- 博客(22)
- 收藏
- 关注
RSS订阅原创 如何实现wdl读取两个文件设置参数，使用scatter执行任务？
如果需要读取两个文件，如何实现使用scatter执行任务？构建索引读取脚本，每次通过编号提取需要的内容。
2024-03-04 22:51:37
353
原创 wdl脚本实战
教程：https://github.com/openwdl/wdlwdl概述：每个wdl脚本包含一个workflow，每个workflow包含多个task，通过调用task执行命令。适合于流程化的多个步骤，例如后一个步骤依赖前一个步骤的产生结果。
2024-02-07 11:50:24
417
1
原创 序列比对的几种情况记录
由于pcr偏好性导致pcr扩增中出现多条重复reads，测序结果表明多条reads比对到同一个位置。仅有一个最优比对位置的reads，因此有多个最优比对位置的reads就不是unique reads。重复率计算公式：（1-Duplication reads）/raw reads。2.sam文件中X0:1:n 标签，其中n表示共有多少个最优比对。bwa中可以指定-n 参数指定最大允许的错配数量。1.sam文件中XT:A:{} 标签，其中。
2024-01-25 18:43:52
427
原创 Lillefors正态性检验
样本量的要求：Lilliefors检验对样本量的要求相对较高，通常要求样本量大于20。当样本量较小时，Lilliefors检验的效果可能不稳定。Lilliefors检验不需要假定数据的分布类型，它基于观测数据来评估是否来自正态分布。
2024-01-25 17:30:56
433
原创 阿里云ossutil64
github地址：https://github.com/aliyun/ossutil/releases。， 依次输入需要的字段。
2023-12-11 19:10:30
119
1
原创 为什么python添加参数指令要写在if __name__==“__main__“中
提高代码的可重用性和模块化。将代码封装为一个模块时，通常会在模块中定义一些函数、类或变量，并在其他程序导入和使用。但是，有部分代码希望**在模块被导入时不执行，而只在模块作为主程序直接运行时执行。便于单元测试和调试。可以在主程序块中编写一些测试代码，用于验证模块的功能和正确性。直接运行脚本时，这些测试代码会被执行。时才会被执行，而不会在作为模块被导入时执行。条件下的主程序块中是一种常见的写法。条件下的代码块只有在当前脚本。将代码的参数指令写在if。
2023-11-29 16:00:54
96
1
原创 git基础操作
Git 有三种状态：和。这会让Git 项目拥有三个阶段：工作区、暂存区以及 Git 目录。: 添加快照：对已经存在暂存区的文件进行暂存+提交首先进行git add，之后才能进行git commitgit diff：显示已在暂存区及工作区的差异。
2023-11-29 15:29:23
45
1
原创 类的初始化，方法及特殊方法
特殊方法，当对象被初始化时就会被调用，形参和类的属性名称通常相同；虽然在程序运行中都可以在对象中添加属性，但是为了不容易出现错误，：在类中定义的函数，方法的第一个形参通常是。：内置函数，判断实例是否属于某个类。，实现两个类的相加及类+整数功能。，能够在Time类上使用。函数，便于初始化和调试。，调用该方法实现打印时间。：打印对象时调用并输出。，实现对于两个类的相加。一般写对象的时候先写。
2023-11-29 09:27:08
66
1
原创 Git 相关操作
Git 有三种状态：和。这会让Git 项目拥有三个阶段：工作区、暂存区以及 Git 目录。: 添加快照：对已经存在暂存区的文件进行暂存+提交首先进行git add，之后才能进行git commitgit diff：显示已在暂存区及工作区的差异。
2023-11-27 18:11:25
18
1
原创 已经修改了目录权限为什么其他账户还是不能访问？
5 = 4 + 1 读和运行权限。4 = 4 只读权限。7 = 4 + 2 + 1 读写运行权限。的权限限制，导致不能访问子目录。权限，为什么登录其他账户。原因：因为上一级目录。
2023-11-27 15:17:13
82
1
原创 Lillefors正态性检验
Lilliefors检验对样本量的要求相对较高，通常要求样本量大于20。当样本量较小时，Lilliefors检验的效果可能不稳定。Lilliefors检验不需要假定数据的分布类型，它基于观测数据来评估是否来自正态分布。
2023-11-23 17:19:38
178
原创 vim实用技巧：复制及查看格式
yy + p在光标的位置按“yy”，复制当前行；然后再光标的行按“p”,粘贴到下一行，原来的往下顺移。复制多行----------nyy(比如3yy，复制3行)复制多遍----------np。
2023-09-25 10:13:52
410
1
原创 VCF文件详细解释及操作方法
以为开头**第1列：**CHROM-变异发生的染色体名称。**第2列：**POS-变异发生的染色体上的位置。**第3列：**ID-variant的ID，对应dbSNP数据库中的ID，若没有，则默认使用‘.’**第4列：**REF-参考基因组上的碱基。：ALT：变异碱基或碱基序列。：QUAL-变异的质量值，表示变异的可信度。**第7列：**FILTER 变异的过滤状态，表示是否通过了质量控制。**第8列：**INFO 变异的附加信息，如变异类型、深度、基因功能等。
2023-09-18 14:04:33
1033
1
原创 SEG相关指令及自己踩的坑
Sun Grid Engine (SGE)：需要有大量任务执行，并且，解决了需要运行很多任务，但是运行任务过多可能导致内存不足，线程占用过多等问题，从而导致了任务处理不是最有效的方法。
2023-09-06 10:42:44
454
1
原创 kegg Error in clusterProfiler:::kegg_list(“pathway“, species): unused argument (species)
cluserProfile包更新失败。
2023-04-19 15:41:20
810
1
空空如也
空空如也
TA创建的收藏夹 TA关注的收藏夹
TA关注的人