【R语言】如何不优雅地修改10X数据文件名(

标准10X数据读取

每个样本文件包括三个文件：

barcodes.tsv：细胞标记条码

features.tsv：基因信息

matrix.mtx：基因表达量信息

通过lapply()用Read10X( file.path(dir,pro)依次读入样本文件，样本文件夹会存入Seurat对象构建orig.ident

#读入存放所有样本文件夹的文件夹
dir="./filtered_feature_bc_matrix" 
samples=list.files( dir )
samples
​
sceList = lapply(samples,function(pro){ 
  print(pro) 
  counts =  Read10X( file.path(dir,pro))
  return(counts)
})
​
#为列名(barcodes)加上样本名
for (i in 1:length(sceList)) {
  col<-colnames(sceList[[i]])
  colnames(sceList[[i]])<-paste0(samples[i],"_",col)
}
​
#构建Seurat对象
merge <- do.call(cbind,sceList)
sce =CreateSeuratObject(counts = merge ,
                        min.cells = 5,
                        min.features = 300 )#常用参数：min.cells为组织中分离的最少细胞数，min.features为一个细胞中测出的最少的基因数量

原数据格式

以GSE188545数据集为例，下载的每个GSM数据有三个文件，但命名并不规范，

大概像这样：

GSM5685287_AD02MTG_barcodes.tsv.gz

GSM5685287_AD02MTG_genes.tsv.gz

GSM5685287_AD02MTG_matrix.mtx.gz

GSM5685288_AD12MTG_barcodes.tsv.gz

GSM5685288_AD12MTG_genes.tsv.gz

GSM5685288_AD12MTG_matrix.mtx.gz

修改思路

1.创建每个GSM数据的文件夹

2.将每个GSM对应的三个文件移入对应文件夹

3.为每个文件夹的文件修改为标准名字

4.需要的数据：创建需要的正则表达式（用于转移文件），文件路径/改名需替代字符（用于文件改名）

全程for循环解决

getwd()
# setwd("..")
setwd("./GSE188545_RAW")# 需要改动处1
# 1.创建样本子文件夹
x<-paste0("GSM56852",c(87:98))# 需要改动处2
l<-length(x)
for(i in 1:l){
  dir.create(x[i])
}
​
# 2.创建需要的正则表达式（用于转移文件），文件路径/改名需替代字符（用于文件改名）
v<-c()
y<-c()
d<-c()
t<-c("_AD02MTG_","_AD12MTG_","_AD30MTG_","_AD04MTG_","_AD16MTG_","_AD17MTG_","_HC14MTG_",
     "_HC19MTG_","_HC35MTG_","_HC03MTG_","_HC07MTG_","_HC37MTG_")# 改动处3
for(i in 1:l){
  y[i]<-paste0("D:/sigle/GSE188545/GSE188545_RAW/",x[i])# 改动处4
  v[i]<-paste0(x[i],".*.gz$")
  v[i]<-paste0("^",v[i])
  d[i]<-paste0(x[i],t[i])
}
v
y
d
​
dir<-getwd()
# 3.转移文件
for (i in 1:l) {
  list.files(getwd(),pattern =v[i],full.names = TRUE) |> purrr::map(\(x) file.copy(x,to = y[i]))
  list.files(getwd(),pattern =v[i],full.names = TRUE) |> purrr::map(file.remove)
}
​
# 4.文件改名
for(i in 1:l){
  setwd(dir)
  print(y[i])
  # 不知什么缘故，循环时以下两条命令如果只运行一次则无反应
  folder<-setwd(y[i])
  files<-list.files(folder)
  folder<-setwd(y[i])
  files<-list.files(folder)
  for (f in files){
    print(d[i])
    newname<-sub(d[i],'',f) #将原文件中的字符"GSM5685288_AD02MTG_"，替换为空
    newname<-sub('genes','features',f)# 改动处5，有的数据集features命名不规范
    file.rename(f,newname)
  }
}
getwd()
setwd("..")
getwd()