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R语言
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【R语言】如何不优雅地修改10X数据文件名(
通过lapply()用Read10X( file.path(dir,pro)依次读入样本文件,样本文件夹会存入Seurat对象构建orig.ident。4.需要的数据:创建需要的正则表达式(用于转移文件),文件路径/改名需替代字符(用于文件改名)以GSE188545数据集为例,下载的每个GSM数据有三个文件,但命名并不规范,2.将每个GSM对应的三个文件移入对应文件夹。matrix.mtx:基因表达量信息。3.为每个文件夹的文件修改为标准名字。features.tsv:基因信息。原创 2024-03-07 00:36:03 · 329 阅读 · 0 评论 -
【学习记录】列联表检验、Kruskal-Wallis检验、Friedman检验
那么,在每个数据集上将算法从好到坏排名,得到算法在各个数据上的名次,如果有多个算法在同一数据集上性能相同,则平分名次,数据集d3中算法b和c的准确率相同,所以将2、3名平分给b和c,所以b和c的名次都是(2+3)/2=2.5。在大样本情况下:ni>5时,N越大,kw在零假设下近似服从自由度为(k-1)的卡方分布,此时KW 统计量可利用卡方分布进行检验(其中Ri为每组的秩和,Ni为每组的样本个数)。卡方统计量构造的核心思想是:理论频率和实际频率差异的加权平均,这个差异越小,表示独立性越好;原创 2023-12-19 18:25:51 · 3182 阅读 · 1 评论 -
【学习记录】隐马尔可夫模型预测习题
马尔可夫链(Markov chain):和中具有(Markov property)且存在于离散的指数集(index set)和(state space)内的即某随机变化的事物的状态,每次状态只取决于上一次。转移概率矩阵:在一次变化过程中各状态间的转移概率矩阵。比如在DNA复制中某一位点的碱基变换过程中,已知A-A,C-C,T-T,G-G的概率(不变),A-T,C-G(或反)的概率(转换),A-G,A-C,T-C,T-G(或反)的概率(颠换),这些变化概率在一定条件下都是固定的。原创 2023-12-19 18:00:01 · 965 阅读 · 1 评论 -
【学习记录-R】自编函数进行单因素方差分析(等容或不等容)
计算meanx,meanj,sse,ssb,dfe,dft,dfT(样本总均值,每个水平样本均值,误差项平方和,水平项平方和,误差项平方和的自由度,水平项平方和自由度)该图有错误,G/F的自由度写成了(dft,dfT),应该改为(dft,dfe),该图有错误,G/F的自由度写成了(dft,dfT),应该改为(dft,dfe)输入值为长数据,怎么将其分开计算每个水平样本均值:二重for循环。计算fx样本得来的观测值,(ssb/dft)/(sse/dfe)计算p值,pf(fx,df1,dft,dfe)原创 2023-06-04 16:11:21 · 203 阅读 · 0 评论 -
【学习记录-R】自编函数计算两正态总体均值差的区间估计
自编函数计算两正态总体均值差的区间估计原创 2023-05-07 17:42:59 · 315 阅读 · 0 评论 -
【学习记录-R】以U检验为例解释单/双侧检验
一个朴素的证伪过程原创 2023-05-01 03:01:24 · 218 阅读 · 0 评论 -
【学习记录-R】自编函数进行U检验和区间估计(单样本)
【学习记录-R】自编函数进行单双侧和检验区间估计(单样本)原创 2023-05-01 02:50:48 · 711 阅读 · 0 评论 -
【学习记录-R】牛顿迭代解非线性方程组及单个方程
R语言实现牛顿迭代解方程组及单个方程原创 2023-04-29 22:29:12 · 1346 阅读 · 0 评论