【R】SCDE包的代码报错问题

利用scde包，运行官网的例子，在构建和计算模型时：

# EVALUATION NOT NEEDED
# calculate models
o.ifm <- scde.error.models(counts = cd, groups = sg, n.cores = 1, threshold.segmentation = TRUE, save.crossfit.plots = FALSE, save.model.plots = FALSE, verbose = 1)

 出现以下错误：

error info: Error in FUN(X[[i]],...):

trying to get slot "logLik' from an object of a basic class ("function) with no slo

解决方法如下：

1. 确保flexmix是2.3-13版本！！

如果不是2.3-13版本，需要重新下载2.3-13版本的flexmix程序包，安装代码如下：

library("devtools")

install_version("flexmix", version="2.3-13", repos="http://cran.us.r-project.org")

2.从github上安装最新版的scde

devtools::install_github('hms-dbmi/scde', build_vignettes=FALSE)

特别注意！！！！

在安装scde的过程中，会有一些依赖包的更新选项，一定要选择【3.none】，确保flexmix保持在2.3-13版本。

上述操作完成以后，最好再用

library("flexmix")
library("scde") 
sessionInfo() 

查看flexmix的版本号是否是2.3-13，防止意外出现版本号没换改到2.3-13的情况。如果flexmix的版本号确定是2.3-13了，那么运行代码时肯定不会出错，亲测有效！！！可以试试重新尝试运行官方代码，不会报错！！！