富集分析
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惊岁晚
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只有基因名,能做什么富集分析?
对于我这样的小白来说,芯片和转录组数据最常见的做法的取表达矩阵做差异分析获得logFC,标识change后取DEG再进行富集分析,但是随着学习的深入,还会有相关基因或其他目标基因需要进行富集分析,此时即使只有感兴趣的基因名,也是能做ORA富集分析的。原创 2024-03-07 00:14:02 · 973 阅读 · 0 评论 -
如何进行GSEA分析?
当我们设置好分组实验最后获得各组对基因的表达矩阵时,我们通常希望得到不同分组中具有差异表达的基因。如果进行常规差异分析,通过log2fc筛选差异基因,就是将筛选差异基因的标准聚集在单个基因的差异表达上。而实际上每个基因的差异表达造成的表型差异有所不同,有些基因虽然差异表达较小,但会造成较大的生理功能变化。并且生理功能通常是由一系列基因调控的,所以只将筛选标准聚集在单个基因差异表达上,可能会错过真正具有生物学含义的基因群差异。原创 2024-03-07 00:04:39 · 2300 阅读 · 0 评论