在windows系统下解压ncbi下载的man后缀文件（找到很慢的原因了）

软件安装

手动在ncbi下载了一些sra文件，一看后缀.man，查了下发现是一个压缩包，双端测序文件，解压后可以得到两个fastq文件。

那么问题来了，怎么解压？

第一种：直接尝试改后缀为.7z，解压失败。

第二种：利用sratoolkit

1. 去ncbi下载sratoolkit，简单粗暴。中间发现打不开，原来链接的是github

Github下载地址

选择window 64 位，下载，解压。

将bin文件的路径加入到系统变量中，参考了(53条消息) Windows系统下载SRA数据，使用sratoolkit工具_铭&婵旭的博客-CSDN博客

win+R输入sysdm.cpl，打开配置path，点击环境变量，再点击系统变量的path，点击新建，把你存放sratoolkit的路径复制黏贴加上去，最后点击确定。

 

在cmd或者powershell利用cd指令进入存放sratoolkit的目录，或者也可以直接在当前目录下进行。

 输入（存放你这个下载包的路径）sratoolkit.3.0.1-win64\bin\prefetch.exe -h

这样就可以直接使用这个工具进行下载和解压啦！我直接就成功了，如果有没有成功的可以继续参考这个方法：

一开始是报错的，它显示我要配置，没有图片保存就用文字描述，报三行代码，那我就根据这个输入vdb-config --interactive，出现配置界面，但是这个界面我好想没有改动什么，反正我按了s，再按x就退出了，再运行bin\prefetch.exe -h，显示帮助信息，就是安装成功。

 然后一定要注意使用工具的时候路径是正确的，要不就cd到这个bin文件下直接输入prefetch.exe -h

下载sra文件

不详述，两种方法：

1. 单个：prefetch [accession list]

2. 批量：prefetch.exe --option-file 你存放accession list的txt，分行符分割

解压

下载后的数据一般是无后缀/srr后缀/man后缀，这时候就有一个要解压开的问题，解压了才能获得fastq文件。

解压要用bin目录下的工具fasterq-dump.exe

查找了一下，在不知道是双端数据还是单端数据的情况下用 --split-3最合适

我喜欢在数据的目录下进行，这时候记得在用工具时加上路径

（之前我解压，每次都要一个小时，后来才发现原因，是因为没有加上man后缀，每次都是重新下载+解压。也就是说：如果文件夹下没有这个文件，faster-dump就会重新下载再解压！！！正常解压已下载的文件一分钟不到！）

 [安装路径]\sratoolkit.3.0.1-win64\bin\fasterq-dump.exe --split-3 SRR121928.man

一些参数的介绍可以看Fastq-dump: 一个神奇的软件 - 简书 (jianshu.com)