单细胞
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学海溺子
这个作者很懒,什么都没留下…
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单细胞测序数据整合(Seurat V4.0) vignettes
Introduction to scRNA-seq integration • Seurathttps://satijalab.org/seurat/articles/integration_introduction.htmlIntroduction to scRNA-seq integrationCompiled: January 11, 2022Source: vignettes/integration_introduction.Rmd基于R seurat v4.0的内置整合数据方法的R原创 2022-05-01 22:54:18 · 4468 阅读 · 4 评论 -
单细胞数据挖掘 P 3.1 QC以及细胞周期判断
「生信技能树」单细胞数据挖掘_哔哩哔哩_bilibilihttps://www.bilibili.com/video/BV1pa4y1s76J?p=10P3.1 QC空细胞及重复细胞质控以及细胞周期判断空细胞质控load("scRNA.Rdata")library(Seurat)##1、detect special cells----# empty droplet# BiocManager::install("DropletUtils")library(DropletUtils)e原创 2022-04-15 00:47:28 · 1364 阅读 · 0 评论 -
【单细胞分析】P2.5、聚类,筛选marker基因,可视化
「生信技能树」单细胞数据挖掘_哔哩哔哩_bilibilihttps://www.bilibili.com/video/BV1pa4y1s76J?p=8 #5.1 聚类 pc.num=1:20 #基于PCA数据 scRNA <- FindNeighbors(scRNA, dims = pc.num) # dims参数,需要指定哪些pc轴用于分析;这里利用上面的分析,选择20 scRNA <- FindClusters(scRNA, resolution = 0.5)原创 2022-04-14 18:38:00 · 4804 阅读 · 1 评论 -
单细胞数据挖掘 P2.4、降维,PCA分析,可视化
「生信技能树」单细胞数据挖掘_哔哩哔哩_bilibilihttps://www.bilibili.com/video/BV1pa4y1s76J?p=7&spm_id_from=pageDriver4、降维,PCA分析,可视化这里主要需要使用scRNA的矩阵,不需要其他的sce,因此先清空内存,释放算力。load("For_PCA.Rdata") ### 4、降维,PCA分析,可视化---- sessionInfo() #先进行归一化(正态分布) scRNA <- Sc原创 2022-04-13 00:51:15 · 2550 阅读 · 0 评论 -
单细胞数据挖掘 P2.3 挑选hvg基因,可视化
「生信技能树」单细胞数据挖掘_哔哩哔哩_bilibili生信技能树又一单细胞系列课程上线啦~小伙伴们快来学习呀https://www.bilibili.com/video/BV1pa4y1s76J?p=6一、构建hvg并查看是否有MT/ERCC基因混杂情况hvg基因为高变化基因,即在各个样本中,表达量差异最为明显的基因。#highly Variable gene:简单理解sd大的 scRNA <- FindVariableFeatures(scRNA, selection.metho原创 2022-04-12 22:31:57 · 1295 阅读 · 0 评论 -
单细胞数据挖掘 P2.2 构建Seurat对象,质控、绘图
单细胞数据挖掘 P2.2 构建Seurat对象,质控、绘图「生信技能树」单细胞数据挖掘_哔哩哔哩_bilibili生信技能树又一单细胞系列课程上线啦~小伙伴们快来学习呀https://www.bilibili.com/video/BV1pa4y1s76J?p=5该章节承接P2.1单细胞课程一、筛选思路及方法# 2.1 构建seurat对象,质控 #In total, 2,343 cells from tumor cores were included in this analysis...原创 2022-04-12 00:30:28 · 3439 阅读 · 0 评论 -
单细胞测序下游分析 P 2.1 下载 探索 整理
「生信技能树」单细胞数据挖掘_哔哩哔哩_bilibilihttps://www.bilibili.com/video/BV1pa4y1s76J?p=4这部分主要是下载GEO数据后,进行数据特征的探索以及整理。原始代码可参见up主之前的上传github地址。GEO数据下载地址:GEO Accession viewer NCBI's Gene Expression Omnibus (GEO) is a public archive and resource for gene expression d原创 2022-04-11 00:25:54 · 831 阅读 · 2 评论 -
【生信技能树2020-10-31】单细胞数据挖掘学习笔记-1.1 下载、探索数据
生信技能树-单细胞数据挖掘学习笔记 2.1原创 2022-01-09 21:33:13 · 1697 阅读 · 0 评论