单细胞数据挖掘 P2.4、降维,PCA分析,可视化

「生信技能树」单细胞数据挖掘_哔哩哔哩_bilibilihttps://www.bilibili.com/video/BV1pa4y1s76J?p=7&spm_id_from=pageDriverP 2.4、降维,PCA分析,可视化

这里主要需要使用scRNA的矩阵,不需要其他的sce,因此先清空内存,释放算力。

load("For_PCA.Rdata")
  ### 4、降维,PCA分析,可视化----
  sessionInfo()
  #先进行归一化(正态分布)
  scRNA <- ScaleData(scRNA, features = (rownames(scRNA)))
  #储存到"scale.data"的slot里
  GetAssayData(scRNA,slot="scale.data",assay="RNA")[1:8,1:4]
  #对比下原来的count矩阵
  GetAssayData(scRNA,slot="counts",assa
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