conda+jupyter安装过程及注意事项

conda 安装（服务器）

服务器下载

• 把conda（miniconda）下载至本地，再上传至服务器

  • miniconda
  • [conda]

• 直接用wget命令下载至服务器

  wget -c  https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-4.4.10-Linux-x86.sh
  

• 清华/科大镜像源(解决下载慢问题)

conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

conda config --set show_channel_urls yes

#Conda 附加库: Conda Forge
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

 #Conda 附加库: msys2
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/

 #Conda 附加库: bioconda
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

 #Conda 附加库: menpo
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/menpo/

服务器命令

• 安装
  bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
• 删除安装包
  rm Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
• 添加路径
  echo 'export PATH="/home/manager/miniconda3/bin:$PATH"' >> ~/.bashrc

问题

1. conda: command not found
   原因：conda路径未修改
   解决：
   vim ~/.bashrc export PATH=$PATH:/home/username/anaconda3/bin source ~/.bashrc

2. you may need to close and restart you shell after runing ‘conda init’(重新激活)

   • 重新进入虚拟环境
     source activate
   • 退出虚拟环境
     conda deactivate

conda安装新环境（python为例）

• 新建环境
  conda create -n 环境名 -python=X.X
• 问题
  1. conda权限不够
     chmod -R 777 conda name
  2. 服务器网速问题

conda 安装jupyter

参考链接

安装/配置

conda install jupyter
jupyter notebook --generate-config
vim jupyter notebook --generate-config
修改配置(端口号、root权限等

jupyter notebook
打开浏览器访问
http://ip:端口号
问题

1. 当jupyter因为用户权限出现问题时，找到jupyter的位置，配置环境变量，用以下命令后台执行
   sudo nohup /home/leedan/miniconda3/bin/jupyter-notebook --allow-root &

jupyter添加新的kernel/虚拟环境

查看conda中存在的虚拟环境
conda info -e
进入想要使用的虚拟环境
conda activate 环境名
安装ipykernel包
conda install ipykernel
将conda环境卸乳kernel中

1. python -m ipykernel install --user --name 环境名 --display-name "显示名"
2. /home/leedan/miniconda3/envs/python3.6/bin/python -m ipykernel install --name python3.6