生物信息学导论 期末大作业

最新推荐文章于 2024-07-09 23:19:55 发布
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分类专栏： 课程设计 文章标签： python
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生物信息学导论 期末大作业

题目要求

  1. 根据训练集中的样本数据建立哺乳动物的分类模型，考察几种特征对分类的贡献，计算在测试集中的性能指标。

题目要求及训练集
测试集

部分实验结果

K近邻
K近邻特征贡献度

【注】 以下文档附完整代码、完整代码注释、实验结果图、原理图、报告文档。

链接: 程序下载.

黑夜的眼！
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专栏目录
生物信息学导论.rar
07-24
生物信息学导论期末大作业，有完整代码、代码注释、作业报告文档、原理图 作业题目：https://blog.csdn.net/weixin_50658090/article/details/119059649
生物信息学-作业：“生物信息学”课程的作业
02-12
生物信息学作业 我为生物信息学课程，尤其是基因组实验室的作业提供的解决方案。 每个文件夹均包含实验文本和Python建议的解决方案。 概要 实验室主题： 基因组数据的基本操作（随机FASTA文件生成器，统计提取，FASTA文件比较）和共识区域 使用动态编程进行全局和局部对齐 搜索单核苷酸多态性（SNP）及其缺失； 蛋白质编码基因的原始读取计数 T检验，用于差异基因表达分析； 使用基因表达数据的A型/ B型Luminal乳腺癌亚型分类器
生物信息学概论——聚类分析TCGA-BRCA数据.zip
07-05
利用R软件或其他数据分析语言，进行该数据的聚类分析。利用层次聚类，对该组数据样本按照基因表达水平进行聚类，看聚类效果如何。即是否能够按照基因表达水平，将病人进行分类。距离可以选择average。注，R中有相应的聚类函数，请利用并尽可能输出图示（如heatmap），表明你的结果。实现PCA，并利用你实现的PCA对该组数据的基因表达进行降维处理。请选择你认为合适的主成分数目，给出原因，再次对病人依据你给的特征进行聚类，并与1比较。 数据文件说明:GeneMatrix.txt：基因表达值文件，含有行名和列名，一行为一个基因，一列为一个病人clinical_data.txt：记录了病人的若干信息，每一行为一个病人，病人的编号和GeneMatrix.txt中的相同。GeneMatrix中病人只涵盖了这里的一部分，注意，在病人的若干描述中，有一项为ER_Status_nature2012，可以根据这个对病人进行分类，你可以按照这个分类标准，对你的聚类进行一定的评估，看结果是否符合预期。 参考：https://blog.csdn.net/newlw/article/details/124661950
HNU数据挖掘期末实验报告
Morr0w的博客
04-08 441
为了实现实验目标，我们使用了六个不同的数据集，包括基因列表、基因关系、基因特征和基因邻接网络。基因列表包含6375个基因，基因关系数据集Positive_LinkSL包含19667对基因关系及其置信分数，而特征数据集feature1_go和feature2_ppi包含128维的原始特征。同时读取基因的原始特征，构建图，将关系、置信分数和特征添加到图的边和节点中。基因关系（Positive_LinkSL.txt）：19667对基因关系，代表基因链节关系的正样本，包括源节点、目标节点和置信分数。
机器学习项目实战——10决策树算法之动物分类
weixin_45823221的博客
04-27 2082
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11-01
生物信息学作业.pdf
生物信息之多序列比对，进化树分析，保守位点分析
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序列下载与整理 网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene 下载fasta格式序列 输入你想查找的序列，比如Syp基因 进入基因详细信息页面 点击Genbank 如图所示可以下载到fasta格式的序列，注意这里下载的是基因或者蛋白质的全序列 假如你希望得到promoter的基因，可以在如图所示的位置输入起始位点和终止位点一般promoter的位点不确定，可以通过将起
信通导论期末大作业—基于JavaScript的健康早餐系统.zip
06-26
信通导论期末大作业—基于JavaScript的健康早餐系统，已获高分项目，也可做课程设计。 信通导论期末大作业—基于JavaScript的健康早餐系统，已获高分项目，也可做课程设计。信通导论期末大作业—基于JavaScript的...
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生物信息学算法导论英文版
08-05
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Java基础:爬虫
weixin_65752158的博客
07-04 1045
Pattern:表示正则表达式Matcher:文本匹配器，作用按照正则表达式的规则去读取字符串，从头开始读取。在大串中去找符合匹配规则的子串。通过Pattern p = Pattern.compile("正则表达式");获得 通过Matcher m = p.matcher(str);获得 (m要在str中找符合p规则的小串)其中, m为Matcher对象, p为正则表达式规则, str为要验证的字符串. boolean b = m.find(); 表示拿着文本匹配器从头开始读取，寻找是否有
pandas，dataframe使用笔记
分享计算机视觉，C++，嵌入式等知识。
07-05 486
dataframe属于pandas。
Python28-7.3 降维算法之多维缩放MDS
Argulo的博客
07-05 663
