图可能因内存不足报错。该报错提示全局变量大小超过默认限制（500MB），主要由于分析数据量较大。解决方法是通过调整R环境的内存限制参数，如将future.globals.maxSize设置为8GiB（根据实际内存情况调整），然后重新运行绘图函数。这适用于处理单细胞表达量矩阵等大规模数据时出现的内存问题。调整后即可成功绘制显示模块中心基因及其互作关系的网络图。
2026-06-16 15:47:42
248
原创 NC | 单细胞分析揭示头颈部癌早期转移过程中潜在的免疫逃逸机制(R语言版本)
本研究通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序技术，系统分析了14例HPV阴性头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）患者的原发灶和淋巴结转移灶样本。研究发现：（1）转移前癌细胞呈现EMT梯度化特征，筛选出AXL和AURKB等关键靶点，抑制剂可显著降低肿瘤侵袭能力；（2）CD8⁺T细胞存在两条功能异常轨迹，SOX4是介导T细胞耗竭的核心调控因子；（3）MDK通路是转移前细胞逃避免疫杀伤的关键机制，可削弱PD-1治疗效果。该研究为HNSCC的抗转移治疗和免疫联合治疗提供了新靶点。
2026-06-15 18:01:07
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原创 保姆级教空间转录组分析| 02. Visium介绍
（ST）和单细胞核转录组测序（snRNA-seq），利用空间转录组测序，将DLPFC划分成不同的层级，通过整合神经精神障碍基因集，最后发现与精神分裂症和自闭症谱系障碍相关基因在不同层级中丰富表达，这项研究提示空间位置对疾病研究的重要性。之后，我们正式推出第二个系列：《空间转录组保姆级教程》，本系列视频将为大家提供空间转录组测序数据分析的完备方案，本次内容基于Seurat进行空转数据分析基础操作的演示，最大限度的让我们学习。抖音：https://v.douyin.com/GJGmDLUluig/
2026-06-14 14:01:52
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