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差异表达基因检测
文章平均质量分 60
weixin_50623033
这个作者很懒,什么都没留下…
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edgeR文库均一化详细过程
第一步:移除所有未转录的基因 以下面的虚拟测序数据为例,在这批数据中,有3个样本,每个样本有5个基因,如下所示:可以看到,Gene5在这3个样本中的reads数都是0,因此要把Gene 5去掉,如下所示:第二步:选择参考样本 我们需要在这组样本中,挑选出一个样本作为“参考样本”,然后使用这个样本来均一化其他的样本。如果在一个样本中只有一个基因的read数大于0,其他基因的read全是0,选择这个样本作为“参考样本”,会导致所有基因的reads数的均一化都只是...转载 2021-12-16 16:45:45 · 796 阅读 · 0 评论 -
【R】SCDE包的代码报错问题
利用scde包,运行官网的例子,在构建和计算模型时:# EVALUATION NOT NEEDED# calculate modelso.ifm <- scde.error.models(counts = cd, groups = sg, n.cores = 1, threshold.segmentation = TRUE, save.crossfit.plots = FALSE, save.model.plots = FALSE, verbose = 1)出现以下错误:erro.原创 2021-10-24 16:50:56 · 669 阅读 · 0 评论