「生信技能树」单细胞数据挖掘_哔哩哔哩_bilibilihttps://www.bilibili.com/video/BV1pa4y1s76J?p=7&spm_id_from=pageDriverP 2.4、降维,PCA分析,可视化
这里主要需要使用scRNA的矩阵,不需要其他的sce,因此先清空内存,释放算力。
load("For_PCA.Rdata")
### 4、降维,PCA分析,可视化----
sessionInfo()
#先进行归一化(正态分布)
scRNA <- ScaleData(scRNA, features = (rownames(scRNA)))
#储存到"scale.data"的slot里
GetAssayData(scRNA,slot="scale.data",assay="RNA")[1:8,1:4]
#对比下原来的count矩阵
GetAssayData(scRNA,slot="counts",assa