安装一个新的环境,包括torch以及gimmemotifs(生物信息一个包,具体功能还在了解中)
我的torch因为装gimmemotifs已经崩溃了(许多package之间的版本互相不兼容,基本没法用了,试了方法还原但还是没用。),所以这次先新建一个环境,装好gimme再装torch。
首先,删除环境的命令(记录用):
conda env list # 查看现存的环境
conda remove -n env_name --all # 删除环境
新建一个gimme环境
conda create -n gimme python=3.8
现在按照gimme官网的步骤,先安装mamba,再用mamba装gimmemotifs
conda activate gimme # 先进入gimme环境
# 安装mamba
conda config --add channels defaults
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
conda install -c conda-forge "conda>=4.12" "mamba>=0.27"
mamba install gimmemotifs # 装gimmemotifs
很可惜到这里我还在报错,原来不是因为之前torch里面已有的包与gimmemotifs不兼容,而是conda版本低于4.12……(更新conda这个方法我也试了,不行啊还是)
最后解决方法:
租了个服务器:
!pip install gimmemotifs # 在notebook里直接运行
successfully installed
Over!