多维尺度分析（Multidimensional Scaling, MDS）是一种用于降维的统计技术，其目标是将高维数据嵌入到低维空间中，同时尽量保持原始数据中点与点之间的距离关系。MDS 的目标是将高维数据中的点嵌入到低维（通常是二维或三维）空间中，使得在低维空间中点之间的距离尽量接近原始高维空间中点之间的距离。这通过最小化一个损失函数（通常是应力函数）来实现，应力函数衡量的是原始距离和降维后距离之间的不一致性。：对原始数据中的距离或相似度进行非度量变换，以保留原始数据中的顺序信息，而不是精确的距离值。
已解决 javax.xml.transform.TransformerFactoryConfigurationError 异常的正确解决方法，亲测有效！！！
小明的Java问道之路
07-08 1432
已解决 javax.xml.transform.TransformerFactoryConfigurationError 异常的正确解决方法，亲测有效！！！
leetcode--验证二叉搜索树
最新发布
liulanba的博客
07-09 534
给你一个二叉树的根节点 root ，判断其是否是一个有效的二叉搜索树。有效 二叉搜索树定义如下：节点的左子树只包含 小于 当前节点的数。节点的右子树只包含 大于 当前节点的数。所有左子树和右子树自身必须也是二叉搜索树。示例 1：输入：root = [2,1,3]输出：true示例 2：输入：root = [5,1,4,null,null,3,6]输出：false解释：根节点的值是 5 ，但是右子节点的值是 4。提示：树中节点数目范围在[1, 104] 内。
Django学习第四天
qq_43580271的博客
07-04 476
UserEditModelForm类继承了BootStrapModelForm类的方法，BootStrapModelForm继承了forms.ModelForm的方法所以使用继承能够更好封装代码功能。ModelForm引入时间样式（自动生成了id为id_create_time)django自动帮我们把session功能定义好了，使用只需要这样一个语句。封装每部分的功能，拆分到每个模块中去。在html中增加属性的方法1。在html中增加属性的方法2。在html中增加属性的方法3。在用户列表页面使用分页功能。
生物信息学算法导论 solution
07-24
### 回答1： 生物信息学算法导论是一门研究如何利用算法和统计模型处理生物信息数据的学科，主要用于解决生物学上的问题。其解决方案可以从以下几个方面进行描述： 首先，生物信息学算法导论的解决方案可以包含对生物序列的分析和比较。通过建立合适的算法和模型，可以对DNA、RNA和蛋白质等生物序列进行测序、序列比对、基因组装和变异检测等分析工作，从而更好地理解生物体的遗传信息。 其次，生物信息学算法导论的解决方案还可以涉及到对生物网络和互作关系的研究。通过建立适当的算法和模型，可以分析生物体内的基因网络以及蛋白质之间的相互作用关系，从而揭示生物体内的信号传导、代谢通路和调控网络等重要信息。 此外，生物信息学算法导论的解决方案还可以应用于生物数据挖掘和大数据分析。通过应用机器学习、数据挖掘和统计学等方法，可以从大规模的生物数据集中挖掘出有价值的信息，并对生物进化、单细胞分析等问题进行深入研究。 最后，生物信息学算法导论的解决方案也可以涉及到生物数据库的构建和管理。通过设计合适的算法和模型，可以建立起适用于特定生物领域的数据库，并进行数据的存储、检索和分析，为生物学研究提供更好的支持。 总之，生物信息学算法导论的解决方案是在理论和实践中结合的结果，通过建立适当的算法和模型，应用于生物信息学研究领域，从而解决生物学上的问题，推动生物科学的发展。 ### 回答2： 生物信息学算法导论是一门研究生物信息学中各种算法的课程。在这门课程中，学生将学习到许多与生物学信息相关的算法，以解决各种生物学领域的问题。 在这门课程中，学生将学习到不同层次的算法，从基础的数据结构和算法开始，如字符串处理、图算法和动态规划等。然后，学生将应用这些算法来解决不同生物学问题，例如DNA序列比对、基因表达分析和蛋白质结构预测等。 生物信息学算法导论的课程目标是教会学生如何设计和分析生物学问题的算法，并教授他们如何实现和应用这些算法。通过这门课程，学生将了解不同类型的生物学数据以及常用的算法，以解决生物学中的实际问题。 该课程将涵盖以下几个主题： 1. DNA和蛋白质序列比对：学生将学习如何设计和实现算法来比对DNA和蛋白质序列，并了解序列比对的原理和应用。 2. 基因表达分析：学生将学习如何利用算法来分析基因表达数据，并了解如何识别不同基因在不同条件下的表达模式。 3. 蛋白质结构预测：学生将学习如何设计算法来预测蛋白质的三维结构，并了解蛋白质结构的重要性和相关的算法。 4. DNA测序与组装：学生将学习如何解决DNA测序和组装的算法问题，以及如何处理大规模的DNA测序数据。 通过学习生物信息学算法导论，学生将能够理解并应用生物信息学中的各种算法，为解决生物学中的实际问题提供有效的解决方案。这门课程将培养学生的算法设计和分析能力，并帮助他们在生物信息学领域取得突破性的研究成果。 ### 回答3： 生物信息学算法导论是一门研究生物领域中的信息学算法及其应用的课程。该课程主要包括了生物序列比对、基因组装、基因表达分析等多个方面的内容。 在生物序列比对方面，生物信息学算法导论介绍了一些常见的序列比对算法，如Smith-Waterman、Needleman-Wunsch和BLAST等。这些算法可以用于比对DNA序列、蛋白质序列等生物序列，从而找出它们之间的相似性和差异性。 在基因组装方面，生物信息学算法导论讨论了如何通过测序数据将碎片化的DNA序列组装成完整的基因组。这涉及到一些基因组装算法，如de Bruijn图、重叠图等。通过这些算法，可以提高基因组装的准确性和效率。 此外，生物信息学算法导论还介绍了基因表达分析领域中的一些关键算法。例如，差异表达基因的分析、基因网络的构建和功能预测等。这些算法可以用于深入理解基因的功能和相互作用，从而揭示生物体内的分子机制。 总之，生物信息学算法导论通过介绍多种信息学算法及其应用，旨在为生物学家和生物信息学研究者提供解决生物相关问题的工具和方法。通过学习这门课程，学生可以了解和掌握生物信息学领域中一些关键的算法和技术，为相关研究和应用提供支持。

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